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全自動合成生物学ワークステーション

BioXp™ 3250

全自動合成生物学ワークステーション

高品質DNAの全自動合成を研究室のベンチトップで

Codex DNA社製、BioXp™3250システムは、遺伝子フラグメント、ゲノム、DNA クローン、mRNA、バリアントライブラリを構築可能なシステムです。

生体分子合成と組み立てを容易かつ迅速に安全な方法で実現し、個別化医療、抗体工学、ワクチン開発、バイオ医薬品開発などの研究を加速します。

ベンチトップ試薬はこちらから  

特長

  • 同一のプラットフォーム上で遺伝子、ゲノム、クローン、mRNA、DNA バリアントライブラリの構築が可能。
  • 標準の96ウェルプレートを使用して、24時間以内に最大32 種類の高品質dsDNA フラグメント、
    8または16種類のmRNAを生成
  • 300 ～7,200bp のクローン化 de novo DNAフラグメント、1,800bpのmRNAを合成可能
  • 独自の2 段階エラー訂正プロセスによりエラー率 1:10,000 ～1:30,000 bp
  • クローニング効率の高いGibson Assembly®メソッドを使用し、既製またはカスタムのベクターへのクローニングを自動化
  • 手動でのプログラム入力は不要。装置内に配置するモジュールからバーコードが自動スキャンされることで、プロジェクト固有のプログラムで自動的に実験が開始されます。
  • 等温および温度勾配の両方のアプリケーションに使用可能なサーマルサイクラーを搭載
  • 内蔵ソフトウェアによる装置の制御が可能(制御用の別PC は不要)




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アプリケーション

など


遺伝子の合成 DNAのクローニング DNAの増幅
下流のプロセスですぐに使用可能な、カスタム遺伝子フラグメントを合成できます。 任意のベクターに最大7,200bpのカスタムDNAフラグメントを組み込みクローニングします。 セルフリーでのDNA増幅が可能です。
mRNAの合成 ライブラリ
1,800bpまでのmRNAを合成できます。 カスタムバリアントDNA ライブラリ(スキャニングライブラリ、コンビナト リアルライブラリ)の合成が可能です。


 Webinar
『Combating COVID-19 with the world’s first on-demand synthesis of the SARS-CoV-2 genome』
世界初のSARS-CoV-2ゲノムのオンデマンド合成によるCOVID-19との戦い (1時間)
市販の自動化されたDNAアセンブリおよびクローニング機器であるBioXp™3200システム(旧モデル)を使用して、SARS-CoV-2ゲノムの世界初のオンデマンド合成を完了するためのアプローチについて説明します。

このソリューションは、一晩の実行で最大32の個別の遺伝子フラグメントの迅速な合成を可能にすることにより、ワクチン、診断、および治療開発のパイプラインを加速します。

また、完全長のSARS-CoV-2ゲノムの階層的アセンブリとその潜在的なアプリケーションについても説明します。

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ワークフロー

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BioXp™アプリケーションプロジェクト

BioXp™には、5種類のアプリケーションプロジェクトが用意されています。
選択したアプリケーションプロジェクトに応じた消耗品キット(モジュール)が提供されます。





  BioXp™ gene fragments
下流のプロセスですぐに使えるdsDNAを合成します。

仕様：
  • 32 DNA フラグメント／run
  • 収量： 1～ 2ng フラグメント／rxn
    (45µL TE バッファーに溶解)
  • サイズ：0.3 ‒ 1.8kb
  • 20 ～70% のGC 含量
  • 最小注文：1 遺伝子
  • システムランタイム： ＜18 時間
  • Codex DNA ベクターまたは独自のベクターに適応
  • pUCGA ends またはカスタムends が選択可能
※使用モジュール：A・B
  BioXp™ clones
１～４つのde novo DNAフラグメントを選択したベクターにシームレスに組み立て、すぐに形質転換に使えるDNAをクローニングします。
仕様：
  • 最大32rxn／run
  • サイズ：0.3‒7.2 kb
    (最大1.8 kb のde novo フラグメント4 つ+ リンカー領域を結合可能)
  • 収量：100 ～200 ng／rxn（～20μL／rxn）
  • １ランで最大４種類のベクターを用いたクローニングが可能
  • システムランタイム：18時間
    (新規のDNA 合成からクローニングまで)
  • 残った未使用のフラグメント製品を使用可能
※使用モジュール：A・B・C

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  BioXp™ clones + RapidAMP™ amplification
BioXp™ clonesによりDNAフラグメントをベクターに組み込んだ後に、dsDNAフラグメントの増幅を行います。形質転換にすぐに使えるDNAを１日で合成し、2日目には哺乳類細胞のトランスフェクションを可能にすることで、遺伝子発現研究を促進します。
仕様：
  • 最大24 rxn／run
  • 収量：10～20µg DNA/rxn(～30µ/rxn)
  • サイズ:0.3-3.6kb (最大1.8 kb のde novo フラグメントを2つまで結合可能)
  • 大腸菌形質転換が不要: エンドトキシン汚染を回避、プラスミド準備の時間と費用を排除します。
※使用モジュール：A・B・C・D

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  BioXp™ small-scale mRNA synthesis kit 

最大1.8kb長のde novo合成されたエラー訂正済みの遺伝子断片（mRNAテンプレート）を用いて、生物学的に活性なmRNA合成が可能です。最大10μgのmRNA合成に必要なGibson Assembly®試薬がすべて含まれています。
仕様：
  • 収量：1～10µg (長さ・配列による)
  • サイズ:0.3～1.8kb
  • 5'ARCAキャップ、ポリ(A)テール(中央値：150As)付加
  • スループット：8または16サンプル／run

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  BioXp™ variant libraries
 
サチュレーション変異(NNN、NNK)やアラニン・スキャニング・ライブラリなどを含む、様々な単一のアミノ酸位置を置換した多様なスキャニング・ライブラリを合成可能です。活性を持つアミノ酸位置の特定に有用です。

仕様：
  • フォーマット：線形二本鎖 DNA
  • 出力：96ウェルプレート。
    プレートあたり32のバリエーション。
    1ウェルあたり1ライブラリ
  • 収量： 200ng ‒ 1μg／ポジション(長さに依存)
  • 最小注文：32 バリアント
  • システムランタイム：6～7 時間

縮重塩基を使用してタンパク質の結合と機能を最適化する、多様な複数の非隣接アミノ酸位置を置換された多種多様なコンビナトリアル・ライブラリを合成可能です。目的の効果に最適なアミノ酸位置の特定に有用です。

仕様：
  • フォーマット：線形二本鎖 DNA
  • 出力： 96ウェルプレート。
    プレートあたり32のバリエーション。
    1ウェルあたり1ライブラリ
  • 収量： 200ng ‒ 1μg／ポジション(長さに依存)
  • システムランタイム：6～7 時間
※ライブラリ合成サービスもございます。詳細はお問合せください。
※使用モジュール：A・B

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Webinarオンデマンド (ライブ実施日時：2021/8/27)

抗体医薬品開発・免疫療法のための遺伝子合成ワークステーション ～クローニングからmRNAの全自動合成まで～


BioXp™3250は、DNAやmRNAといった遺伝子の全自動合成を可能にし、合成生物学における全自動ワークステーションとしての統合されたプラットフォームを提供します。ご自身のベクター情報を外部に出すことなく300~7,200 bpのインサート配列をハイスループットにクローニング出来る他、1.8kbのmRNAの全自動合成、多様なライブラリプロジェクトなど、統合されたポータルサイト上から簡単に設計・発注が可能です。

本セミナーでは、BioXp™3250の特長と応用例について、抗体開発研究などのケーススタディを交えながらご紹介させていただきます。

※上記画像をクリックいただくと、Vimeoサイトが開きます。お名前等をご入力の上視聴ください。

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BioXp™消耗品キット(モジュール)

アプリケーションプロジェクトごとに、含まれるモジュール内容が異なります。
BioXp™プロジェクトとモジュールの組み合わせは以下の通りです。

BioXP™アプリケーションプロジェクト モジュール
A B C D
gene fragments 〇 〇
clones 〇 〇 〇
clones + RapidAMP™ amplification 〇 〇 〇 〇
variant libraries 〇 〇




ご注文型式

モジュールA
アプリケーション 反応数
8 16 24 32
BioXp™ gene fragments BX-A08-FRG BX-A16-FRG BX-A24-FRG BX-A32-FRG
BioXp™ clone 1 BX-A08-CLN-1 BX-A16-CLN-1 BX-A24-CLN-1 BX-A32-CLN-1
BioXp™ clone 2 BX-A08-CLN-2 BX-A16-CLN-2 BX-A24-CLN-2 BX-A32-CLN-2
BioXp™ clone 1 + RapidAMP™ BX-A08-CLN-1-RAMP BX-A16-CLN-1-RAMP BX-A24-CLN-1-RAMP
BioXp™ clone 2 + RapidAMP™ BX-A08-CLN-2-RAMP BX-A16-CLN-2-RAMP BX-A24-CLN-2-RAMP
BioXp™ variant libraries BX-A08-LIB BX-A16-LIB BX-A24-LIB BX-A32-LIB


モジュールB - DNA Assembly
反応数 型式 名称
8 BX-B-08 BioXp Module B - DNA Assembly (8rxn)
16 BX-B-16 BioXp Module B - DNA Assembly (16rxn)
24 BX-B-24 BioXp Module B - DNA Assembly (24rxn)
32 BX-B-32 BioXp Module B - DNA Assembly (32rxn)


モジュール C - Cloning
反応数 型式 名称
8 BX-C-08 BioXp Module C - Cloning (8rxn)
16 BX-C-16 BioXp Module C - Cloning (16rxn)
24 BX-C-24 BioXp Module C - Cloning (24rxn)
32 BX-C-32 BioXp Module C - Cloning (32rxn)


モジュール D - RapidAMP
反応数 型式 名称
8 BX-D-08 BioXp Module D - RapidAMP (8rxn)
16 BX-D-16 BioXp Module D - RapidAMP (16rxn)
24 BX-D-24 BioXp Module D - RapidAMP (24rxn)



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仕様

全自動合成生物学ワークステーション BioXp™ 3250
型式 BX3250-01
電源 100 - 240V、最大8.3A
動作温度範囲 16 ～ 40℃
保管温度範囲 －18 ～ 60℃
操作および保管の湿度範囲 10～90% (非結露相対湿度)
操作高度 2,000 mまで
MTBF ＞500プロセス・ラン
重量 63.4kg
寸法 (W×D×H) 69×77×53cm

アプリケーションに関する仕様BioXp™ system deck
合成フラグメント数 32／run ※(DNA)、8または16 (mRNA)
形式 96ウェルプレート
アセンブリ・ランタイム 6 ～ 21時間 ※
フラグメントサイズ 300～7,200 pb ※(DNA)、300～1,800 bp (mRNA)
収量 100ng ～15μg ※(DNA)、1～10μg ※(mRNA)
エラー率 1 : 10,000 ～ 1 : 30,000 ※
※アプリケーションにより可変。


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References

  • Inhibition of Resistance-Refractory P. falciparum Kinase PKG Delivers Prophylactic, Blood Stage, and Transmission-Blocking Antiplasmodial Activity
    Vanaerschot M. et. al., 2020 Cell Chem. Biol. Jul 16;27(7):806-816.e8. ()
  • Massively parallel interrogation and mining of natively paired human TCRαβ repertoires
    Spindler M. et. al., 2020 Nature Biotechnology. Mar 16 ()
  • Negligible-Cost and Weekend-Free Chemically Defined Human iPSC Culture
    Kou H-H. et. al., 2020 Stem Cell Reports, Feb 11;14(2):256-270.()
  • Mechanism of differential Zika and dengue virus neutralization by a public antibody lineage targeting the DIII lateral ridge.
    Zhao H. et al., J Exp Med. 2019 Nov 22. ()
  • A Site of Vulnerability on the Influenza Virus Hemagglutinin Head Domain Trimer Interface.
    Bangaru S. et. al., Cell. 2019 May 16;177(5):1136-1152 ()
  • Transcription factor profiling reveals molecular choreography and key regulators of human retrotransposon expression.
    Sun X. et. Al., 2018 Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Jun 12;115(24):E5526-E5535. ()
  • A natively paired antibody library yields drug leads with higher sensitivity and specificity than a randomly paired antibody library.
    Adler AS et al., MAbs. 2018 Apr;10(3):431-443 ()
  • Large-scale recoding of a bacterial genome by iterative recombineering of synthetic DNA
    Lau YH et. al., Nucleic Acids Res. 2017 Jun 20;45(11):6971-6980 ()
  • Cloning Should Be Simple: Escherichia coli DH5α-Mediated Assembly of Multiple DNA Fragments with Short End Homologies.
    Kostylev M. et. al., PLoS One. 2015 Sep 8;10(9):e0137466 ()


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