サンプルタイプを問わず、費用対効果の高い呼吸器系ウイルスゲノムシーケンス、同定、探索のためのキットを簡単にカスタマイズできます。
このターゲットキャプチャキットは、病原性呼吸器系ウイルスのゲノムをターゲットに設計されており、ウイルス学、疫学、進化生物学、公衆衛生学研究に最適です。当社のソリューションはカスタマイズが可能です。利用可能なすべてのウイルスプローブモジュールを含む 「事前混合プローブセット」、または個々のウイルスグループをターゲットとする「単一プローブ」から独自の組み合わせを構築することができます。myBaits®の柔軟性により、点変異、大小のInDel、その他のゲノム変化を含む新規バリアントを捕捉することができます。当社のキットは、長短両方のNGSライブラリ分子の濃縮に対応しており、分解されたターゲットからの濃縮も可能です。
特長
- 一般的な呼吸器系ウイルスを対象とした21種類のプローブセットを単一または組み合わせて使用可能です。
- キャプチャシーケンスによって、既知の変異の確認または新しいゲノム変異が発見できます。
- 1回のアッセイでウイルスの検出と株の同定が容易に可能です。
- 1回のシーケンスランで数十から数千のサンプルの特性解析が可能です。
- 宿主ゲノムが多く混入するサンプルのシーケンスコストを大幅に削減します。
- 分解RNA/DNA（廃水、環境サンプル、FFPEなど）にも適合します。
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パネルリスト
myBaits Expert Respiratory Virus パネルコレクションは、ウイルスゲノム全体を濃縮するターゲットNGSのための21プローブセット（モジュール）で構成されています。各モジュールが様々な株やバリアントを検索できるように、プローブ設計には数百のリファレンスゲノムを使用しました。
モジュールは単一でも組み合わせても使用可能です。
アデノウイルス
Adenovirus (15+*) | インフルエンザA型
Influenza A (7) | RSウイルス
Orthopneumovirus / RSV (7) |
ボカウイルス
Bocavirus (3) | インフルエンザB型
Influenza B (1) | パラインフルエンザ
Parainfluenza (4) |
水痘
Chickenpox (1) | インフルエンザC型
Influenza C (1) | パレコウイルス
Parechovirus (6) |
ヒトコロナウイルス
Coronavirus Human (4) | 麻疹
Measles (1) | ライノウイルス
Rhinovirus (38) |
非ヒトコロナウイルス
Coronavirus Non-human (60) | MERS (1) | 突発性発疹
Roseola (4) |
EBウイルス
EBV (2) | メタニューモウイルス
Metapneumovirus (6) | SARS (1) |
エンテロウイルス
Enterovirus (8) | 流行性耳下腺炎
Mumps (1) | SARS-CoV-2 (6) |
事前混合プローブセットは、上記全てのモジュールがあらかじめ混合されています。
*括弧の中は、各モジュールの設計に使用したリファレンスゲノムの数を示します。リファレンスゲノムの詳細は【
パネル選択フォーム(Excel)】
でご確認いただけます。
- 単一プローブ
| 320108.V5 | myBaits Expert Respiratory Virus, 1 module, 8 Reactions |
| 320116.V5 | myBaits Expert Respiratory Virus, 2 modules, 16 Reactions |
| 320148.V5 | myBaits Expert Respiratory Virus, 3-6 modules, 48 Reactions |
| 320172.V5 | myBaits Expert Respiratory Virus, 7-9 modules, 72 Reactions |
| 320196.V5 | myBaits Expert Respiratory Virus, 10-12 modules, 96 Reactions |
各モジュールは8反応のプローブセット（1チューブ）です。
ご注文の際は【パネル選択フォーム(Excel)】に必要なモジュールとモジュール数をご記入のうえ、ファイルをreagents@primetech.co.jpまで送付してください。
モジュールの組合せは、同一モジュールを複数でも、単一モジュールを組み合わせることも可能です。
- 事前混合プローブセット
| 323208.V5 | myBaits Expert Respiratory Virus, Precombined all-modules, 8 Reactions |
| 323216.V5 | myBaits Expert Respiratory Virus, Precombined all-modules, 16 Reactions |
| 323248.V5 | myBaits Expert Respiratory Virus, Precombined all-modules, 48 Reactions |
| 323296.V5 | myBaits Expert Respiratory Virus, Precombined all-modules, 96 Reactions |
21種類すべてのモジュールがあらかじめ混合されたプローブセットです。
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パフォーマンス
最小限のシーケンスで網羅的なカバレッジmyBaits Expert Respiratory Virus パネルは、単一でも、すべてのモジュールを含む事前混合プローブセットでも効果を発揮します。
50ngのヒトRNAまたはDNAのバックグラウンドに低コピー数で組み込まれたウイルスゲノムが混合したサンプルから構築されたNGSライブラリを用いると、3～6桁の高い濃縮率と、濃縮されていないソースに近い網羅的なゲノムカバレッジが観察されました。ここに示すデータでは、5つの異なるウイルス（インフルエンザA、SARS-CoV-2、ライノウイルス、突発性発疹、麻疹）の5つのモックサンプルを、個々のターゲットモジュールだけでなく、21のモジュールを組み合わせた事前混合プローブセットでも濃縮し、直接非濃縮ショットガンシーケンスと比較しています。
| ウイルス | ウイルスゲノムコピー数(+ 50 ng human) | 濃縮率 | ゲノムカバレッジ | カバレッジ深度 | L.O.D. (コピー数) |
| Influenza A | 100,000 | 7.9K × | 99.7% | 216.79 | 10 |
| 1,000 | 123K × | 98.0% | 7.94 |
| 100 | 501K × | 75.4% | 2.66 |
| 10 | 1.4M × | 46.3% | 1.42 |
| SARS-CoV-2 | 100,000 | 14K × | 99.7% | 371.76 | 10 |
| 1,000 | 98K × | 99.0% | 8.01 |
| 100 | 90K × | 61.5% | 2.24 |
| 10 | 1.4M × | 52.8% | 1.55 |
| Rhinovirus | 100,000 | 23K × | 98.7% | 129.34 | 1,000 |
| 1,000 | 76K × | 49.2% | 1.97 |
| 100 | 36K × | 8.7% | 0.12 |
| 10 | 82K × | 0.5% | 1.55 |
| Roseola | 100,000 | 1K × | 99.6% | 158.93 | 100 |
| 1,000 | 50K × | 97.6% | 29.98 |
| 100 | 60K × | 72.0% | 2.37 |
| 10 | 10K × | 7.7% | 0.10 |
| Measles | 100,000 | 1.8K × | 99.4% | 95.59 | 100 |
| 1,000 | 8.3K × | 48.3% | 1.55 |
| 100 | 13.7K × | 22.8% | 0.33 |
| 10 | 8.7K × | 2.9% | 0.04 |
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マニュアル、Safety Data Sheet
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