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KASPジェノタイピング包括的サービス

KASPジェノタイピング包括的サービス
KASPジェノタイピング包括的サービスは、お客様が採取されたサンプルを用いてLGC Biosearch Technologies社がKASPジェノタイピングアッセイを行うサービスです。数百以下のマーカーの大規模なサンプル数におけるジェノタイピングに適しています。
KASPジェノタイピングアッセイは、植物、水産養殖、家畜産業において研究を支援してきた21年以上の経験があります。迅速かつ一貫したジェノタイピングにより、ご研究の促進に貢献します。

マーカー数が数百以上の場合、シーケンスによるターゲットジェノタイピングサービスFlex-Seqがご利用いただけます。


特長

  • 低コスト:
    サンプルあたりのコストが低いため、より多くのサンプルとSNP数への投資が可能
  • 「オールインワン」サービスパッケージ:
    ご自身での試薬・装置の準備、実験操作が不要
  • LGC Biosearch Technologies社製の植物サンプル採取キットを活用 (適用種の場合):
    BioArkサンプル採取キットにより、データ品質が向上します。
  • 実績が豊富なKASP アッセイ によるジェノタイピング

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サービスに含まれるもの

  1. LGC Biosearch Technologies社製 植物サンプル採取キットのご提供
  2. DNA抽出作業
  3. アッセイデザイン (カスタムKASPアッセイ)
  4. アッセイの実行 (KASP ジェノタイピング)

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条件

  • 組織サンプルあるいはDNAサンプルをご提供いただきます。
  • 1プロジェクトにつき384サンプル以上で実施可能です。
    (383サンプル以下の場合、ご相談ください)
  • サンプルは、96ウェルプレート形式でご提供いただきます。
  • KASPアッセイ設計のためにターゲット周辺の塩基配列情報をExcelフォームエクセルアイコンでご提出いただきます。
    複雑なシーケンス情報の場合、こちらの詳細な記入方法の説明PDFドキュメントアイコンも合わせてご参照ください。
  • 標準的な納期は5週間です。

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サービスご利用の流れ

フローイメージアイコン
【 サンプル採取 】

植物・養殖サンプルの場合、サンプル数に応じた数量のサンプル採取キットをご提供いたします。
家畜サンプルの場合、頬スワブ、血液、耳パンチサンプルをご用意ください。
それ以外のサンプルの場合はご相談ください。
【 アッセイデザイン 】
LGC Biosearch Technologies社独自のKrakenソフトウェアを用い、お客様から提供されたSNP配列情報に基づいたin-silicoでのKASPアッセイデザインを行います。
イメージ写真【 DNA抽出作業 】
LGC Biosearch Technologies社のラボにて、お客様からご提供いただくサンプルから DNA抽出用試薬および装置を用いてDNAを抽出します。
【 アッセイの実行 】
KASPジェノタイピングアッセイによりジェノタイピングを行います。
【 データの納品 】
LGC Biosearch Technologies社の安全なウェブサーバー上に展開された、お客様のジェノタイピングデータファイルへのリンクを含む電子メールをお送りします。ご所有のソフトウェアまたはLGC Biosearch Technologies社の無償ソフトウェアSNPviewerを用いてデータをクラスタープロットにて確認することもできます。

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BioArk サンプル採取キット

BioArk-Fishキットイメージ写真 BioArkサンプル採取キットを使用することにより、サンプルを安定化させ、高品質なDNAとより優れたジェノタイピングデータを得ることができます。

キットに含まれるもの
  • 96 well plate
  • サンプル採取マニュアル
  • サンプル採取用ツール
  • サンプル出荷手順
  • 乾燥剤

利点
  • サンプルサイズの一貫性、品質の向上
  • 従来のサンプル採取と比較し、プラスチック・危険物質等を削減
  • 容易な出荷と通関


BioArkサンプル採取キットのパフォーマンス

  • BioArk Leaf キットを利用した、サンプル採取の様子
    BioArk Leaf キットを利用した、サンプル採取の様子イメージ写真

  • BioArk Leafキットの利用によりジェノタイピングのcall rateが改善した例
    KASPアッセイにおいて、BioArkキットを利用しなかった場合(左)では遺伝子型のcall rateが71.1%だったのに対し、キットを利用した場合(右)では、99.5%まで改善しました。

    /BioArk_data-without-kit   /BioArk_data-with-kit


  • 従来法とBioArk Fishサンプリングの比較
    BioArkの一貫したサイズのサンプル採取(半径5mmの円形)が行えます。



  • BioArk Fish キットを利用した、サンプル採取の様子(パンチと収集)
    BioArk Fish キットを利用した、サンプル採取の様子(パンチと収集)

  • BioArk Fish キットを利用した魚ヒレサンプルからのDNA抽出
    高分子量の一貫した収量のDNAが得られます。

    BioArk Fish キットを利用した魚ヒレサンプルからのDNA抽出



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対応する生物種

LGC Biosearch Technologies社が最適化したDNA抽出プロトコルを持つ植物種リストを以下に示します。
お客様のサービス・プロジェクトにおいて、LGC Biosearch Technologies社は標準的にこれらの種の葉組織素材を受け付けいたします。お客様の植物種がリストにない場合、お客様から抽出DNAを提出いただく場合と、LGC Biosearch Technologies社がお客様の植物組織を用いてDNA抽出作業を実施する場合があります。サンプルの送付に関しては、各サービスのガイダンスノートをご覧ください。

1 Almond (Prunus amygdalus)
2 Apple (Malus domestica)
3 Apricot (Prunus persica)
4 Barley (Hordeum vulgare) (Leaves and seeds)
5 Bean, broad/faba (Vicia faba)
6 Bean, common (Phaseolus vulgaris)
7 Beet (Beta vulgaris)
8 Cabbage, wild (Brassica oleracea)
9 Cacao/Cocoa (Theobroma cacao)
10 Canola (Brassica napus) (Leaves and seeds)
11 Carrot (Daucus carota)
12 Cassava (Manihot esculenta)
13 Celery (Apium graveolens)
14 Chickpea (Cicer arietinum)
15 Chicory (Cichorium intybus)
16 Coffee (Coffea arabica)
17 Corn salad/Lamb‘s lettuce (Valerianella locusta)
18 Cotton (Gossypium hirsutum/G. arboreum)
19 Cowpea (Vigna unguiculata)
20 Cucumber (Cucumis sativus)
21 Eggplant/aubergine (Solanum melongena)
22 Fennel (Foeniculum vulgare)
23 Goat grass (Aegilops sharonensis)
24 Grape vine (Vitis vinifera)
25 Lace leaf (Anthrium sp.)
26 Lettuce (Lactuca sativa)
27 Maize (Zea mays) (Leaves and kernal)
28 Melon (Cucurbitaceae) (Leaves and seeds)
29 Oak (Quercus sp.)
30 Oil palm (Elaeis guineensis)
31 Oilseed rape (Brassica napus)
32 Onion (Allium cepa) (Leaves and seeds)
33 Peach (Prunus persica)
34 Pepper (Capsicum sp.)
35 Potato (Solanum tuberosum)
36 Radish (Raphanus sativus)
37 Rice (Oryza sativa)
38 Rubber (Hevea brasiliensis)
39 Sesame (Sesamum indicum)
40 Snapdragon (Antirrhinum majus)
41 Sorghum (Sorghum bicolor)
42 Soybean (Glycine max)
43 Spinach (Spinacia oleracea)
44 Sunflower (Helianthus sp.)
45 Thale cress (Arabidopsis thaliana)
46 Tomato (Solanum lycopersicum)
   (Leaves and seeds)
47 Watermelon (Citrullus lanatus)
48 Wheat (Triticum aestivum) (Leaves and seeds)


※ご注意:本ページに掲載のサービスは、すべて研究・実験用です。
   人・動物の診断あるいは治療等の臨床用途に使用することはできません。

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この製品のメーカー

  • LGC Genomics Limited
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