ValuPanel	SARS-CoV-2 Mutation	Variants containing specified SARS-CoV-2 mutation
		Pango Lineage	WHO label
SARS-CoV-2 Variant ValuPanel [E484K]	E484K	B.1.351, B.1.1.28 (P.1)	Beta, Gamma, Eta
SARS-CoV-2 Variant ValuPanel [del H69-V70]	del H69-V70	B.1.1.7, DK mink Cluster V, B.1.1.529	Alpha, Eta, Omicron
SARS-CoV-2 Variant ValuPanel [N501Y]	N501Y	B.1.1.7, B.1.351, B.1.1.28 (P.1), B.1.1.529	Alpha, Beta, Gamma, Omicron
SARS-CoV-2 Variant ValuPanel [K417N]	K417N	B.1.351, B.1.1.529	Beta, Omicron
SARS-CoV-2 Variant ValuPanel [K417T]	K417T	B.1.1.28 (P.1)	Gamma
SARS-CoV-2 Variant ValuPanel [P681H]	P681H	B.1.1.7, B.1.1.238, B.1.1.529	Alpha, Omicron
SARS-CoV-2 Variant ValuPanel [L452R]	L452R	B.1.427, B.1.429, B.1.617.1, B.1.617.2	Epsilon, Kappa, Delta
SARS-CoV-2 Variant ValuPanel [P681R]	P681R	B.1.617.1, B.1.617.2, B.1.617.3	Kappa, Delta
SARS-CoV-2 Variant ValuPanel [E484Q]	E484Q	B1.617.1, B1.617.3	Kappa

※画像をクリックすると大きなサイズで表示されます。

特に重要な変異は、VariantB.1.1.7(イギリスで最初に検出)、B.1.351(南アフリカで最初に検出)、および、P1またはB.1.1.28(ブラジルから日本に到着した旅行者から最初に検出）です。SARS-CoV-2変異を迅速かつ信頼性高く同定することは、新たな変異体の伝達動態に加えて、ワクチンや治療法の有効性についての重要な公衆衛生情報の収集につながります。

Spike protein mutation	B1.1.7 (Alpha)	B.1.351 (Beta)	P.1 (Gamma)	B1.617.1 (Kappa)	B1.617.2 (Delta)	B1.617.3	B.1.427/9 (Epsilon)	B1.1.529 (Omicron)
Del H69-V70	Del HV	HV	HV	HV	HV	HV	HV	Del HV
L452R	L	L	L	R	R	R	R	L
P681H P681R	H	P	P	R	R	R	P	H
E484K E484Q E484A	E	K	K	Q	E	Q	E	A
N501Y	Y	Y	Y	N	N	N	N	Y
K417T K417N	K	N	T	K	K	K	K	N

以下の表で強調表示されている変異は、VOCを区別するために使用できます。オミクロン株（B.1.1.529）を他のVOCと区別するために、69-70 Del（オミクロン株BA.1系統に存在）およびK417N（オミクロン株BA.1とBA.2の両方の系統）。トリ対立遺伝子変異の正確な遺伝子型決定のために、K417TとK417Nの両方のアッセイなど、各位置での両方のアッセイを使用することをお勧めします。詳細については、マニュアルを参照してください。

必要なアッセイが見つからない場合は、Biosearchのアッセイ設計および開発チームがお手伝いします。
また、SARS-CoV-2変異のカスタムアッセイデザインを提供できまので、弊社までお問い合わせください。

Spike protein mutations
Variants	E484K	69-70 Del	N501Y	K417N	K417T	P681H	P681R	L452R
Alpha
Beta
Gamma
Delta
Omicron		*	**			*

*オミクロン株配列には、これらの部位に近位変異が含まれており、SARS-CoV-2バリアントValuPanelアッセイのパフォーマンスに影響を与える可能性があります。アッセイのパフォーマンスを検証するための適切なコントロールテンプレートを含めます。
** N501Y部位に多数の近位変異があるため、現在、オミクロン株変異体のジェノタイピングにSARS-CoV-2変異体ValuPanel [N501Y]アッセイを推奨していません。

製品に含まれるもの

• SARS-CoV-2標的配列を増幅するためのフォワードおよびリバースプライマー。1つのプライマーは標的配列の逆転写も開始します。
  
  
• 変異部位を特異的に検出するBHQplusプローブ
  
  
  • 変異特異的プローブ、CAL Fluor Orange 560標識
  • リファレンス/野生型特異的プローブ、FAM標識
  
  

  	Oligo type	Target	Dye	Quencher	nmol oligo delivered
  Panel components	Probe	Wild-type allele	FAM	BHQ-1 Plus	5 nmol
  	Probe	Mutant allele	CAL Fluor Orange 560	BHQ-1 Plus	5 nmol
  	Primer	N/A	N/A	N/A	20 nmol
  	Primer	N/A	N/A	N/A	20 nmol

プローブとプライマーは乾燥状態、各プローブ5nmol, 各プライマー20nmolで提供されます。プローブとプライマーは別々のチューブで提供されます。あらかじめの混合はされていません。 推奨濃度は、マニュアルをご参照ください。

SARS-CoV-2 Variant ValuPanelアッセイは、FAM、CAL Fluor Orange 560(VIC/HEX/JOE channel)を検出可能な全てのqPCR機器と互換性があるように設計されています。各キットは、少なくとも1000反応を行うための試薬が含まれます(Reaction Volume 20uL, Probe: 200nM, Primer:900nMの場合)



製品に含まれないもの

PCR master mix, ROX reference dye, Positive controlは含まれていません。Positive Control templateの推奨事項は、SARS-CoV-2 Variant ValuPanelごとに提供されます。



K417TおよびK417N変異の解析

スパイクタンパク質の417番目のアミノ酸は、ジェノタイピング解析の重要な標的ですが、複数塩基多型（Multiple Nucleotide Polymorphism: MNP）のため、追加のアッセイが必要になる場合があります。417番目のアミノ酸の遺伝子型を決定するには、K417NとK417Tのアッセイの両方を使用することを推奨します。詳細はマニュアルをご参照ください。



Product Insert (日本語)

• 早い納期:
  在庫がある場合、翌営業日に出荷します。
• 信頼できる結果:
  Black Hole Quencher（BHQ）テクノロジーは製造開発元から提供されます。
  WHOが提供するCOVID-19の８つプロトコルのうち7つで利用されています。
• 高い特異性:
  BHQplusプローブテクノロジーにより忠実度の高いジェノタイピングの結果が得られます。
• 柔軟なアッセイデザイン:
  プローブとプライマーは個別に提供されます。組み合わせにより、アッセイデザインオプションを増やすことができます。
• 品質の一貫性:
  すべてのプローブとプライマーは、HPLC精製が行われています。ポジティブコントロールの製造は完全に別の施設で行われ、出荷されています。

マニュアル（英語）

技術情報（英語）

短いプローブ (15～25塩基) のDNA結合安定性を改善したプローブです。修飾されたC・Tヌクレオチドを使用することによって特異性を強化し、ミスマッチ識別を改善するように設計されています。

MGBプローブが必要なSNP解析や、AT-rich領域の解析のための優れた選択肢として用いることができます。BHQplus技術でMGBプローブ・アッセイを再設計することにより、アッセイコストを削減し、データの品質を改善します。

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