KASPジェノタイピング包括的サービス (植物サンプル) は、お客様が採取された植物サンプルを用いてLGC Biosearch Technologies社がKASPジェノタイピングアッセイを行うサービスです。数百以下のマーカーの大規模なサンプル数において、費用対効果に優れたジェノタイピングが可能です。

特長

サービスご利用の流れ

対応する植物種

特長

•    低コスト：
      サンプルあたりのコストが低いため、より多くのサンプルとSNP数への投資が可能
•    「オールインワン」サービスパッケージ：
      ご自身での試薬・装置の準備、実験操作が不要
•    LGC Biosearch Technologies社製の植物サンプル採取キットを活用：
      サンプル採取キットのご使用により、均一なパンチサイズと必要な収量が得られ、データ品質が向上。
•    実績が豊富なKASP アッセイ によるジェノタイピング

   サービスに含まれるもの

• 1.   LGC Biosearch Technologies社製 植物サンプル採取キットのご提供
• 2.   DNA抽出作業
• 3.   アッセイデザイン (カスタムKASPアッセイ)
• 4.   アッセイの実行 (KASP ジェノタイピング)

【 条件 】

• ・  植物サンプルまたは抽出DNAのみに対応します。
• ・  1 プロジェクトにつき最低48サンプルより実施可能です。
• ・  サンプルは、96ウェルプレート形式でご提供いただきます。
• ・  標的とするSNP 配列情報をご提出いただく必要があります。
• ・  標準的な納期は5週間ですが、追加料金で早めることも可能です。
• ​

サービスご利用の流れ

	【 植物サンプル採取キットのご提供 】 サンプル数に応じた数量の植物サンプル採取キットをご提供いたします。このキットは、植物サンプルを安定化させ、より良い品質のDNAと優れた遺伝子型解析データをもたらします。
	【 DNA抽出作業 】 LGC Biosearch Technologies社の研究室にて、お客様からご提供いただく植物サンプルから DNA抽出用試薬および装置を用いてDNAを抽出します。
	【 アッセイデザイン 】
	LGC Biosearch Technologies社独自のKraken™ソフトウェアを用い、お客様から提供されたSNP配列情報に基づいたin-silicoでのKASPアッセイデザインを行います。
	【 アッセイの実行 】
	KASPジェノタイピングアッセイによりジェノタイピングを行います。LGC Biosearch Technologies社の安全なウェブサーバー上に展開された、お客様のジェノタイピングデータファイルへのリンクを含む電子メールをお送りします。ご所有のソフトウェアまたはLGC Biosearch Technologies社の無償ソフトウェアSNPviewerを用いてデータをクラスタープロットにて確認することもできます。

対応する生物種

LGC Biosearch Technologies社が最適化したDNA抽出プロトコルを持つ植物種リストを以下に示します。
お客様のサービス・プロジェクトにおいて、LGC Biosearch Technologies社は標準的にこれらの種の葉組織素材を受け付けいたします。お客様の植物種がリストにない場合、お客様から抽出DNAを提出いただく場合と、LGC Biosearch Technologies社がお客様の植物組織を用いてDNA抽出作業を実施する場合があります。サンプルの送付に関しては、各サービスのガイダンスノートをご覧ください。

1 Almond (Prunus amygdalus) 2 Apple (Malus domestica) 3 Apricot (Prunus persica) 4 Barley (Hordeum vulgare) (Leaves and seeds) 5 Bean, broad/faba (Vicia faba) 6 Bean, common (Phaseolus vulgaris) 7 Beet (Beta vulgaris) 8 Cabbage, wild (Brassica oleracea) 9 Cacao/Cocoa (Theobroma cacao) 10 Canola (Brassica napus) (Leaves and seeds) 11 Carrot (Daucus carota) 12 Cassava (Manihot esculenta) 13 Celery (Apium graveolens) 14 Chickpea (Cicer arietinum) 15 Chicory (Cichorium intybus) 16 Coffee (Coffea arabica) 17 Corn salad/Lamb‘s lettuce (Valerianella locusta) 18 Cotton (Gossypium hirsutum/G. arboreum) 19 Cowpea (Vigna unguiculata) 20 Cucumber (Cucumis sativus) 21 Eggplant/aubergine (Solanum melongena) 22 Fennel (Foeniculum vulgare) 23 Goat grass (Aegilops sharonensis) 24 Grape vine (Vitis vinifera)

25 Lace leaf (Anthrium sp.) 26 Lettuce (Lactuca sativa) 27 Maize (Zea mays) (Leaves and kernal) 28 Melon (Cucurbitaceae) (Leaves and seeds) 29 Oak (Quercus sp.) 30 Oil palm (Elaeis guineensis) 31 Oilseed rape (Brassica napus) 32 Onion (Allium cepa) (Leaves and seeds) 33 Peach (Prunus persica) 34 Pepper (Capsicum sp.) 35 Potato (Solanum tuberosum) 36 Radish (Raphanus sativus) 37 Rice (Oryza sativa) 38 Rubber (Hevea brasiliensis) 39 Sesame (Sesamum indicum) 40 Snapdragon (Antirrhinum majus) 41 Sorghum (Sorghum bicolor) 42 Soybean (Glycine max) 43 Spinach (Spinacia oleracea) 44 Sunflower (Helianthus sp.) 45 Thale cress (Arabidopsis thaliana) 46 Tomato (Solanum lycopersicum)    (Leaves and seeds) 47 Watermelon (Citrullus lanatus) 48 Wheat (Triticum aestivum) (Leaves and seeds)

※ご注意：本ページに掲載のサービスは、すべて研究・実験用です。
   人・動物の診断あるいは治療等の臨床用途に使用することはできません。

Flex-Seqは、次世代シーケンサーを利用したハイスループットなターゲットジェノタイピングプラットフォームです。データの正確性、再現性、完全性とともにスケーラビリティに重点を置き、Flex-Seqは大規模ジェノタイピングのためのソリューションを提供します。Flex-Seqは包括的ジェノタイピングサービスの一部として提供しています。お客様の育種プログラムに必要なコスト・時間を削減し、ご研究の促進に貢献します。

特長	アプリケーション	技術概要
パフォーマンス	サービスご利用の流れ

特長

•    30,000マーカーまで一度に検出可能
      新規に、あるいはほかの技術で得られたデータを組み込んでパネルを設計可能です。
      どんな生物種でも設計可能です。


•    特異性の高さ
  • ・  ～98%のマーカーデータを取得可能
  • ・  ～99%のオンターゲットシーケンシング率
  • ・  反復試験で99%の一致
  • ・  ジェノタイピングアレイの結果と98%の一致


•    フレキシブル
  
  • ・  パネルに含まれるマーカーの追加や除外が容易にできます
  • ・  多量のDNAは必要ありません


•    「オールインワン」サービスパッケージ
      ご自身での試薬・装置の準備、実験操作が不要


•    納期は約2週間
      すでにパネルの設計と製造が終了している場合、ラボにサンプルが到着してから約2週間で解析が終了します。
      新規設計の場合、パネルの設計と製造に約4-6週間を要します。

アプリケーション

•    ゲノム選抜、親子鑑定
•    マーカー選抜、戻し交配
•    集団遺伝学
•    ゲノム編集サイトの確認
•    病原菌検出と解析

技術概要

•    Flex-Seqプローブ技術
  • ・  高マルチプレックス解析ではマルチプレックスPCRより
         クリアでリカバリー率の高いデータが得られます。
  • ・  チップベースのアレイ解析よりも、パネル設計に高度な柔軟性があります。
  
  Flex-Seqは2つのFlex-Seqプローブを用いてSNP/InDelをターゲットととします。プローブは、ターゲットSNP/InDelの両側に設計されることにより、目的のターゲットを回収する能力が高くなります。プローブがターゲットに結合すると、プローブ間の相補鎖が合成され、ターゲット領域はゲノムDNAから増幅されます。ゲノムDNAと非特異的なプローブ結合産物は除去されます。この特徴的なFlex-Seqプローブは一反応で高レベルなターゲットマルチプレックスを可能とします。
  
  300 bpのシーケンシングを行うので、ハプロタイピングに適しています。フェーズ化されたアレルは特に倍数体種において育種選抜効率を改善します。

•    解析の流れ

パフォーマンス

右図は、3つの異なるマーカー数のFlex-Seqパネルから得られたジェノタイピング結果の概要です。 0.2×以上の平均シーケンス深度を持つマーカーパネルの割合は91-98%でした（Data uniformity）。 正確なジェノタイピングに十分なシーケンス深度（すなわちハプロイドゲノムあたり10×）をもつマーカーの割合は92-98%でした（Markers Recovered）。 アラインメントされたシーケンスデータの95-99%が意図したターゲットにマッピングされました（Sequencing Reads on Target）。 高いマーカー回収率、データの均一性、反応の特異性の組み合わせにより、あらゆるマーカーパネルのジェノタイピング結果の効率性と全体的な完全性が保証されます。

•    均一なシーケンス深度
  ほとんどのマーカーでの均一なシーケンス深度が得られるので、数千のサンプルの効率的なマルチプレックスシーケンスが可能になります。
  
  これらの効率は、新しいマーカーパネルのデザインでも再現でき、ゲノム全体の数千のマーカーをカスタマイズしてターゲットにすることができます。

•    高い再現性
  3つの異なるマーカーパネルを使用したテクニカルレプリケート間でのマーカーごとのリード生成割合は高い相関性を示しました。
  Flex-Seqは、独立したサンプル反応からマーカー回収率およびマーカーごとのデータ量において高い一貫性を実証しています。高い再現性は、サンプルからサンプルへのマーカーの回収をより予測しやすくし、追加データ解析の容易さと最終結果の完全性を向上させます。

サービスご利用の流れ

	【 植物サンプル採取キットのご提供 】 （適用種の場合） サンプル数に応じた数量の植物サンプル採取キットをご提供いたします。このキットは、植物サンプルを安定化させ、より良い品質のDNAと優れた遺伝子型解析データをもたらします。
	【 DNA抽出作業 】 LGC Biosearch Technologies社の研究室にて、お客様からご提供いただく植物サンプルから DNA抽出用試薬および装置を用いてDNAを抽出します。
	【 アッセイデザイン 】
	お客様から提供されたシーケンス情報に基づき、 NGSプローブパネルのデザインを行います。
	【 アッセイの実行 】
	シーケンシングライブラリの準備後、NGSを行います。 スコアリングされたジェノタイピングデータ、多型データ（VCFファイル）および生シーケンスデータ（FASTQフォーマット）をご提供します。

※ご注意：本ページに掲載のサービスは、すべて研究・実験用です。
   人・動物の診断あるいは治療等の臨床用途に使用することはできません。