EpiFinder™ GenomeProキットは、ゲノムワイドなプロファイリングを行うための包括的なソリューションです。
マルチプレックス
hmqChIP-seq技術を活用することで、最大24のサンプルまたはリプリケート間での本質的に定量的な比較を可能にします。
また、最先端の手法と比較してバックグラウンドノイズを低減し、より高い特異性を発揮します。
- 最大192の定量的ChIP-seqトラック
- 1ランあたり24サンプル対応
- 100万細胞のインプット量からの解析に対応
- 最大8種類ヒストンPTM・DNAメチル化
製品概要
EpiFinder™ GenomePro は、高スループットかつマルチプレックスな解析により、実用的なエピジェネティクスの洞察を提供します。
| EpiFinder™ GenomePro |
| プロファイリング方法 |
ゲノムワイド |
| サンプルタイプ |
ネイティブと固定細胞・組織 |
| サンプル数 × ターゲット数 |
24 サンプル × 8 ターゲット |
| ターゲット種類 |
ヒストン翻訳後修飾 hPTM
DNAメチル化 DNAme（5mC）
転写因子 TF
|
| 1サンプルあたり開始材料量 |
50万〜100万 細胞 |
| シーケンス深度 |
500万〜1000万リード/サンプル/免疫沈降 |
これにより、
をはじめとする幅広い治療領域において、バイオマーカー探索からトランスレーショナル研究まで、創薬・早期診断・疾患進行のモニタリング、さらには治療応答性の評価を可能にします。
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ワークフロー
ワークフローは、あらゆる研究者にとって実施しやすい設計となっています。プロトコルは、サンプルをプールして実施するよう最適化されており、ハンズオンタイムは～14時間（3日間）です。
本キットには、シーケンス対応Illuminaライブラリー作製のための試薬および詳細なプロトコルが含まれており、単一ランで最終的な各ChIP-seqトラックあたりわずか125,000細胞から、最大 24×8＝192 の定量的ChIP-seqトラックと対応するインプットコントロールを取得できます。
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従来法との比較
従来のChIP-seqやCUT&RUN／CUT&Tagと比較して、下表にまとめました。
EpiFinder™ GenomePro は、より高いスループット、統合的なDNAメチル化解析、そして合理化されたワークフローを提供し、包括的かつスケーラブルなエピジェネティックプロファイリングを可能にします。これらの特長により、多様な治療領域における大規模研究に適した、効率的なソリューションとなります。
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推奨抗体
| マーク※ |
関連するゲノム特徴 |
抗体製造元と型番 |
| H3K4me3＊ |
活性プロモーター
転写開始点（TSS）における転写開始を促進 |
Millipore 04-745
Active Motif 91263 |
| H3K27me3＊ |
準備状態にあるが不活性なプロモーター
遺伝子を抑制 |
Cell Signaling 9733
Absea RC-5552 |
| H3K9me3＊ |
構造ヘテロクロマチン
恒常的な遺伝子サイレンシング |
Absea RC-6815 |
| H3K36me3＊ |
転写活性の高い遺伝子領域 |
Active Motif 91265
Active Motif 91193 |
| H3K27ac＊ |
エンハンサーと活性プロモーター |
Absea RC-5553 |
| H3K9ac＊ |
ユークロマチン、かつ転写活性の高い領域 |
Active Motif 91104
Absea KC244 |
| H4K5ac |
転写活性の高い遺伝子領域と転写開始点 |
Absea RC5983 |
| H3K4ac＊ |
エンハンサーと活性プロモーター |
Absea RC5990 |
| DNAme（5mC） |
構成的および条件的ヘテロクロマチン
プロモーター、遺伝子を抑制 |
Active Motif 55026
MethylCollector™ MBD Capture Kit |
※検証済みH3K4me3抗体（ポジティブコントロール、2反応分）は、本キットに含まれています。
その他の検証済みターゲットに対応する抗体およびキャプチャータンパク質は、本キットに含まれていません。
＊Epigenicaよりご購入可能です。
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データ例
エピジェネティック阻害剤処理の有無を含む、K562白血病細胞株15サンプルのデータ：
 |
|
Integrative Genomics Viewer (IGV)によるゲノムブラウザトラック。3つの異なるゲノム領域における複数のエピジェネティックマークのエンリッチメントパターンを示しています。対象マークには、5種類のヒストン修飾 (H3K4me3、H3K27ac、H3K9ac、H3K27me3、H3K9me3)、RNAポリメラーゼII (RNA Pol II S2p)、およびDNAメチル化 (5 mC)が含まれます。
|
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製品型式
- EpiFinderTM GenomeProキット
| 製品名 |
型式番号 |
| EpiFinder™ GenomeProキット |
20100 |
| 構成 |
保管条件 |
| Part1 酵素・抗体・試薬 |
-20℃ |
| Part2 アダプター・プライマー |
-20℃ |
| Part3 精製ビーズ |
4℃ |
- 免疫沈降反応用抗体
| 製品名 |
容量 |
型式番号 |
| H3K9me3抗体 |
10μg |
80100-10 |
| H3K4me3抗体 |
80101-10 |
| H3K27me3抗体 |
80102-10 |
| H3K36me3抗体 |
80103-10 |
| H3K9ac抗体 |
80104-10 |
| H3K27ac抗体 |
80105-10 |
| H3K4ac抗体 |
80106-10 |
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パンフレット・アプリケーションノート
- パンフレット
『EpiFinder™でエピジェネティクス研究を次のレベルへ』
- アプリケーションノート
『白血病細胞におけるエピゲノム薬剤応答のモニタリング：EpiFinder™ GenomeProを用いた解析』
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