利点
- 次世代シーケンシングを含むすべてのゲノミクス・アプリケーションに適した⾼純度核酸を精製
- 磁性ビーズを使⽤することにより、吸引濾過または遠⼼ステップが不要
- 乾燥ステップ不要
- 96ウェル・フォーマットにも適用可能
- ⼀般的なロボット・プラットホームに適合 (LGC社 oKtopure、Hamilton、TECAN、KingFisher等)
- 【オプション】お客様の要件に合わせたカスタムプロトコルの開発
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原理
核酸は、第1の結合ステップの間に、極性の相互作⽤を介してsbeadex表⾯物質に結合します (図Bind 1の「赤色〇」)。次いで、第2の結合ステップの間に、アフィニティー駆動媒介物質を介して結合します (図 Bind 2の「紫色〇」)。
Sbeadexでは、抽出プロセスにおいて、これら2step結合メカニズムの切り替えによって、サンプルからより多くの不純物が取り除かれるため、より⾼純度のDNAを抽出することができます。
sbeadexワークフロー 
※キットの種類によってワークフローは異なる場合がございます。
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ラインナップ
- 植物DNA
葉、種子、樹皮、果肉、根などタイプの異なるサンプルに利用できます。 - 家畜DNA
生物種やサンプル種に関係なく、1つのキットをすべてのサンプルに利用できます。
（サンプル種類: 耳パンチ、血液、毛、精液、唾液、その他組織） - 組織DNA
- 血液DNA
- 法医学DNA
- プラスミドDNA
- 病原体DNA/RNA
sbeadexウイルスRNA精製キット
COVID-19検出用のハイスループット対応、高品質RNA精製キット
COVID-19検査プロトコルでは、迅速に高収量・高品質にサンプルを調製する方法が必要とされます。さらに容易に自動化ができることが望まれます。Sbeadex
™ viral RNA purification kitはこれらを満たすRNA精製キットです。
- キットの利点：
- 検証済み: Seracare社 AccuPlex™ reference materialを利用し、COVID19アッセイ(研究用途)に利用できることを確認しています。
- 互換性: 自動核酸抽出ロボットのoKtopureやKingfisher社のロボットプラットフォーム組み合わせることができます。
- 迅速: 標準プロトコル(45分)、短縮プロトコル(25分, Protease K処理の省略)のどちらもご利用いただけます。
- 高感度: 1mLあたり750コピーで、100%の回収率になります。
- 大容量対応: ハイスループットバッチサイズ (5000精製)
- PCR阻害なし: 水ベースの洗浄バッファーにより溶媒のキャリーオーバーを減少します。
そのため、最終溶出にPCR阻害物質を含みません。 - 高品質: 精製したRNAは、qPCRやPCRを含む多くのアプリケーションにご利用いただけます。
- ご注文情報
| 製品名 | 型式 | キット毎の精製回数* |
sbeadexウイルスRNA分離キット
(危険物を含まない) | NAP-40-025-02 | 960 (トライアルキット) |
| NAP-40-025-03 | 5,000 |
| NAP-40-025-04 | 10,000 |
*精製回数は、開始容量100uLに基づいた回数です。
- 製品情報:
sbeadexウイルスRNA精製キットは、磁気ビーズベースのキットです。臨床サンプルを可能な限り複製したAccuPlex™ reference material (Seracare)を用いて検証が行われ、Biosearch Technologies社のCOVID-19検出キットと互換性があることが確認されています。
本キットは、小規模から大規模までの様々なbuccal swabならびに喀痰サンプルより核酸を抽出し、最終的に100uLバッファーで溶出します。
RNA精製プロトコル
sbeadexビーズは、効率的に高品質のDNA/RNA断片を精製します。ビーズは二重コーティングが施されており、独自の結合プロトコルにより、水での溶出を可能にし、溶媒のキャリーオーバーを減少します。
図1: sbeadex viral RNA purification kitのプロトコルに、RNAの損失がないことを示しています。
詳細:
2019-COVID artificial RNA reference material, 500コピーをサンプル(nasopharyngeal swab)に追加し、本キット(sbeadex viral RNA purification kit)で精製しました。2つの異なるBiosearch technologiesの研究室で、RT-qPCRを行い、ポジティブコントロールを直接添加したサンプルを調製し、SARS-CoV2が検出されました。2つのサンプルでCq値が一致したことは、抽出ステップにおいてサンプルの損失が無いことを示しています。
※本ページに記載の製品は、すべて研究・実験用です。
人・動物の診断あるいは治療等の臨床用途に使用することはできません。
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キット構成
- Lysis buffer
- Binding buffer
- sbeadex particle suspension
- Wash buffer 1
- Wash buffer 2
- Elution buffer 等
※サンプル種類により、キット構成品以外の試薬が必要になる場合があります。
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ご注文型式
| 型式 | 製品名 |
| NAP41301 | sbeadex plasmid (96 tests) |
| NAP41310 | sbeadex plasmid (960 tests) |
| NAP41405 | sbeadex tissue (96 tests) |
| NAP41450 | sbeadex tissue (960 tests) |
| NAP41501 | sbeadex forensic (96 tests) |
| NAP41510 | sbeadex forensic (960 tests) |
| NAP41619 | sbeadex mini plant (96 tests) ※20〜30mg 組織⽤ |
| NAP41618 | sbeadex mini plant (960 tests) ※20〜30mg 組織⽤ |
| NAP41624 | sbeadex maxi plant (96 tests) ※80〜100mg 組織⽤ |
| NAP41623 | sbeadex maxi plant (960 tests) ※80〜100mg 組織⽤ |
| NAP44723 | sbeadex livestock (96 tests) |
| NAP44724 | sbeadex livestock (960 tests) |
| NAP44703 | sbeadex livestock (5000 tests) |
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Webinar
 次世代シーケンシングアプリケーションのための植物におけるDNA精製の最適化 ウェビナーを視聴する  DNA精製は、次世代シーケンス（NGS）や、その他の下流のさまざまなジェノタイピング技術に適した高品質の核酸を生成するための重要なステップです。NGSアプローチは現在、植物の育種プログラムで一般的に使用されていますが、膨大かつ多様な植物種があり、またその多様な特性により、下流の各アプリケーションで求められる品質とその規模でDNAを生成することは依然として困難です。 LGC Biosearch Technologiesは、お客様と連携してチャレンジングな植物サンプルに取り組んでいます。またサービスラボ内で、sbeadex精製キットと、ハイスループット抽出プラットフォームを組み合わせたカスタムワークフローを開発しています。 発表スライドのダウンロード ※ご連絡先等の入力をお願いします。 | |  【画像をクリック】発表スライド（抜粋）のプレビュー画像がご覧いただけます |
| 磁性ビーズへ核酸を結合させる新規の方法を用いたsbeadex Lightningケミストリーにより、迅速なDNA精製が可能になりました。このケミストリーでは結合と洗浄ステップを単一のバッファーで行うことで、ワークフローは組織溶解後、わずか3ステップ、5分で完了するにもかかわらず、高収量・高品質のDNAを得ることができます。 |
|
 |
利点
- 高速でシンプルなワークフロー：組織溶解後、3ステップ、5分でDNA精製が可能です。下流のアプリケーションによっては洗浄ステップを除いた超高速ワークフローも可能です。
- 高収量・高品質：得られたDNAは次世代シーケンシングを含む多くのアプリケーションでご使用いただけます。洗浄は水で行うため、アルコールや塩が残らず、乾燥ステップも不要です。
- 環境にやさしい：プラスチック消耗品や廃液を削減でき、輸送コストも削減できます。
- 自動化対応：⼀般的なロボット・プラットホームに適合します。
(LGC社 oKtopure、Hamilton、TECAN、KingFisher等)
| sbeadex Lightning ワークフロー |
 |
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構成
スターターキット
- - コアキットAおよびB
- - 6種類のLysis buffer
- - 添加剤：Protease K, Debris capture beads
- コアキットA/B
- A: 植物およびほとんどのサンプル用
- B: 哺乳類サンプル用
- - Binding buffer
- - sbeadex particle suspension
- - Elution buffer
- ※コアキットにLysis bufferは付属しません。別途購入が必要です
- （別途必要試薬）
- - Lysis buffer (PN, PVP, UR, BL, H, LIより選択）
- - Protease K, Debris capture beads等（必要に応じて）
コアキットとLysis bufferが別コンポーネントになったことで、テーラーメイドのDNA精製キットが容易に構築でき、バッファー類の無駄も削減できます。
まずは、全ての試薬が含まれるスターターキットでパフォーマンスを評価し、サンプルに応じたプロトコルの最適化を行うことを推奨します。
実証済みの推奨コンポーネント一覧は
こちら からご覧いただけます。
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ラインナップ
|
型式 |
サンプル数
(200 μLライセートで開始した場合) |
sbeadex Lightning
DNA精製キット
コアキットA* |
NAP40-030-01 |
100 |
| NAP40-030-02 |
1000 |
| NAP40-030-03 |
10000 |
sbeadex Lightning
DNA精製キット
コアキットB* |
NAP40-031-01 |
100 |
| NAP40-031-02 |
1000 |
| NAP40-031-03 |
10000 |
sbeadex Lightning DNA精製キット
スターターキット** |
NAP40-032-00 |
10 |
* コアキットAおよびB;
コアキットA（Binding buffer LP）︓多くのサンプルタイプ、特にほとんどの植物サンプルに適します。
コアキットB（Binding buffer LU）︓特定のサンプルタイプ、特に哺乳類組織サンプルに適します。
** sbeadex Lightning DNA精製キットスターターキットには最適な溶解・精製条件を構築するためのすべての試薬（2タイプのLightning Binding buffer、sbeadex beads、Elution buffer、6タイプのLysis buffer、Protease K溶液、Debris capture beads）が含まれます。
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技術情報およびアプリケーションデータ
オリジナルのsbeadexケミストリーでは、核酸の結合と精製のための独自の2ステップ結合メカニズムを利用し、組織溶解後、5ステップ、約45分で核酸の精製を行います。sbeadexビーズは、遠心分離ステップなしに核酸断片の長さに関わらず、効率的にかつ高品質な精製が可能です。このビーズは二重コートされており、前述の通り独自の2ステップ結合メカニズムにより高純度な核酸の溶出を可能にし、下流のアプリケーションに影響を及ぼす可能性のある溶媒のキャリーオーバーを削減します。
sbeadex Lightning核酸精製プロトコルでは、革新的な1ステップ結合メカニズムを利用することで、従来型の磁性ビーズ利用核酸精製ワークフローを、組織溶解後3ステップにまで削減することができ、典型的な所要時間も5分と短縮できました。
アプリケーションデータ
PCR/qPCRや次世代シーケンシングのような多くのアプリケーションに使用することができます 植物や動物組織を含む幅広いサンプルタイプに適用可能です（表1、2）
表1: sbeadex LightningケミストリーでDNA精製が成功した植物サンプルタイプ
| 植物組織 |
| 葉 |
| キュウリ |
オオムギ |
ニンジン |
アブラナ科 |
| トウモロコシ |
メロン |
トマト |
ジャガイモ |
| アサ |
トウガラシ |
エンドウマメ |
エンバク |
| コムギ |
パセリ |
|
|
| 種子 |
| トウモロコシ |
カノーラ |
ダイズ |
ヒマワリ |
| 果実 |
| ブラックベリー |
ブルーベリー |
ジャガイモ（塊茎） |
表2: sbeadex LightningケミストリーでDNA精製が成功した動物サンプルタイプ
| 動物組織 |
| ウシ耳パンチ |
マウス耳 |
| ウシ肉 |
マウス尾 |
| ウシ毛 |
ニワトリ（羽） |
| ブタ耳パンチ |
サケ（鰭） |
| マス（筋肉バイオプシー） |
牛肉（筋肉組織バイオプシー） |
| 体液 |
| ニワトリ血液（保存バッファー中） |
|
sbeadex Lightningと市場をリードする他社DNA精製キットの品質を比較したところ、DNAの純度および収量は同等あるいは良い結果となりました（表3）。加えて、明らかにプロトコルのステップ数と所要時間は少なく、プラスチック消耗品の消費と廃液量も少ない結果となりました（表4）。さらに、sbeadex Lightningを使用して精製されたDNAは、他社キットを使用して精製されたDNAと比較して、非常に良好な完全性を示しました（図4）。
表3: sbeadex Lightning, オリジナルのsbeadexおよび他社製品でのDNA収量および純度のまとめ。15 mgのトウモロコシ葉を用いて処理を行った。Sbeadex Lightningおよびsbeadex maxi plantでのプロトコルは、他社製品が使用するライセート投入量の違いを考慮し、ライセート投入量を400 μLにアップスケールして実施しました。
| 精製キット |
収量（蛍光測定）
[µg DNA/ mg sample] |
収量（UV測定）
[µg DNA /mg sample] |
A260/280 |
A260/230 |
| sbeadex Lightning (upscaled) |
0.5 |
0.9 |
1.8 |
1.5 |
| sbeadex maxi plant (upscaled) |
0.3 |
0.6 |
1.9 |
1.4 |
| Competitor A |
0.03 |
0.3 |
1.9 |
0.1 |
| Competitor B |
0.2 |
1.1 |
1.8 |
2 |
| Competitor C |
0.02 |
0.1 |
1.6 |
0.4 |
| Competitor D |
0.3 |
0.5 |
1.9 |
1.8 |
| Competitor E |
0.4 |
0.6 |
1.7 |
0.7 |
| Competitor F |
0.1 |
0.1 |
1.8 |
2.3 |
表4: オリジナルsbeadexおよび他社製品に対するsbeadex Lightningでの種々削減効果。プロトコル所要時間、プロトコルステップ数、プラスチック消耗品および廃液についてまとめました。数値は15 mgのトウモロコシ葉サンプルを処理する場合に基づきます。 Sbeadex Lightningのプロトコルは、他社製品が使用するライセート投入量の違いを考慮し、ライセート投入量を400 μLにアップスケールしました。
| 精製キット |
プロトコル
ステップ数* |
サンプル当たりの平均プロトコル所要時間** |
サンプル当たりの平均プラスチック廃棄量 |
サンプル当たりの廃液量 |
| sbeadex Lightning (upscaled) |
3 |
5 min |
2 g |
1.8 mL |
| Competitor A |
5 |
20 min |
6 g |
1.8 mL |
| Competitor B |
6 |
45 min |
9 g |
3.4 mL |
| Competitor C |
7 |
24 min |
7 g |
2.6 mL |
| Competitor D |
5 |
26 min |
8 g |
3.4 mL |
| Competitor E |
8 |
34 min |
9 g |
3.4 mL |
| Competitor F |
8 |
29 min |
19 g |
2.1 mL |
*溶解ステップを除く **手動でのプロトコルの場合。各マニュアルより計算。
図1: トウモロコシ葉よりsbeadex Lightningおよび他社製品（表3）で精製したDNAのゲル電気泳動図。0.8%アガロースゲルで80V、45分間電気泳動を行い、エチジウムブロマイドで染色した。レーン当たり6 μLの精製DNAを添加した。1: sbeadex Lightning (upscaled), 2: Competitor D, λ: 100 ng lambda DNA, 3: Competitor C, 4: Competitor B, 5: Competitor E, 6: Competitor F, 7: Competitor A.
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ポスター
『わずか5分でDNA精製が可能 – sbeadex Lightning』
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マニュアル・サンプルごとの推奨コンポーネント・データシート
- マニュアル
- サンプルごとの推奨コンポーネント
sbeadex Lightning buffer recommendations for plant samples
- データシート
sbeadex Lightning: 植物・家畜サンプルのための高速DNA精製技術