• 細胞のイメージング・識別・単離を一台で行う完全自動化システム
• 3チャネル蛍光・明視野での詳細な細胞のイメージングと経時的トラッキングが可能
  高精細なイメージング機能は、一般的な科学用顕微鏡カメラのx20 と同等の倍率*
  *カメラの解像度による
• 専用ソフトウェアにより細胞を自動的に識別・単離
• 細胞の生存率が向上、下流の解析を改善：
  細胞の限界希釈が不要であり、CellRaft^® Array上で複数の細胞が生育環境を共有すること、
  また、穏やかな細胞識別とトリプシン処理が不要な細胞単離方法により、細胞の生存率が向上
• 消耗品のコストを削減
  細胞の播種・イメージング・選択・単離を専用の消耗品 CellRaft Array 1つで行うことができ、
  プラスチックウェアや試薬のコストを削減
• シンプルなワークフロー
• 細胞サイズに下限なし
• 迅速な結果取得：
  
  • わずか7分でアレイ全体を撮影**
    **アプリケーションによる
  • 目的の細胞・コロニーを40 分以内に単離

 ワークフロー

1. 細胞を標準的な細胞培養プレートと同様に専用のCellRaft^® Array上にプレーティングし、AIRシステムのプラットフォームにロードします。
2. AIRシステムの3チャンネル蛍光・明視野顕微鏡で細胞を画像化し、識別します。
3. 目的の細胞を含むCellRaftを分離します。
4. 分離したCellRaftを標準的な96ウェルPCRプレートまたは培養プレートに移し、細胞を下流の解析に用います。

 原理

使い捨てのマイクロウェルアレイ（CellRaft Array）上に播種した細胞を、CellRaft AIR システム上で画像化します（３チャネル蛍光および明視野）。モーター付きの針がアレイのリシーラブルなエラストマー製の床を貫通させることで、目的のシングルセルを含むCellRaftをマイクロウェルから分離します。CellRaft ArrayのCellRaft素材には磁性ナノ粒子が含まれており、磁気ワンドを使ってCellRaftと付着した細胞を回収することができます。

• ユーザーフレンドリーで直感的な操作性
• わずか７分でアレイ全体を撮影*
  *アプリケーションによる
• 目的の細胞を含むCellRaftを明視野でラベルフリーに識別
• 細胞、コロニー、オルガノイドの3色蛍光解析
• 時間、機能、形態に関する解析パラメータを保存、インポート可能
• CellRaftのカバー基準を活用し、生存可能なクローンを分離する理想的なタイミングを特定
• CellRaftを経時的に分析し、クローン性を確認し、表現型をモニター
• 任意RaftのZ-stackイメージングが可能
• 目的のCellRaftを自動的に識別した後、Raftを単離するためにマッピング

特定のパラメーター(サイズ、蛍光等)を含むCellRaftを識別・単離可能
(画像は神経オルガノイド)

プレートへの細胞播種、細胞のイメージング、最適な細胞の選択、そしてこれらの細胞の単離を、専用の消耗品CellRaft Array 1つで行うことができます。CellRaft Arrayは、MatriGelやCelTakなどのコーティング剤や、ラミニンやフィブロネクチンなどの細胞外マトリックス成分にも対応しており、様々な目的の細胞に合わせて培養環境をカスタマイズすることも可能です。より効率的なワークフローとより良い下流の結果をもたらし、結果あたりのコストを削減します。

• CellRaft Single Array
  最も汎用性の高いアレイで、あらゆる用途に適しています。
  
  サイズ：
  
  • 100×100μm マイクロウェル
    40,000 CellRafts/Array
  • 200×200μm マイクロウェル
    10,000 CellRafts/Array
  
  
• CellRaft Quad Array
  4つの独立したリザーバーを持つアレイ。
  
  用途：
  
  • 並行して行う遺伝子編集、クローニングのためのクローン拡大、コロニーの選択
  • 多変量処理とさまざまな培地への適用
  
  
  サイズ：
  
  • 100×100μm マイクロウェル
    6,400 CellRafts/リザーバー、アレイ全体で25,600個のCellRafts
  • 200×200μm マイクロウェル
    1,600 CellRafts/リザーバー、アレイ全体で6,400個のCellRafts
  
  


• 3D CellRaft Array
  直径１mmまでの細胞生育を可能にする広い表面を持つアレイ。
  
  用途：
  
  • オルガノイド等の3D構造
  
  
  サイズ：
  
  • 500 x 500 μmマイクロウェル
    2,114 CellRafts /Array
  
  ※3D CellRaft Arrayをご利用頂くには、別途CellRaft AIR 3DソフトウェアパッケージAIR-SDSWのご購入が
     必要です。

アプリケーション シングルセルクローニング ゲノム編集 (CRISPR 等) 幹細胞 T細胞スクリーニング オルガノイド クローン性iPSC由来オルガノイド ゲノミクス (シングルセルRNAシーケンシング、コピー数多型、シングル核シーケンシング、全ゲノム増幅等) タンパク質・抗体産生細胞のスクリーニング 等

適した細胞 幹細胞 (iPSC含む) 脆弱な細胞 初代細胞 希少細胞 接着性および非接着性の細胞 共同培養 少量のサンプル (ヒトバイオプシー(生検)、細い針で吸引した細胞)

シングルセルクローニング

細胞株開発において最も重要なことは、シングルセルからの 増殖を確実に行うことです。シングルセルクローニングの ための伝統的なアプローチである限界希釈法では、シングル セル密度でのプレーティングの効率が低く、プロセス中に 細胞生存率が低下することが多いため、かなりの時間と 消耗品資源を必要とします。 CellRaft AIR では、専用の消耗品であるCellRaft Array 1つで数千個の細胞を簡便にモニターすることができ、シン グルセルを効率よく確認することができます。 播種した細胞が培地を共有しているため、成長因子やその 他の細胞分泌物を交換することができ、細胞の生存率や 増殖を向上させることができます。また、トリプシンなどの 分離試薬を必要とせず、小さいコロニーの段階での単離と 組み合わせた時に、細胞の生存率と表現型を維持することが できます。 CellRaft Array に播種したCHO 細胞をCellRaft AIR ソフトウェアで分離する前に、 クローンの増殖を経時的に画像化して追跡したもの（X10）。 Cell Microsystems 社 RaftNote “Cell Line Development using the CellRaft® AIR™ System”より引用。 ※RaftNote (アプリケーション資料) 日本語版はこちらからダウンロード可能です。    (簡単な個人情報の登録が必要です) ▲ アプリケーション一覧へ戻る

CRISPR

CellRaft AIR では、CRISPR による編集と目的の表現型の発現を、Day0 のシングルセルレベルで視覚的に結びつけることができ、コロニーの初期成長段階から目的の細胞をモニターすることができます。 細胞にCas 酵素とガイドRNA を導入した後、すぐにCellRaft Array上にプレーティングするため、トリプシン、流体力学、限界希釈は必要 ありません。また、播種した数千もの細胞が培養液をシェアするため、FACSベースのワークフローと比較して、細胞の生存率を2～3倍に向上させることができます。 CellRaft Quad Arrayを利用することで、遺伝子編集後のセルラインを同時に4種類並行して培養することができ、ワークフロー中の試薬消費量を50-100分の１に削減することが可能です。 CRISPR によりGFP とRFP を同時にノックアウトした細胞の例。 シングルセルから4日間かけてコロニーが形成されている。CellRaft AIRではCRISPR による表現型の変化（GFP およびRFP シグナルの消失）を容易にスクリーニングすることができる。  推奨のCellRaft Array ・200μm CellRaft Array ・200μm CellRaft Quad Array Cell Microsystems 社 RaftNote "Automated cloning for CRISPR workflows using the CellRaft AIR™ System" より引用。 ※RaftNote (アプリケーション資料) 日本語版は、こちらからダウンロード可能です。    (簡単な個人情報の登録が必要です) ▲ アプリケーション一覧へ戻る

幹細胞

幹細胞は扱いが難しいことで知られています。 幹細胞は単独で存在することを好まず、あらゆるかく乱に対して素早く反応します。CellRaft AIR システムは、iPSC やhESCを穏やかに分離し、貴重なセルラインを生成するための理想的なアプローチを提供します。 イメージング機能により、Day0 からシングルセルターゲットを識別することができ、コロニーの成長をモニターして、容易にクローン性を確認することができます。CellRaft Array上に播種された細胞が培養液を共有することによってキナーゼや成長因子を共有し、お互いにシグナルを送り続けることで、細胞の生存率が向上し*、より速い成長速度を実現します。数十種類の消耗品や限界希釈、トリプシン処理を必要としません。 *96ウェル培養プレートを用いたFACS と比較した場合 Figure 1：ヒトiPSCを以下のように播種した：a) 希釈した iMatrix-511 (Matrixome) 中でコーティングしていない 200S CellRaft Array に直接播種、 b) h-ESC Matrigel (Corning) で一晩プレコートした 200S CellRaft Array に、 c) h-ESC Matrigel でプレコートした96ウェルプレートに1 cell/well の密度で播種した (n=5)。(A) プレートあたりのシングルセル由来iPSCクローンの数、(B) Arrayまたは限界希釈プレートから単離したクローンの増殖率を示す。 Figure 2：hiPSCを希釈したiMatrix-511中で200Q Arrayに播種した。播種4時間後、ArrayをCellRaft AIRシステムでイメージングし、シングルセルを同定した。Arrayを6日間毎日連続スキャンし、シングルセル由来のクローン形成を追跡した。6日目、AIRシステムを用いてモノクローナルコロニーを単離し、希釈したiMatrix-511を含む96ウェルプレートに移し、クローンの増殖を観察した。 Cell Microsystems社ポスター “Accelerating the use of iPSCs in personalized medicine and drug discovery” より引用 ▲ アプリケーション一覧へ戻る

オルガノイド

Cell Microsystemsのオルガノイドワークフローは、3D CellRaft ArrayとCellRaft AIRシステム、CellRaft Cytometryの組み合わせにより、従来のオルガノイド培養ワークフローにおける課題を克服する1台完結型のソリューションを提供します。 3D CellRaft Arrayとユーザーフレンドリーなワークフローにより、CellRaft Array上で個別に分離された数百個のオルガノイドを培養し、それぞれのオルガノイドをCellRaft AIRシステムで経時的に画像化することが可能です。 さらに、CellRaft Array上で培養されたシングルオルガノイドは、CellRaft Cytometryによりユーザー定義の表現型特性を解析することができます。これと、無傷のシングルオルガノイドの⾃動単離・回収を組み合わせることで、クローン性細胞株の開発、医薬品開発、毒性学、ゲノミクス、遺伝⼦治療など、さまざまなアプリケーションにオルガノイドを利⽤することができるようになります。 Figure 1：3D CellRaft ArrayとCellRaft AIRシステムにより、シングルセル由来のマウス肝臓オルガノイドの経時的イメージングとクローン性の検証が可能。 Figure 2：96ウェルコレクションプレートで成⻑を続けている、3D CellRaft Arrayから単離したマウス肝臓オルガノイド。単離直後 (A)、単離1⽇後 (B)、単離5⽇後 (C) の希釈ECM中のマウス肝臓オルガノイド。 Figure 3：3D CellRaft Array上で増殖したiPSC由来の脈絡叢オルガノイド。RFP-positiveのiPSCを希釈ECM中で3D CellRaft Arrayに播種し、脈絡叢オルガノイド分化のプロセス全体を画像化した。  推奨のCellRaft Array ・3D CellRaft Array Cell Microsystems 社 RaftNote "Image, Identify, and Isolate Single Organoids using the CellRaft AIR® System" より引用。 ※Raft Note (アプリケーション資料) 日本語版は、こちらからダウンロード可能です。    (簡単な個人情報の登録が必要です) ▲ アプリケーション一覧へ戻る

クローン性iPSC由来オルガノイド

Cell Microsystems は、CellRaft 技術を⽤いて、数百個の単⼀iPSC 由来の神経オルガノイドを培養し単離するための、効率的でユーザーフレンドリーなワークフローを開発しました。このように作製したオルガノイドは、クローンの増殖、薬物または毒性スクリーニング、標的探索等のオルガノイドベースのアッセイに用いることができます。 このワークフローでは、2種類の編集(RFP またはGFP) iPSC株をmTeSR Plus (StemCell Technologies) を⽤いて、標準的な⽅法で培養しました。次に、市販のキット(StemCell Technologies)に適合したプロトコルを⽤いて、iPSC を脳および脈絡叢オルガノイドに分化させました。 Figure 1：単⼀細胞または⼩断⽚に解離したiPSCを、胚様体形成培地中の細胞外マトリックス懸濁液中で500μm CellRaft Array 上に1︓1 のGFP+/RFP+ ⽐で播種した。CellRaft AIRシステムを⽤いて、細胞播種4 時間後に最初のスキャンを⾏い、その後アレイを24 時間ごとにスキャンして、オルガノイドの形成と分化をモニタリングした。神経誘導と拡⼤培養のための培地交換は、メーカー推奨のタイムポイントで⾏った。 Figure 2：クローン性iPSC オルガノイドの神経への分化。500μm CellRaft Array に播種された編集済み (GFP またはRFP) iPSC の混合集団は、胚様体形成(1-5 ⽇⽬)、神経誘導(5-7 ⽇⽬)、および拡⼤培養 (7-10 ⽇⽬) のための培地交換をアレイ上で⾏った。アレイは24 時間ごとにスキャンし、オルガノイドの分化をモニタリングした。10 ⽇⽬に、直径100-300 ミクロンの単⼀iPSC 由来のオルガノイドを含むCellRaftを識別し、単⼀オルガノイドを脳成熟培地を含む96 ウェルプレートに単離し、脳オルガノイドを42 ⽇⽬まで成熟培地で維持した。 Figure 3：28 ⽇⽬に、non-GFP+ オルガノイドをNeuroFluor NeuO(StemCell Technologies) を⽤いて染⾊し、神経への分化を視覚的に確認した。  推奨のCellRaft Array ・3D CellRaft Array Cell Microsystems社 RaftNote “Making the Impossible Possible: Platform and Protocols to Develop Clonal iPSC Derived Organoids” より引用。 ※Raft Note (アプリケーション資料) 日本語版は、こちらからダウンロード可能です。    (簡単な個人情報の登録が必要です) ▲ アプリケーション一覧へ戻る

ゲノミクス

どんなに優れたソーターでも、濃縮された細胞集団の中には、死細胞や間違った細胞、ダブレット、破片、その他のアーティファクトが含まれていることがあります。 CellRaft AIRシステムのイメージング機能は、細胞の品質と表現型を確認するだけでなく、最良の細胞のみを選択するためにDay0スキャンを提供します。詳細な画像から細胞内の特徴を確認し、目的の細胞を真に識別して、より洗練されたシングルセルの単離を行うことができます。 対象の細胞を含むCellRaftは、穏やかなメカニズムによってPCRや培養プレートに回収されるので、細胞は乱されることがなく、下流の解析に影響を与えることはありません。トリプシン処理の必要がないため、表現型が損なわれることがなく、感度の高い細胞株の遺伝物質の分解を防ぐことができます。 CellRaft Quadでは、さまざまな培地、化合物の投与、増殖条件を1つの消耗品で試験することができます。  推奨のCellRaft Array ・100μm CellRaft Array ・100μm CellRaft Quad Array Cell Microsystems 社 RaftNote "Methods for Preparing Cryopreserved Neural Tissue Samples for Single Nucleus Sequencing (SNS) Using the CellRaft™ Technology" より引用。 ※RaftNote (アプリケーション資料) 日本語版は、こちらからダウンロード可能です。    (簡単な個人情報の登録が必要です) ▲ アプリケーション一覧へ戻る

非接着性の細胞

Cell Microsystemsは、浮遊細胞株の開発におけるCellRaftテクノロジーの利⽤価値を実証するため、シングルセルの培養時に浮遊細胞をCellRaft Arrayに付着させ、⽬的のクローンを単離した後に浮遊状態で細胞を拡⼤培養する⽅法を確⽴しました。 3種類の異なるタイプの表⾯コーティングを⽤いて、シングルセル由来の浮遊細胞クローンをわずか1週間でイメージング、識別、単離することができました。5種類の細胞株を使⽤することで、このワークフローが多くの種類の細胞やアプリケーションに適応可能であることも明らかになりました。 Figure 1：コーティングされたCellRaft Arrayを用いて、シングルセル由来のコロニーを生成することができる。各細胞株とコーティングについて、培養4日後に生存可能なコロニーを形成したシングルセルの割合を決定した。アレイをコーティングすることで、コーティングしていないラフトと比較して、単離可能なコロニーを形成できたシングルセルの割合が劇的に増加した。 Figure 2：96ウェルプレートにおけるアレイ外のシングルセル由来浮遊細胞クローンの増殖。シングルセル由来の浮遊細胞クローンの単離後、ラフト外での細胞生育とさらなる増殖のための生存コロニーの形成について、各96ウェルプレートのウェルをモニターした。テストした全ての細胞種において、浮遊細胞はCellRaftを離れても生育し、アレイ外でも増殖を続けることができた。 Cell Microsystems 社 RaftNote "Using the CellRaft AIR® System to Image, Identify, and Isolate Suspension Cells"より引用。 ※RaftNote (アプリケーション資料) 日本語版は、こちらからダウンロード可能です。    (簡単な個人情報の登録が必要です) ▲ アプリケーション一覧へ戻る

CellRaft^® AIR システムによる自動セルクローニングシステム
～細胞のイメージング・識別・分離とCHO細胞への応用例～


[Webinarオンデマンド配信 ] ライブ実施日時：2021/10/28

シングルセルクローニングは単一クローンに由来した細胞株を樹立する手法であり、遺伝子導入した細胞株や抗体産生細胞の樹立などに必須の手法です。代表的なシングルセルクローニング法である限界希釈法やFACSは、大量のプレートや培地などの消耗品が必要になったり、大型かつ高価な機器の購入が必要だったり、あるいは単離後の細胞へのダメージが大きいといった問題点がありました。

Cell Microsystems社で開発されたCellRaft^® AIRシステムは、極小のウェルが無数に並んだアレイを用いることで迅速かつ高い細胞生存率(80-90%)でシングルセル化が行えます。シングルセル化後にアレイ上で細胞を培養可能であり、成長率・クローナリティ・蛍光シグナル強度(3 channel)などから細胞を識別し、任意の細胞コロニーを培養プレートやPCRチューブに素早く単離することが可能です。さらに、数万に及ぶシングルセルの増殖過程は時系列の画像データとして全てアーカイブ化されるので、時を遡って細胞の状態を確認することも可能です。この一連の作業の大部分を自動化することにより、CellRaft^® AIRシステムは極めて効率的なシングルセルのワークフローをお客様に提供します。

本セミナーではCellRaft^® AIRシステムの特長と、CHO細胞を使用したモデルケースについてご紹介します。

※上記画像をクリックいただくと、別タブで視聴ページが開きます。お名前等をご入力の上視聴ください。

 装置仕様

カメラ	2752×2192 (6MP)、 4.54×4.54μm pixels、深度 8 -bit
倍率	視野 1.2 x 1.4 mm、0.57μm/pixel* *一般的な科学用顕微鏡カメラのx20と同等の倍率
データストレージ	PC：0.25TB、外付けUSBドライブ：0.5TB (ネットワーク対応 (ethernet、wi-fi))
電源	125/250VAC、10A、60/50Hz
認証	ISO 61010、FCC emissions、CE Mark
動作環境	+15℃ ～ +30℃、湿度 20 ～ 80% (非結露)、海抜0m～約2286m
保管温度	-20℃ ～ +50℃
寸法	H 51 x D 51 x W 69 cm
重量	57kg
推奨PC	・OS：Windows 11 ・CPU：Intel i7, Intel i9, AMD FX または            AMD Ryzen seriesマイクロプロセッサー (4 Core以上) ・RAM：16GB以上 ・SSD：1TB ・ポート：2 x USB 3.1 ・ディスプレイモニタ：1920×1080

※より長いスキャン時間や、繊細な細胞を扱う場合のためにStage Top Incubatorを追加可能です。
ご要望の場合はご相談ください。


 装置付属品：アクセサリキット

アダプタープレート×2種 (各1)    ・PCR Tube Strip Adapter Plate    ・CytoSort Array Adapter Plate    ワンド×2種 (各2)   ・96フラットボトムプレート用   ・PCRチューブ用

 励起・蛍光仕様

チャネル	代表的な色素	励起	蛍光
Green	FITC、GFP	461-489 nm	498-548 nm
Red	mCherry、Texas Red	559-591 nm	603-805 nm
Blue	DAPI、Hoechst	379-401 nm	412-453 nm

【 CRISPR 】
 Inhibition of RNA splicing triggers CHMP7 nuclear entry, impacting TDP-43 function and leading to the onset of ALS cellular phenotypes
Norah Al-Azzam et al., Neuron. 2024 Dec 18;112(24):4033-4047.e8. doi: 10.1016/j.neuron.2024.10.007

Detection of unintended on-target effects in CRISPR genome editing by DNA donors carrying diagnostic substitutions
Martin Lackner, Nelly Helmbrecht, Svante Pääbo, Stephan Riesenberg
Nucleic Acids Res. 2023 Mar 21;51(5):e26. doi: 10.1093/nar/gkac1254

Automated microraft platform to identify and collect non-adherent cells successfully gene-edited with CRISPR-Cas9
Attayek PJ, Waugh JP, Hunsucker SA, Grayeski PJ, Sims CE, Armistead PM, Allbritton NL
Biosens Bioelectron. 2017 May 15;91:175-182. doi: 10.1016/j.bios.2016.12.019

【 CRISPR, Genomics, Stem Cells 】
Longevity-associated SMAD3 non-coding centenarian variant impairs a cell-type specific enhancer to reduce inflammation
Jiping Yang et al., bioRxiv Posted May 18, 2023.doi: https://doi.org/10.1101/2023.05.17.540984

【 CellRaft Technology 】
Automated microarray for single-cell sorting and collection of lymphocytes following HIV reactivation
Belén Cortés-Llanos, Vaibhav Jain, Alicia Volkheimer, Edward P Browne, David M Murdoch, Nancy L Allbritton
bioRxiv. 2023 Feb 3:2023.02.02.526757. doi: 10.1101/2023.02.02.526757

A Novel High Throughput Microwell Outgrowth Assay for HIV Infected Cells
Anthony D Fenton, Nancie Archin, Anne-Marie Turner, Sarah Joseph, Matthew Moeser, David M Margolis, Edward P Browne
BIORXIV Posted October 02, 2023. doi: https://doi.org/10.1101/2023.10.02.560422

Assay and Isolation of Single Proliferating CD4+ Lymphocytes Using an Automated Microraft Array Platform
LaBelle CA, Zhang RJ, Armistead PM, Allbritton NL
IEEE Trans Biomed Eng. 2020 Aug;67(8):2166-2175. doi: 10.1109/TBME.2019.2956081

Automated platform for cell selection and separation based on four-dimensional motility and matrix degradation
Nowotarski HL , Attayek PJ , Allbritton NL
Analyst. 2020 Apr 7;145(7):2731-2742. doi: 10.1039/c9an02224d

Microraft array-based platform for sorting of viable microcolonies based on cell-lethal immunoassay of intracellular proteins in microcolony biopsies
Smiddy NM, DiSalvo M, Allbritton-King JD, Allbritton NL
Analyst. 2020 Apr 7;145(7):2649-2660. doi: 10.1039/d0an00030b

Identification and isolation of antigen-specific cytotoxic T lymphocytes with an automated microraft sorting system.
Attayek PJ, Hunsucker SA, Sims CE, Allbritton NL, Armistead PM.
Integr Biol (Camb). 2016 Dec 5;8(12):1208-1220. DOI:10.1039/c6ib00168h

Array of Biodegradable Microrafts for Isolation and Implantation of Living, Adherent Cells
Wang Y, Phillips CN, Herrera GS, Sims CE, Yeh JJ, Allbritton NL
RSC Adv. 2013 Jun 28;3(24):9264-9272

Dissolution-guided wetting for microarray and microfluidic devices.
Wang Y, Sims CE, Allbritton NL
Lab Chip. 2012 Sep 7;12(17):3036-9. doi: 10.1039/c2lc40330g. Epub 2012 Jul 20

Micromolded arrays for separation of adherent cells.
Wang Y, Phillips C, Xu W, Pai JH, Dhopeshwarkar R, Sims CE, Allbritton NL
Lab Chip. 2010 Nov 7;10(21):2917-24. doi: 10.1039/c0lc00186d. Epub 2010 Sep 13

【 Genomics 】
Single-cell somatic copy number variants in brain using different amplification methods and reference genomes
Kalef-Ezra et al., bioRxiv Posted August 08, 2023. doi: https://doi.org/10.1101/2023.08.07.552289

Expression of retrotransposons contributes to aging in Drosophila
Blair K Schneider, Shixiang Sun, Moonsook Lee, Wenge Li, Nicholas Skvir, Nicola Neretti, Jan Vijg, Julie Secombe
Genetics. 2023 May 26;224(2):iyad073. doi: 10.1093/genetics/iyad073

A rare human centenarian variant of SIRT6 enhances genome stability and interaction with Lamin A
Matthew Simon, Jiping Yang, Jonathan Gigas, Eric J Earley, Eric Hillpot et al.
The EMBO Journal (2022)41:e110393

Pooled image-base screening of mitochondria with microraft isolation distinguishes pathogenic mitofusin 2 mutations
Alex L. Yenkin, John C. Bramley, Colin L. Kremitzki, Jason E. Waligorski, Mariel J. Liebeskind et al.
Commun Biol. 2022 Oct 25;5(1):1128. doi: 10.1038/s42003-022-04089-y

PDS5A and PDS5B differentially affect gene expression without altering cohesin localization across the genome
Nicole L. Arruda, Audra F. Bryan & Jill M. Dowen
Epigenetics Chromatin. 2022 Aug 19;15(1):30. doi: 10.1186/s13072-022-00463-6

Single-cell whole-genome sequencing reveals the functional landscape of somatic mutations in B lymphocytes across the human lifespan
Zhang L, Dong X, Lee M, Maslov AY, Wang T, Vijg J
Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Apr 16. pii: 201902510. doi: 10.1073/pnas.1902510116

Neurons with Complex Karyotypes Are Rare in Aged Human Neocortex
Chronister WD, Burbulis IE, Wierman MB, Wolpert MJ, Haakenson MF, Smith ACB, Kleinman JE, Hyde TM, Weinberger DR, Bekiranov S, McConnell MJ
Cell Rep. 2019 Jan 22;26(4):825-835.e7. doi: 10.1016/j.celrep.2018.12.107

Differences between germline and somatic mutation rates in humans and mice
Milholland B, Dong X, Zhang L, Hao X, Suh Y, Vijg J
Nat Commun. 2017 May 9;8:15183. doi: 10.1038/ncomms15183

Accurate identification of single-nucleotide variants in whole-genome-amplified single cells
Dong X, Zhang L, Milholland B, Lee M, Maslov AY, Wang T, Vijg J.
Nat Methods. 2017 Mar 20. doi: 10.1038/nmeth.4227

Selective single cell isolation for genomics using microraft arrays.
Welch JD, Williams LA, DiSalvo M, Brandt AT, Marayati R, Sims CE, Allbritton NL, Prins JF, Yeh JJ, Jones CD.
Nucleic Acids Res. 2016 Sep 30;44(17):8292-301. doi: 10.1093/nar/gkw700. Epub 2016 Aug 16.

Single-Cell CNV Detection in Human Neuronal Nuclei
Wierman M.B., Burbulis I.E., Chronister W.D., Bekiranov S., McConnell M.J.
In: Frade J., Gage F. (eds) Genomic Mosaicism in Neurons and Other Cell Types.
Neuromethods, vol 131. Humana Press, New York, NY (2017). doi.org/10.1007/978-1-4939-7280-7_6

【 Organoids 】
Hypoxia Primes Human ISCs for Interleukin-Dependent Rescue of Stem Cell Activity
Kristina R Rivera et al., Cell Mol Gastroenterol Hepatol. 2023;16(5):823-846. doi: 10.1016/j.jcmgh.2023.07.012

The CellRaft AIR® system: A novel system enabling organoid imaging, identification, and isolation
Allysa Stern, Brandon Thompson, Keith Williams, Rob McClellan, Steven Gebhart, Jessica Hartman
SLAS Discov. 2022 Apr;27(3):201-208. doi: 10.1016/j.slasd.2021.11.003. Epub 2021 Dec 4.

A high-throughput platform for stem cell niche co-cultures and downstream gene expression analysis.
Gracz AD, Williamson IA, Roche KC, Johnston MJ, Wang F, Wang Y, Attayek PJ, Balowski J, Liu XF, Laurenza RJ, Gaynor LT, Sims CE, Galanko JA, Li L, Allbritton NL, Magness ST
Nat Cell Biol. 2015 Mar;17(3):340-9. doi: 10.1038/ncb3104. Epub 2015 Feb 9

【 Stem Cells 】
RNA binding protein SYNCRIP maintains proteostasis and self-renewal of hematopoietic stem and progenitor cells
Florisela Herrejon Chavez, Hanzhi Luo, Paolo Cifani, Alli Pine, Karen L. Chu et al.
Nat Commun. 2023 Apr 21;14(1):2290. doi: 10.1038/s41467-023-38001-x

Automated sensing and splitting of stem cell colonies on microraft arrays
DiSalvo M, Smiddy NM, Allbritton NL
APL Bioeng. 2019 Aug 29;3(3):036106. doi: 10.1063/1.5113719

Transferable neuronal mini-cultures to accelerate screening in primary and induced pluripotent stem cell-derived neurons.
Niedringhaus M, Dumitru R, Mabb AM, Wang Y, Philpot BD, Allbritton NL, Taylor AM
Sci Rep. 2015 Feb 10;5:8353. doi: 10.1038/srep08353

A high-throughput platform for stem cell niche co-cultures and downstream gene expression analysis.
Gracz AD, Williamson IA, Roche KC, Johnston MJ, Wang F, Wang Y, Attayek PJ, Balowski J, Liu XF, Laurenza RJ, Gaynor LT, Sims CE, Galanko JA, Li L, Allbritton NL, Magness ST
Nat Cell Biol. 2015 Mar;17(3):340-9. doi: 10.1038/ncb3104. Epub 2015 Feb 9


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