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Asteria™シングルセル RNA-seq キット

Asteria™シングルセル RNA-seq キット

装置不要・細胞へのダメージが少ないシングルセル調製を実現

Asteria™は専用の機器を必要としない、シングルセルRNA-seq実験のためのベンチトップキットです。
画期的なハイドロゲル技術により、細胞へのダメージが少なく、また細胞サイズの制限がなく、最大15,000個の細胞をシングルセル調製することが可能です。
Asteria™はベンチトップキット製品であるため、すぐに使用でき、新鮮な細胞での解析が可能です。専用の機器を使用する場合と異なり、待ち時間が発生しません。細胞の生存率やトランスクリプトームに影響を与えうる凍結や固定のステップを省くことができます。


特長

  • 安価なサンプル調整コスト:
    ハイスループットなキットで4 x 15,000のインプット細胞を処理し、サンプルあたりのコストを削減します。

  • 使いやすく、特別な装置は不要:
    基本的な実験技術で操作できるシングルユースのベンチトップ・キットにより、研究を加速することができます。

  • 迅速なサンプル処理が可能:
    すぐに使える使い切りのプレミックス試薬で、試薬調整の手間がかかりません。

  • 安全な停止ポイント:
    実験開始2時間後より安全に実験を停止できるポイントが設定されています。遺伝子情報を失うことなく再開することができます。

  • 高品質なデータ:
    マイクロ流路ベースの技術と同等のscRNA-seqデータを得ることが可能です。



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ワークフロー

強力なRevGel-seq™ ハイドロゲル技術により、最大4回、各15,000細胞を処理でき、実験開始2時間後より安全な停止ポイントが設定されています。
     チュートリアル動画の視聴・ユーザーガイドのダウンロードはこちら 
  • 柔軟なワークフローで、自分のペースで実験計画を立てることができます: 凍結固定を省略し、新鮮なサンプルをすぐに、しかも装置なしでワークベンチ上で処理することにより、細胞を節約することができます。6つの安定した停止ポイント(最初の停止ポイントは実験開始後2時間)により、サンプルをいつ入手しても、ワークフローを開始することができます。
  • 低マルチプレット率で高いmRNA捕捉率と遺伝子感度を体験できます: マイクロ流路技術と同等の高品質なデータセットを生成することができ、装置やトレーニングは必要ありません 。 サンプル中の細胞タイプを正確に識別し、特定の細胞サブタイプの遺伝子発現の差異をマップします。異なるサンプルの組織タイプでの結果を確認することができます。
  • シンプルなワークフローで最適なパフォーマンスを実現します: 直感的かつ段階的なワークフローを備えた使いやすいキットにより、重要なトランスクリプトームの情報を失うリスクをなるべく抑えます。 プロセス全体を把握することで、次の手順に進む前に停止ポイントで調整したり、サンプルをシーケンス用に準備したりすることができます。

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シングルセル解析ソフトウェア Cytonaut™  

  • シングルセルデータセットを解析するためのスタンドアロンソフトウェア
Cytonaut™ ソフトウェアは、シーケンスの生データの処理、シーケンスクオリティの管理から、カウントマトリックスやサンプルクオリティの指標の提供、さらに遺伝子発現差解析やインタラクティブなデータの可視化などの後処理結果まで、シングルセル解析ワークフロー全体をカバーしています。


  • 完全なクラウドベース


Scipio bioscience社のサーバーがデータ処理を完全に担っているため、ソフトウェアをインストールしたり、リソースを占有する必要はありません。シーケンスデータと解析は、堅牢な品質管理プロセスとチェックポイントを持つCytonaut™にお任せください。




  • シングルセルデータセットを最大限に活用
Cytonaut™ソフトウェアを使用すると、公表可能なグレードのシングルセルの視覚的なデータを作成することもできます。サンプル細胞サブタイプのクラスターやサブクラスターの同定、遺伝子発現差解析、トラジェクトリー解析によるデータ解釈のサポートなどをご利用いただけます。


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パフォーマンス

高いmRNA キャプチャ率と遺伝子感度、低い細胞マルチプレット率
  • ヒトHEK293細胞とマウスNIH3T3細胞それぞれ5,000細胞の混合サンプルでの結果


  • Asteria™で調製したマウスNIH3T3/ヒトHEK293細胞の混合サンプルでは、細胞あたりのシーケンス深度が50,000 raw readsの場合、細胞あたりの遺伝子数の中央値は、ヒト細胞で約5,600、マウス細胞で約4,500でした。また、細胞キャプチャ率は約45%、平均異種間細胞マルチプレット率は3%、ミトコンドリアRNA率は4%でした。


強力な細胞サブタイプ同定
  • 末梢血単核細胞(PBMC)からなる混合サンプルでの結果


  • 予想されるすべての細胞クラスターが検出され、他のシングルセルアプローチに匹敵する、ヒトPBMCサンプルの細胞タイプを同定できました。Cytonaut™は、高解像度で細胞(サブ)タイプの強力なクラスタリングが可能です。


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アプリケーション・ポスター資料





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FAQ

asteria
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  • Asteria™ シングルセル RNA-seq キットで処理できるサンプルの種類は何ですか?

    現在、Asteria™ シングルセル RNA-seq キットは、初代および培養細胞株を含む哺乳類細胞の処理に有効であることが確認されています。
    実験を中断した後に再開はできますか?その場合、停止ポイントはサンプルの処理を始めてからどのくらいでしょうか?

    はい、再開可能です。Asteria™ シングルセル RNA-seq キットは、プロトコルを開始してから2時間後に停止できるポイントがあります。その後、トランスクリプトーム情報を失うことなく、サンプルを-80℃で35日間安全に保存することができます。
    シーケンス用のcDNAを調製するには、どのライブラリー調製キットが推奨されますか?

    Asteria™ シングルセル RNA-seqキットで最適なシーケンス結果を得るためには、New England Biolabs社のNEBNext ® Ultra II FS DNA Library Prep kitの使用を推奨します。 他のライブラリー調製キットも今後検証を行い、リストを拡張していく予定です。
    Asteria™ シングルセル RNA-seq キットを使用するのに実験機器は必要ですか?

    Asteria™ シングルセル RNA-seq キットの使用には、基本的な細胞及び分子生物学の実験機器のみ必要です。以下に主なものを簡単にリストアップしてしています。 詳細についてはユーザーガイドをご参照ください。
    •ヒートブロック
    •PCRサーマルサイクラー
    •遠心分離機
    •細胞計数装置 (顕微鏡とNanoEntek のC-chips推奨)
    •振とう培養機
    •1.5 mL マイクロチューブ用卓上遠心機
    •1.5 mL マイクロチューブ用ミニ遠心機
    •1.5 mL マイクロチューブ用の回転子/ホイール
    •キャリブレーション済みマイクロピペット (P10、P20、P200、P1000)
    •ボルテックス

    本キットの使用には、次の消耗品と試薬が必要です。
    •滅菌血清ピペット (5、10、25mL)
    •滅菌済、ヌクレアーゼフリーのマイクロピペット用フィルター付きチップ (ローリテンションチップ推奨)
    •DNase/RNaseフリー1.5mLマイクロチューブ
    •DNase/RNaseフリーPCRストリップ
    •分子生物学グレードのDNase/RNaseフリー水
    • 0.1M NaOH 溶液 (分子生物学グレードのストック溶液から新たに調製したもの)
    サンプル調製実験では、何個の細胞を処理できますか?

    プロトコルは、1サンプルあたり5,000~15,000個の細胞で開始するように設計されています。キットには4回分の試薬が用意されており、多数の細胞を処理することが可能です。



cytonaut
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  • クラウドベースの解析ソフトウェアCytonaut™ へは、どのようにアクセスすればよいですか?

    無料アカウントを作成することで、誰でも Cytonaut™ ソフトウェアにアクセスできます。 デフォルトでは、読み取り専用モードでデモデータからソフトウェアの機能を試すことができます。 お客様のデータを実行したい場合、現時点ではデータを生成するために Asteria™シングルセル RNA-seq キットを購入する必要があります。
    Cytonaut™を使用するために、パソコンにソフトウェアやパッケージをダウンロードする必要がありますか?

    Cytonaut™は完全なクラウドベースの為、分析全体はwebブラウザで管理されます。どこからでも解析にアクセスでき、計算解析はリモートで実行されます。
    Cytonaut™クラウドソフトウェアは、今後さらに機能を追加していく予定はありますか?

    はい、Cytonaut™クラウドソフトウェアは進化するソフトウェアとして設計されており、ユーザーのフィードバックを統合した新しい便利な機能を備えた新バージョンを定期的に提供する予定です。そのため、お客様からのフィードバックは大変貴重です。
    ご意見を頂ける際は以下にご連絡ください。
    reagents@primetech.co.jp


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  • Scipio bioscience
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