• 短いプローブにより高い特異性を実現
  3’末端のMGB部位が融解温度（Tm値）を上昇させることにより、プローブを短くすることができ、配列特異性が向上します。


• 高いS/N比による感度の向上
  MGBプローブの消光効率の向上により、バックグラウンドノイズを低減し、S/N比を向上させ、感度を向上させます。


• SNP検出の向上
  高い二重鎖安定性により、ΔTm値が増加し、SNP/mismatchの識別が改善されます。


• 信頼できるオリゴサプライヤー
  Biosearch Technologies社は最も実績のあるオリゴハウスの一つです。品質、安定した納期、フォーマットの柔軟性で知られています。


• ISO9001およびISO13485の製造オプション
  アッセイの設計からスケールアップ、商品化までを当社とパートナーシップを結ぶことで、オリゴサプライヤーの制約や制限から解放されます。


• 短いプローブ設計により、高い特異性とS/Nを実現
  
  3’末端のMGB部位はマイナーグルーブ（副溝）に非共有結合し、ターゲットとプローブの二重鎖を安定させ、二重鎖のTm値を効果的に増加させることができます。Tm値の増加により、プローブを短くすることができ、配列特異性を高めることができます。 プロ―ブが短くなると、色素とクエンチャーが近くなり、消光効率が高くなります。EDQのような無蛍光のクエンチャーと組み合わせることによって、短いプローブは低バックグラウンドと高いS/Nを実現します。


• SNP/ミスマッチの識別の向上
  一塩基のミスマッチは、他の種類のプロ―ブよりもMGBプローブにおいて、より大きな不安定化効果を与えます。ミスマッチがMGB領域にある場合はその効果は絶大です。 このためMGBプローブは、ミスマッチに対するΔTm値が大幅に向上し、SNPの識別が改善します。


• 高品質なオリゴを提供する信頼できるサプライヤー
  Biosearch Technologies社では、複数のサイトでオリゴを製造しており、製造の冗長性、リスクの軽減、およびサージキャパシティを提供します。 独自の垂直統合によって、同社の化学品製造ラボは、独自のオリゴ合成法で使用される重要なほとんどを製造し、安定したサプライチェーンと、開発における一貫した品質を保証します。


• ISO9001およびISO13485に基づく製造オプション
  Biosearch Technologies社は、ISO9001(研究利用用途のみのグレード)、およびISO13485/cGMP（診断グレード）認証の製造オプションにより、研究開発からのスケールアップ、商業化のニーズに対応します（該当する場合）。

5'蛍光色素	吸収波長(nm)	蛍光波長(nm)	3'クエンチャー
FAM	495	520	EDQ*
TET	521	536	EDQ
CAL Fluor Gold 540	522	544	EDQ
CIV-550	530	550	EDQ
HEX	535	556	EDQ
CAL Fluor Orange 560	538	559	EDQ

*Eclipse Dark Quencher (EDQ)

• 業界標準の性能

図:大腸菌LacZ遺伝子用に設計されたMGBアッセイの例
各アッセイのプローブを合成し、5’末端をFAM, TET, CIV/VIC, HEX/NEDで修飾し、3’末端をMGB-Eclipse Dark Quencherを結合しました。Biosearch Technologies社（青色）、競合X社（紫色）。すべての非標識のオリゴヌクレオチドは、Biosearch Technologies社で合成されました。 各アッセイの性能は、大腸菌ゲノムDNAの希釈系列（1反応あたり、1x10^2~1x10^8コピー）をTaqMan Fast Advanced Master Mixで実行しました。アッセイ濃度やサイクル条件はメーカー推奨に従いました。

• qPCRおよび遺伝子発現
• プロ―ブの長さは8~30塩基を目安にしてください。
• GC含量は30~80%を目安にしてください。
• 同一ヌクレオチド（プローブープライマー間の）のランを避けてください。
• 5’末端にグアノシンを配置しないでください。レポーター色素の隣にグアノシンがあると、蛍光が変化します。
• 3’末端にグアノシンを配置しないでください。（例: 5’-...GGG-MGB-3’ or 5’-...GGAG-MGB-3’）
• 連続した4つのグアノシンは安定な二次構造を形成する可能性があるため避けてください。
• FAM標識のプロ―ブの場合、5’末端の2番目の位置にグアノシンを置かないでください。
• プロ―ブ内の任意の位置に6連続のアデノシンを置かないでください。
• プロ―ブの中央に2つ以上のシチジンがあると、シグナルが減少することがあるので避けてください。

• SNPジェノタイピング
  プロ―ブ間の融解温度（Tm値）の差は1℃を超えないようにします。
  SNP部位はプローブ配列の中央1/3から3’末端側に配置します。ただし3’末端から2塩基は避けて下さい。

• 健康と病気に関連した遺伝子発現変化の調査
• 臨床サンプル中の病原体の検出
• 農作物や家畜、水産養殖を最適化するための形質転換をサポートするジェノタイピング

• MGBプローブの注文方法
  Biosearch Technologies社では、MGBプローブを、溶液、凍結乾燥、またはValuMix Assay(プローブとプライマーの混合溶液)の3つの形態で提供しています。MGBプローブは全てRP-HPLCで精製され、Mass Spectrometryで配列の検証が行われています。またご要望に応じ、Certificate of Analysis (CoA, 分析証明書）を発行いたします。
  プローブ作成に必要な情報を以下のExcelフォームにご入力いただき、
  電子メールにてreagents@primetech.co.jpまでお送りください。
  
  

  MGBプローブ注文フォーム(Excelファイル)  のダウンロード

  
  
  • 遺伝子発現およびqPCR用MGB ValuMix Assay
    1つのカスタムMGBプローブと一対のプライマーを、プローブ/プライマー比（1:1~1:4.5）で、1本のチューブでご提供します。
    
    

    遺伝子発現およびqPCR用MGB ValuMix Assay 注文フォーム(Excelファイル)  のダウンロード

  
  
  • SNPジェノタイピング用MGB ValuMix Assay
    2つのカスタムMGBプローブと一対のプライマーを、1本のチューブでご提供します。 ValuMix Assayの利用により、ピペッティングステップを減らし、実験のセットアップ時間を減らします。
    
    

    SNPジェノタイピング用MGB ValuMix Assay 注文フォーム(Excelファイル)  のダウンロード

MGBプローブは3’末端にEclipse Dark Quencher（EDQ）とMinor groove binder(MGB)が装着されています。Minor groove binderはジヒドロピロロインドールカルボキシレート（dihydropyrroloindole-carboxylate）(CDPI3) トリペプチドであり、標的配列の副溝に折りたたまれます。MGBはファンデルワールス力を安定化させ、プローブとターゲットの結合親和性を高め、融解温度（Tm）を上昇させます。

この安定化により、プローブ自体の長さを大幅に短く設計することができます。短いプローブは、蛍光体とクエンチャーを近づけることでクエンチング効率を高め、バックグラウンドが低く、シグナルが高くなるため、感度と精度が向上します。感度が向上すると、Cq値が早くなり、同じレベルの検出を行うために必要なサンプル量や試薬量が少なくなります。

MGBプローブはアッセイデザインの柔軟性を高め、AT-rich配列など、より困難なターゲット配列の検出をサポートします。プローブ配列に依存しないので、プローブの塩基変換が制限されている場合に有効です。一塩基のミスマッチはMGBプローブ、特にマイナーグルーブ結合領域においてより大きな不安定化効果を持ち、∆Tmを高めることでSNP検出やアレルリック識別アッセイを向上させることができます。MGBプローブの使用により、わずか8塩基からという短いプローブが可能となります。また、MGBプローブは最大30塩基まで拡張することが可能です。25塩基以上の長さのプローブを設計する場合は、BHQnovaプローブの使用をお勧めします。