劣化したサンプル(FFPE)の救済 |
iconPCRのリアルタイム定量とオートノーマライゼーションにより、サンプルの品質によらず、⾼品質なライブラリー調製が可能になります。
幅広い品質のDNAサンプルから、従来のワークフローまたはiconPCRを⽤いたワークフローにより、ライブラリー調製を⾏いました。従来のワークフローでは、サンプルの品質により収量に差を認めましたが、iconPCRを⽤いたワークフローではすべてのサンプルを均⼀に増幅したことが確認できました。これにより、⾼品質サンプルでは過剰増幅のリスクが、低品質サンプルでは過少増幅のリスクが排除され、FFPEサンプルから抽出したDNA(もしくはRNA)を⽤いたNGSライブラリー調製の信頼性がより⾼く、効率的になります。
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シングルセル RNA-seq |
iconPCRはサンプルの定量と最終的なノーマライゼーションステップを省略し、よりシンプルなワークフローで⾼品質のライブラリーを⽣成します。
(左図)従来のワークフローまたはiconPCRを⽤いたワークフローにより調製されたライブラリーは、遺伝⼦の検出数および分⼦バーコード(UMI)の検出数において同等の結果を⽰しました。また、ミトコンドリアの割合(% mito)などの重要な品質指標に変化は認めませんでした。すべてのサンプルにおいて、細胞あたりの平均リード数と細胞あたりの平均UMI数および細胞あたりの平均遺伝⼦数の間に強い相関を認めました。これは遺伝⼦およびUMI数の違いはサンプル間のシーケンス深度の違いによるものであることを⽰しています。(右図)すべてのサンプルのクラスタリングにおいて、ライブラリー調製のワークフロー による違いを認めず、ワークフローの変更がデータ品質に悪影響を与えないこ とが⽰されました。
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土壌サンプルのメタゲノミクス解析 |
iconPCRは多様なサンプルを⾃動的にノーマライズし、キメラを減少させ、プーリングを効率化します。
メタゲノミクスのための⼟壌サンプルで、16S rRNAのV1-V9領域(約1,500 bp)をカバーするロングリードシーケンスを⾏いました。それぞれの⾊は独⽴した細菌種を表しています。iconPCRを⽤いたワークフローにより調製されたライブラリー(右図)は、サンプル中に豊富に含まれる細菌種の過剰増幅を防ぐことで、従来のワークフローにより調製されたライブラリー(左図)と⽐べてはるかに正確な多様性レベル(Shannonの多様度指数(Shannon Diversity Index)が2倍に増加)を⽰しています。
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製品型式 | iconPCR |
ウェル数 | 96 |
サンプル容量 | 10 - 100 μL |
消耗品の互換性 | 96ウェルプレート(ハイプロファイル)*1 |
加熱・冷却速度 | 最大5℃/秒 |
リッド温度範囲 | 30 - 110℃ |
温度精度 | ±0.2℃(90℃) |
温度均一性 | 96ウェル全体で0.2℃ CV |
勾配温度制御範囲 | 4 - 100℃ |
プログラム可能範囲 | 最大80℃ |
蛍光検出 | 488nmレーザー、520nm蛍光(SYBR Green、EvaGreen、FAM等対応) |
感度 | 単一分子検出 |
ダイナミックレンジ | 10桁 |
ソフトウェア | Windows対応ソフトウェア |
認証 | IEC61010-1、cTUVUS、CE、RCM |
動作環境 | 温度:15 - 25℃、湿度:最大80%(結露なし)、高度:海抜2,000mまで、屋内専用 |
汚染度 | 2 |
IP保護等級 | IPX0(防水性能なし) |
寸法 | (W) 41 x (D) 54 x (H) 32 cm *2 |
重量 | 31 kg |
電源 | 100 – 240 V、8.5 A、50-60 Hz |
*1:推奨の消耗品についてはお問い合わせください。
メーカー推奨品の8連PCRチューブを使用することも可能ですが、その場合はiconPCR 8連PCRチューブ用ホルダー(型式:n63002)と共に使用する必要があり、最大6列までの使用が可能です。
*2:換気のため、機器周囲に少なくとも10cmのスペースが必要です。 また、電源プラグとケーブルの容易なアクセスのため、機器背面に25~30cmのスペースが必要です。