• 30,000マーカーまで一度に検出可能
  新規に、あるいはほかの技術で得られたデータを組み込んでパネルを設計可能です。
  どんな生物種でも設計可能です。
  
  
• 特異性の高さ
  
  • ～98%のマーカーデータを取得可能
  • ～99%のオンターゲットシーケンシング率
  • 反復試験で99%の一致
  • ジェノタイピングアレイの結果と98%の一致


• フレキシブル
  
  • パネルに含まれるマーカーの追加や除外が容易にできます
  • 多量のDNAは必要ありません


• 「オールインワン」サービスパッケージ
  ご自身での試薬・装置の準備、実験操作が不要


• 納期は約4-6週間
  すでにパネルの設計と製造が終了している場合、ラボにサンプルが到着してから約4-6週間で解析が終了します。
  新規設計の場合、パネルの設計と製造に約4-6週間を要します。

• ゲノム選抜、親子鑑定
• マーカー選抜、戻し交配
• 集団遺伝学
• ゲノム編集サイトの確認
• 病原菌検出と解析

• Flex-Seqプローブ技術
  
  • 高マルチプレックス解析ではマルチプレックスPCRより
    クリアでリカバリー率の高いデータが得られます。
  • チップベースのアレイ解析よりも、パネル設計に高度な柔軟性があります。
  
  Flex-Seqは2つのFlex-Seqプローブを用いてSNP/InDelをターゲットととします。プローブは、ターゲットSNP/InDelの両側に設計されることにより、目的のターゲットを回収する能力が高くなります。プローブがターゲットに結合すると、プローブ間の相補鎖が合成され、ターゲット領域はゲノムDNAから増幅されます。ゲノムDNAと非特異的なプローブ結合産物は除去されます。この特徴的なFlex-Seqプローブは一反応で高レベルなターゲットマルチプレックスを可能とします。
  
  300 bpのシーケンシングを行うので、ハプロタイピングに適しています。フェーズ化されたアレルは特に倍数体種において育種選抜効率を改善します。

• 解析の流れ

右図は、3つの異なるマーカー数のFlex-Seqパネルから得られたジェノタイピング結果の概要です。 0.2×以上の平均シーケンス深度を持つマーカーパネルの割合は91-98%でした（Data uniformity）。 正確なジェノタイピングに十分なシーケンス深度（すなわちハプロイドゲノムあたり10×）をもつマーカーの割合は92-98%でした（Markers Recovered）。 アラインメントされたシーケンスデータの95-99%が意図したターゲットにマッピングされました（Sequencing Reads on Target）。 高いマーカー回収率、データの均一性、反応の特異性の組み合わせにより、あらゆるマーカーパネルのジェノタイピング結果の効率性と全体的な完全性が保証されます。

• 均一なシーケンス深度
  ほとんどのマーカーでの均一なシーケンス深度が得られるので、数千のサンプルの効率的なマルチプレックスシーケンスが可能になります。
  
  これらの効率は、新しいマーカーパネルのデザインでも再現でき、ゲノム全体の数千のマーカーをカスタマイズしてターゲットにすることができます。

• 高い再現性
  3つの異なるマーカーパネルを使用したテクニカルレプリケート間でのマーカーごとのリード生成割合は高い相関性を示しました。
  Flex-Seqは、独立したサンプル反応からマーカー回収率およびマーカーごとのデータ量において高い一貫性を実証しています。高い再現性は、サンプルからサンプルへのマーカーの回収をより予測しやすくし、追加データ解析の容易さと最終結果の完全性を向上させます。

• 特徴づけられた標準コンテンツに基づいて設計
• ニーズに合わせてカスタマイズも可能
• 設計済みパネルは順次追加予定

パネルリスト

パネル詳細およびパフォーマンス

• 動物パネル
  (まとめて開閉する)
  

  ブタ：Porcine 3K panel（クリックで詳細をご覧いただけます）

  • ゲノム上に等間隔に配置された3,005 DNA loci
  • マーカーは既知の有益なブタSNPデータから選択
  • ゲノム選抜、インピュテーション、マーカー選抜、血統分析など、日常的な育種目的のための設計

  
  
  
  ▲ Porcine 3Kパネルのパフォーマンス。均一性は98％以上、ローカスの回収率は98%以上、オンターゲットシーケンスリード率は99%であった。
  
  
  ▲ Porcine 3Kパネルの均一性。表示された3サンプルのプロットはいずれも比較的平坦であることから、各ターゲットは同程度のリード数を得ており、均一性は高い。
  
  

  
  

  ウシ：Bovine 24K / 7K panel（クリックで詳細をご覧いただけます）

  • 畜産業界により選択された46,000 loci 以上のライブラリーより選択
  • 目的に合わせて合理化可能
  • ウシ群内でのゲノム選抜またはマーカー選抜のガイドとして24Kあるいは7Kパネルから選択可能

  
  
  ▲ Bovine 24Kパネル(Panel A)、3Kパネル(Panel B)の均一性。24Kと7Kの両パネルは、複数のサンプル間で高い均一性を示している（サンプルごとに異なる色のデータポイントで示されるている）。
  
  

  
  

  ニワトリ：Poultry 3K panel（クリックで詳細をご覧いただけます）

  • 16,000 loci以上のライブラリーより選択
  • 既存品種に使用可能な3,000 loci以上を含む
  • 作成されたデータがブリーダーにとって有益となるよう、養鶏業界との関連性に基づいて選択された遺伝子を含むパネル

  
  
  ▲Poultry 3Kパネルの均一性。複数のサンプル間で高い均一性を示している（サンプルごとに異なる色のデータポイントで示されるている）。
  
  
  
  
  
  
• 植物パネル
  (まとめて開閉する)
  

  トウモロコシ：Maize 17K panel（クリックで詳細をご覧いただけます）

  • トウモロコシゲノムの最も情報量の多い多型に焦点をあてたパネル
  • 業界で証明された多型部位から質の高いデータを生成するために選択されたコンテンツ
  • パワー、効率性、カスタマイズの容易さのバランスに優れたターゲットジェノタイピングを提供

  
  

  ワタ：Cotton 3K panel（クリックで詳細をご覧いただけます）

  • 3,000 lociを含むパネル
  • 業界標準のSNPアレイ¹と一致
  • WGSの結果と98%一致
  • ゲノミックセレクションやインピュテーションのための設計

  
  
  ▲Cotton 3Kパネルの均一性。複数のサンプル間で高い均一性を示している。
  1:Development of a 63K SNP Array for Cotton and High-Density Mapping of Intraspecific and Interspecific Populations of Gossypium spp, Amanda M Hulse-Kemp et al, G3 (Bethesda), 2015 Apr 22;5(6):1187-209.
  
  

  
  

  ジャガイモ：Potato 22K panel（クリックで詳細をご覧いただけます）

  • ジャガイモゲノムの最も有益な多型に焦点をあてたパネル
  • パネルにはポテトウイルスY抵抗性や成熟に関するローカスが含まれる
  • パワー、効率性、カスタマイズの容易さのバランスに優れたターゲットジェノタイピングを提供