Product

LGC社 包括的ジェノタイピングサービス (植物サンプル)

LGC社 包括的ジェノタイピングサービス (植物サンプル)
LGC社は、マーカー利用選抜(MAS)やゲノム選抜などのゲノム育種に関して、植物育種家を支援してきた15年以上の経験があります。植物サンプルの採取からDNA抽出、PCRによる遺伝子型解析、最新のNGS技術まで、お客様へ最適な選択肢を提供します。

KASPジェノタイピング包括的サービス (植物サンプル)
お客様が採取された植物サンプルを用いてLGC社がKASPジェノタイピングアッセイを行うサービスです。数百以下のマーカーの大規模なサンプル数におけるジェノタイピングに適しています。

SeqSNPサービス
お客様が採取された植物サンプル、もしくはご提供のDNAサンプルを用いて、LGC社がシークエンシングによるターゲット遺伝⼦のジェノタイピングを⾏うサービスです。すべての⽣物種において、数百から10,000以上のマーカーのシークエンシング・ジェノタイピングが可能です。

KASPジェノタイピング包括的サービス (植物サンプル)

KASPジェノタイピング包括的サービス (植物サンプル) は、お客様が採取された植物サンプルを用いてLGC社がKASPジェノタイピングアッセイを行うサービスです。数百以下のマーカーの大規模なサンプル数において、費用対効果に優れたジェノタイピングが可能です。

  •    特長
    •    低コスト:
          サンプルあたりのコストが低いため、より多くのサンプルとSNP数への投資が可能
    •    「オールインワン」サービスパッケージ:
          ご自身での試薬・装置の準備、実験操作が不要
    •    LGC社製の植物サンプル採取キットを活用:
          サンプル採取キットのご使用により、均一なパンチサイズと必要な収量が得られ、データ品質が向上。
    •    実績が豊富なKASP アッセイ によるジェノタイピング

  •    サービスに含まれるもの
    • 1.   LGC社製 植物サンプル採取キットのご提供
    • 2.   DNA抽出作業
    • 3.   アッセイデザイン (カスタムKASPアッセイ)
    • 4.   アッセイの実行 (KASP ジェノタイピング)

      【 条件 】
      ・  植物サンプルまたは抽出DNAのみに対応します。
      ・  1 プロジェクトにつき最低48サンプルより実施可能です。
      ・  サンプルは、96ウェルプレート形式でご提供いただきます。
      ・  標的とするSNP 配列情報をご提出いただく必要があります。
      ・  標準的な納期は5週間ですが、追加料金で早めることも可能です。

ページの先頭に戻る

SeqSNPサービス

SeqSNPは、お客様が採取された植物サンプル、もしくはご提供のDNAサンプルを用いて、シークエンシングによるターゲット遺伝⼦のジェノタイピングを⾏うサービスです。すべての生物種において、数百から10,000 以上のマーカーのシークエンシング・ジェノタイピングが可能です。お客様の育種プログラムに必要なコスト・時間を削減し、ご研究の促進に貢献します。

  •    特長
    •    数百から10,000以上のマーカーに対応
    •    コスト削減:
          効率的なラボラトリープロセスにより、コストを低く抑えます。
    •    最小限のセットアップコスト
          他のジェノタイピング解析サービスのような高いセットアップコストは必要ありません。
    •    柔軟なマーカーセット:
          ジェノタイピングするマーカーセットをプロジェクト後期段階でも追加することができます。
    •    ハイスループットアッセイに変換可能:
          得られたマーカー情報から、KASP®またはDual-labelled BHQ®プローブ アッセイに変換できます。
    •    ターゲットSNP 領域でのde-novo 変異検出
          プロジェクトの開始前にご相談ください。

  •    アプリケーション
    •    ゲノム選抜/ゲノム予測
    •    マーカーを利⽤した選抜/育種 (MAS / MAB)
    •    マーカーを利⽤した戻し交雑 (Back crossing) (MABC)
    •    QTL スクリーニング
    •    形質マッピング

  •    サービスに含まれるもの
    • 1.   LGC社製 植物サンプル採取キットのご提供
    • 2.   DNA抽出作業
    • 3.   アッセイデザイン (NGSプローブライブラリのデザインと合成)
    • 4.   シークエンシングライブラリ準備
    • 5.   アッセイの実行 (NGS実行・解析)

      【 条件 】
      ・  植物サンプル以外の場合は、DNAサンプルをご提出いただきます。
      ・  1プロジェクトにつき最低48サンプルより実施可能です。
      ・  サンプルは96ウェルプレート形式でご提出いただきます。
      ・  DNAサンプルは 30ng/μL濃度で20μL以上が必要です。
      ・  リファレンスゲノムのシークエンス情報をご提出いただく必要があります。

ページの先頭に戻る

サービスご利用の流れ

【 植物サンプル採取キットのご提供 】
サンプル数に応じた数量の植物サンプル採取キットをご提供いたします。このキットは、植物サンプルを安定化させ、より良い品質のDNAと優れた遺伝子型解析データをもたらします。
【 DNA抽出作業 】
LGC社の研究室にて、お客様からご提供いただく植物サンプルから DNA抽出用試薬および装置を用いてDNAを抽出します。
【 アッセイデザイン 】
KASPジェノタイピング包括的サービス
LGC独自のKraken™ソフトウェアを用い、お客様から提供されたSNP配列情報に基づいたin-silicoでのKASPアッセイデザインを行います。
SeqSNP
お客様から提供されたシークエンス情報に基づき、NGSプローブライブラリのデザインを行います。
【 アッセイの実行 】
KASPジェノタイピング包括的サービス
SNPまたはInDel が、KASPジェノタイピングアッセイにより決定されます。LGCの安全なウェブサーバー上に展開された、お客様のジェノタイピングデータファイルへのリンクを含む電子メールをお送りします。
必要に応じて、Excel CSV ファイルでのデータのご提供も可能です。ご所有のソフトウェア またはLGCの無償ソフトウェアSNPviewerを用いてデータをCluster plotにて確認することもできます。
SeqSNP
シークエンシングライブラリの準備後、NGSを実行します。スコアリングされたジェノタイピングデータを標準でご提供します。リクエストに応じて生シーケンスデータ(FASTQ フォーマット)もご提供可能です。

ページの先頭に戻る

ご注文方法の詳細

Seq SNPのご注文方法の詳細については、こちらの ファイルをダウンロード・ご利用ください。

ページの先頭に戻る

対応する植物種

LGC社が最適化されたDNA抽出プロトコルを持つ植物種リストを以下に示します。
お客様のサービス・プロジェクトにおいて、LGC社は標準的にこれらの種の葉組織素材を受け付けいたします。お客様の植物種がリストにない場合、お客様から抽出DNAを提出いただく場合と、LGC社がお客様の植物組織を用いてDNA抽出作業を実施する場合があります。サンプルの送付に関しては、各サービスのガイダンスノートをご覧ください。

1 Almond (Prunus amygdalus)
2 Apple (Malus domestica)
3 Apricot (Prunus persica)
4 Barley (Hordeum vulgare) (Leaves and seeds)
5 Bean, broad/faba (Vicia faba)
6 Bean, common (Phaseolus vulgaris)
7 Beet (Beta vulgaris)
8 Cabbage, wild (Brassica oleracea)
9 Cacao/Cocoa (Theobroma cacao)
10 Canola (Brassica napus) (Leaves and seeds)
11 Carrot (Daucus carota)
12 Cassava (Manihot esculenta)
13 Celery (Apium graveolens)
14 Chickpea (Cicer arietinum)
15 Chicory (Cichorium intybus)
16 Coffee (Coffea arabica)
17 Corn salad/Lamb‘s lettuce (Valerianella locusta)
18 Cotton (Gossypium hirsutum/G. arboreum)
19 Cowpea (Vigna unguiculata)
20 Cucumber (Cucumis sativus)
21 Eggplant/aubergine (Solanum melongena)
22 Fennel (Foeniculum vulgare)
23 Goat grass (Aegilops sharonensis)
24 Grape vine (Vitis vinifera)
25 Lace leaf (Anthrium sp.)
26 Lettuce (Lactuca sativa)
27 Maize (Zea mays) (Leaves and kernal)
28 Melon (Cucurbitaceae) (Leaves and seeds)
29 Oak (Quercus sp.)
30 Oil palm (Elaeis guineensis)
31 Oilseed rape (Brassica napus)
32 Onion (Allium cepa) (Leaves and seeds)
33 Peach (Prunus persica)
34 Pepper (Capsicum sp.)
35 Potato (Solanum tuberosum)
36 Radish (Raphanus sativus)
37 Rice (Oryza sativa)
38 Rubber (Hevea brasiliensis)
39 Sesame (Sesamum indicum)
40 Snapdragon (Antirrhinum majus)
41 Sorghum (Sorghum bicolor)
42 Soybean (Glycine max)
43 Spinach (Spinacia oleracea)
44 Sunflower (Helianthus sp.)
45 Thale cress (Arabidopsis thaliana)
46 Tomato (Solanum lycopersicum)
   (Leaves and seeds)
47 Watermelon (Citrullus lanatus)
48 Wheat (Triticum aestivum) (Leaves and seeds)


※ご注意:本ページに掲載のサービスは、すべて研究・実験用です。
   人・動物の診断あるいは治療等の臨床用途に使用することはできません。

ページの先頭に戻る

この製品のメーカー

  • LGC Genomics Limited
お知らせ
現在お知らせはありません。

コンタクトフォーム

カタログのご請求
見積のご依頼
その他製品に関するご質問・ご相談※具体的なお問い合わせ内容をご記入ください。

キーワードから製品を探す

検索

メーカー名や製品のモデル名・型式などから検索することができます。スペースをあけて複数の単語を入力すると、 AND 絞り込み検索となります。