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被子植物オーソログ用ターゲットキャプチャキット
myBaits Expert Angiosperms 353

被子植物オーソログ用ターゲットキャプチャキット myBaits Expert Angiosperms 353

全ての被子植物(顕花植物)にわたって数百の単一遺伝子のオーソログを濃縮する、ユニバーサルな系統解析ソリューション

myBaits Expert Angiosperms 353ターゲットキャプチャキットはターゲットキャプチャの柔軟なハイブリダイゼーション能力と、専門家が選択したオーソログ遺伝子座の配列セットを組み合わせることで、広範囲な被子植物(顕花植物)にわたって数百もの推定上の単一コピータンパク質コーディング遺伝子を濃縮できることが実証されました。プローブセットは、デザインの分類学的幅を最大化するために新規の「k-medoids clustering approach」を使用して、選択されたすべての被子植物にわたる5-15個の代表的な配列を有する353の遺伝子座から設計されました (Johnson, Pokorny, Dodsworth et al 2018, Systematic Biology) 。
このプローブセットは、すべての被子植物にわたる系統研究に広く適用可能です。

myBaitsターゲットキャプチャキットは研究者様ご自身で使用されるキットとしてご提供しておりますが、ライブラリ調製からキャプチャ反応、シーケンシングまでを受託することも可能です。
myReads NGSサービス  

特長

  • 設計済みパネル : 植物遺伝学の専門家により設計されています。
  • 実証済み : 幅広い分類学的範囲において有用性が実証されています。
  • 費用対効果 : 遠距離にある複数の分類群に対して1つのベイトセットを使用します。


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パフォーマンス

myBaits Expert Angiosperms353 キットは、非常に幅広い分類群およびサンプル範囲において、優れたエクソンおよびイントロンの回収率が実証されています(種および使用した DNA の品質によって回収率は異なります )。以下にいくつかのデータ例を示します。

遺伝子回収効率のヒートマップ 図1. 遺伝子回収効率のヒートマップ。 各行が1サンプル、各列が1遺伝子、色はターゲット(各遺伝子の全k-medoid転写物の平均長で計算)の回収率(濃いほど回収率が高い)を示します( Johnson, Pokorny, Dodsworth et al 2019, Syst Biol. 図3より)。
コーディング領域とノンコーディング領域の両方から回収された配列の長さ 図2. 42種の被子植物の353の遺伝子座における、コーディング領域とノンコーディング領域の両方から回収された配列の長さ。リードをコーディング配列(オレンジ色)、あるいはコーディング配列と隣接する非コーディング(イントロン)配列(青色)にマッピングされたものとに分類しました。 8×以上のカバー深度で回収されたコーディング配列の中央値は137,046bp、同様に非コーディング配列の中央値は216,816bpでした。( Johnson, Pokorny, Dodsworth et al 2019, Syst Biol. 図4を修正)

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References


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マニュアル、Safety Data Sheet

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  • Arbor Biosciences
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