• ライブラリには、機能的に検証されたSNPマーカーが含まれています
• 費用効果が高く堅牢なKASPジェノタイピングテクノロジーで利用できます
• 柔軟性 – ゲノムの位置に基づいて、プロジェクトに関連するマーカーを選択できます
• 便利 – 繁殖個体群または新規品種に直接有益なマーカーを使用できます
• 最小注文なし – ライブラリから任意の数のアッセイを注文できます
• KASPアッセイは、自分の研究室で簡単に実行できます。またジェノタイピングサービスプロジェクトでも使用できます。

• イネ アッセイリスト 
  ( (Biosearch Technologies社サイトよりExcel データがダウンロードされ、SNP ID/連鎖群/遺伝子座/対立遺伝子などアッセイ情報をご覧頂けます。))
• 共同開発：Generation Challenge Programme、およびそのIntegrated Breeding Platform
• ライブラリ：機能的に検証された2000以上のSNPアッセイが含まれています。
• イネジェノタイピングライブラリの開発：
  イネのSNP(一塩基多型)のKASPアッセイへの変換は、Generation Challenge Programmeより委託されたもので、主要なOryza グループ内および、グループ間の多型マーカーセットです。これらのマーカーサブセットは、Oryza Glaberrima/O. sativa の間の多型を検証するために使用されています(Pariasca-Tanaka et al., 2014 ())。

• コムギ アッセイリスト
  
  • Full assay list: University of Bristol KASP wheat panel 
  • Core set of 960 SNP assays 
  • Full assay list: IBP KASP wheat panel 
    (Biosearch Technologies社サイトよりExcel データがダウンロードされ、SNP ID/連鎖群/遺伝子座/対立遺伝子などアッセイ情報をご覧頂けます。)
• 共同開発：Bristol大学およびIntegrated Breeding Platform
• ライブラリ：機能的に検証された8000以上のSNPアッセイが含まれています。
• アッセイの種類：
  
  • Bristol wheat genomics assays
    7000以上の機能的に検証されたアッセイのセットは、University of Bristol, School of Biological Sciencesと共同で開発されました（プレスリリース（）を参照）。 このプロジェクトに関する広範な情報は、CerealsDBセクションのBristol Wheat Genomicsサイト () からアクセスできます。 Bristol wheat genomics assays の開発については、次の出版物に記載されています。
    
    CerealsDB 2.0: an integrated resource for plant breeders and scientists.
    Wilkinson, P.A., Winfield, M.O., Barker, G.L.A., Allen, A.M., Burridge, A, Coghill, J.A., Burridge, A. and Edwards, K.J. (2012), BMC Bioinformatics 13: 219 ()
    
    The Wheat SNP Database
    
    
    
  • Core set of 960 SNP assays
    Bristolのコムギライブラリ内において、A、B、およびDコムギゲノム全体に渡り、10cM間隔で均等に分布する960個の事前検証済みアッセイのコアセットが同定されています。960のアッセイの均一な分布により、中解像度のスクリーニングが容易になります。例えば、親品種の特性評価と育種プログラムにおける新規品種の開発のため。
    
    アッセイの選択：
    コムギライブラリアッセイは、A、B、Dゲノム、およびこれらのゲノム内のすべての染色体を対象としています。 ここからダウンロードできるゲノム（A、B、D）ごとにアッセイをリストしたファイルがあります。
    
    
  • IBP wheat assays
    IBP wheat assaysのコムギジェノタイピングアッセイは、非生物的ストレスが収量に大きな影響を与える環境で小麦生殖質の発達を可能にするために、元々Generation Challenge Programを通じて開発されました。
    
    

• ダイズ アッセイリスト 
  (Biosearch Technologies社サイトよりExcel データがダウンロードされ、SNP ID/連鎖群/遺伝子座/対立遺伝子などアッセイ情報をご覧頂けます。)
• 共同開発：Generation Challenge Programme、およびそのIntegrated Breeding Platform
• ライブラリ：機能的に検証された1000以上のSNPアッセイが含まれています。
• ダイズジェノタイピングライブラリ―の開発：
  Glycine max L. KASPジェノタイピングアッセイは、Hyten et al., 2010に記載されている1536 SNPマーカーのオリジナルセットである「UniversalSoy LinkagePanel」（USLP1.0）から設計されました。これらのSNPマーカーは、20のコンセンサス連鎖グループのそれぞれ全体に均一に分布し、多様な遺伝資源における最適な対立遺伝子頻度のために選択されました。

• トマト アッセイリスト 
  (Biosearch Technologies社サイトよりExcel データがダウンロードされ、SNP ID/連鎖群/遺伝子座/対立遺伝子などアッセイ情報をご覧頂けます。)
• 共同開発：Solanaceae Coordinated Agricultural Project (SolCAP)
• ライブラリ：SolCapプロジェクトで慎重に選択され、検証済みの384SNPsパネルと、遺伝的にマッピングされた約7,000SNPsのパネルがあります。
• コラボレーター：
  
  • Michigan State University, Department of Plant Biology
  • Ohio State University, Department of Horticulture & Crop Science
  • Seed Biotechnology Center, University of California Davis

• トウモロコシ アッセイリスト 
  (Biosearch Technologies社サイトよりExcel データがダウンロードされ、SNP ID/連鎖群/遺伝子座/対立遺伝子などアッセイ情報をご覧頂けます。)
• 共同開発：CIMMYT Global Maize Programおよび Generation Ghallenge Programme
• ライブラリ：機能的に検証された1200以上のSNPアッセイが含まれています。これらのアッセイは、CIMMYTやCGIARなどの500以上のプロジェクトで利用されています。
• トウモロコシジェノタイピングライブラリの開発
  トウモロコシ種（Zea mays）のSNPマーカーはB73のリファレンスゲノムに対するマッピングデータ (Jones et al., 2009 ())、および、EST配列からのSNPマイニング研究 (Batley et al., 2003 ()) から開発されました。SNPは、トウモロコシの284の組換え近交系集団に対してマッピングされました-IBM (B736Mo17) や、LHRF (F26F252)、24のPioneerの独自の品種と60のエリート品種、北米やヨーロッパの系統、3つの熱帯系統を含みます。

 イネジェノタイピングライブラリ

Integrated Breeding Platform (IBP):
https://www.integratedbreeding.net

Development of genome-wide SNP assays for rice. McCouch, S.R., Zhao, K., Wright, M., Tung C.W., Ebana, K., Thomson, M., Reynolds, A., Wang, D., DeClerck, G., Ali, L., McCIung, A., Eizenga, G., Bustamante, C. (2010). Breeding Science 60: 524–535. ()

Development of a SNP genotyping panel for detecting polymorphisms in Oryza glaberrima/O. sativa interspecific crosses. Pariasca-Tanaka, J., Lorieux, M., He, C., McCouch, S., Thomson, M.J., Wissuwa, M. (2014). Euphytica 201(1): 67-78. ()


 コムギジェノタイピングライブラリ

CerealsDB 2.0: an integrated resource for plant breeders and scientists.
Wilkinson, P.A., Winfield, M.O., Barker, G.L.A., Allen, A.M., Burridge, A, Coghill, J.A., Burridge, A. and Edwards, K.J. (2012), BMC Bioinformatics 13: 219 ()

Fact sheet: DNA requirements ()

Poster: Key trait screening on global wheat accessions using KASP genotyping markers A new open resource for the wheat breeding community :()

Case study: University of Bristol – The Cereal Genomics Group (wheat) Development and validation of KASP SNP assays for wheat that can be implemented in marker-assisted selection (MAS) to improve future wheat yields. ()

Application note: University of Bristol – The Cereal Genomics group (wheat) Discovery and development of exome-based, co-dominant single nucleotide polymorphism markers in hexaploid wheat (Triticum aestivum L.) ()

Research article: Plant Biotechnology Journal Transcript-specific, single-nucleotide polymorphism discovery and linkage analysis in hexaploid bread wheat (Triticum aestivum L.) ()

Press release: Wheat genome project gains funding boost from CIRC ()


 ダイズジェノタイピングライブラリ

Integrated Breeding Platform (IBP):
https://www.integratedbreeding.net

A High Density Integrated Genetic Linkage Map of Soybean and the Development of a 1536 Universal Soy Linkage Panel for Quantitative Trait Locus Mapping. Hyten, D.L. , Choi, I.-Y., Song, Q., Specht, J.E., Carter, T.E. Jr., Shoemaker, R.C., Hwang, E.-Y., Matukumalli, L.K., Cregan, P.B. (2010). Crop Science 50:960 ()

SNP identification and marker assay development for high-throughput selection of soybean cyst nematode resistance. Shi, Z., Liu, S., Noe, J., Arelli, P., Meksem, K., & Li, Z. (2015). SNP identification and marker assay development for high-throughput selection of soybean cyst nematode resistance. BMC genomics, 16(1), 314. ()

結論: 「3つの機能的なSNPマーカー（Rhg1遺伝子座に2つ、Rhg4遺伝子座に1つ）が同定されました。ダイズシストセンチュウ（SCN, Soybean Cyst Nematode）抵抗性を選択するための遺伝子型情報を提供し、多くの遺伝資源系統についてダイズ品種PekingをPI 88788から識別できます。堅牢なKASP SNPマーカーアッセイが開発されました。 ほとんどの場合、これらのマーカーの1つまたは2つを使用することで、SCN抵抗性を示す植物の高スループットマーカー選抜に十分です。」


 トマトジェノタイピングライブラリ

Single Nucleotide Polymorphism Discovery in Cultivated Tomato via Sequencing by Synthesis. Hamilton, J. P., Sim, S. C., Stoffel, K., Van Deynze, A., Buell, C. R., Francis, D. M. (2012). The Plant Genome. Vol. 5, 17-29. ()

High-Density SNP Genotyping of Tomato (Solanum lycopersicum L.) Reveals Patterns of Genetic Variation Due to Breeding. Sim, S-C., Van Deynze, A., Stoffel, K., Douches, D.S., Zarka, D., Ganal, M.W. … & Francis, D.M. (2012). PLoS ONE 7(9): e45520. ()


 トウモロコシジェノタイピングライブラリ

International Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT):
http://www.cimmyt.org/en

Integrated Breeding Platform (IBP):
https://www.integratedbreeding.net

Development of single nucleotide polymorphism (SNP) markers for use in commercial maize (Zea mays L.) germplasm. Jones, E., Chu, W. C., Ayele, M., Ho, J., Bruggeman, E., Yourstone, K., ... & Smith, S. (2009). Molecular Breeding, 24(2), 165-176. ()

Mining for single nucleotide polymorphisms and insertions/deletions in maize expressed sequence tag data. Batley, J., Barker, G., O’Sullivan, H., Edwards, K. J., & Edwards, D. (2003). Plant Physiology, 132(1), 84-91. ()

Genetic gains in grain yield through genomic selection in eight bi-parental maize populations under drought stress. Beyene, Y., Semagn, K., Mugo, S., Tarekegne, A., Babu, R., Meisel, B., ... & Crossa, J. (2015). Crop Science, 55(1), 154-163. ()

QTL mapping and molecular breeding for developing stress resilient maize for sub-Saharan Africa. Semagn, K., Beyene, Y., Babu, R., Nair, S., Gowda, M., Das, B., ... & Warburton, M. L. (2015). Crop Science, 55(1), 1-11. ()