現在市販されているエピゲノミクス解析技術は、一度に解析できるマーク数やサンプル数が1種類または少数に限られており、スループットが低く、コストも高いという課題があります。また、精度の高い情報を得るため、多くの細胞数が必要であり、複数サンプル・複数エピジェネティックマーカーにわたる包括的なスクリーニングには相当量のインプット材料を要します。さらに、研究間あるいはサンプル間で定量的比較を行うことが難しく、エピジェネティック研究の実用性は限定的でした。

hmqChIP-seqは、これら課題を克服し、従来のChIP-seqに比類のない高スループット（high-throughput）、マルチプレックス（multiplex）、定量解析能力（quantitative capabilities）を付加した技術です。さらに、独自のLACODEアダプター設計およびバーコーディング技術を組み合わせることで、大規模な定量的エピゲノミクス実験を効率化できる、世界クラスの特許取得済み技術を実現しています。

EpiFinder™ プラットフォームは、ワークフローの早い段階でサンプルをプールする設計により、極めて高い再現性と定量性を備えたデータを実現します。これにより、並列処理型ワークフローで一般的に見られるサンプル間ばらつきを低減し、すべてのサンプル間で定量的な比較が可能になります。標的エピトープ（例：hPTM）を有するクロマチン断片は、各ChIP反応において利用可能な抗体結合部位を競合し、その結果、免疫沈降で回収される断片の割合は、各サンプル中に存在するhPTMの相対量に直接比例します。

また、オープンソースかつ専用設計の解析パイプラインにより、EpiFinder™ プラットフォームから得られる大規模な定量データの処理と解析を容易に行うことができます。この専用パイプラインは、デマルチプレックス、重複除去、ゲノムマッピング、フィルタリング、スケーリングなど、必要な解析工程をすべて自動実行し、可視化や下流解析に適した定量シグナルトラックを生成します。さらに、多数の品質管理（QC）指標も提供します。