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ターゲットキャプチャキット myBaits Custom DNA-Seq

ターゲットキャプチャキット myBaits Custom DNA-Seq

目的のゲノム領域を迅速かつ選択的に濃縮することができる、ビオチン化RNAプローブと試薬のセット

標的分子に特異的に設計されたプローブは、ターゲット配列と数塩基異なっていてもハイブリダイズするため、分類学的に分岐した種や系統にも有効です。したがって、ゲノムシーケンスや、トランスクリプトーム解析が行われていない非モデル生物でも使用することが可能です。

次世代シーケンシング(NGS)は、DNAサンプルの迅速なディープシーケンシングに効果的な方法です。しかし、全ゲノムまたはメタゲノム内では、特定のシーケンス領域は通常、相対的な存在量が少ないため、それらを正確に検出して再構築するには、ディープショットガンシーケンスが必要になります。従って、対象のゲノム領域でのみカバレッジを増加させるNGSが望ましいと考えられます。

myBaitsターゲットキャプチャキットはビオチン化RNAプローブと試薬のセットであり、単一の遺伝子座、または分類学上のグループ全体からの数万の遺伝子座までターゲットを濃縮するように設計が可能で、ターゲット領域を深く読むことができ、サンプル当たりのコストの削減に役立ちます。



上図はシングルエンドのリードがhg38ゲノムリファレンス配列にアラインメントされており、長さ80ntの myBaitsプローブが青で示されています。
カバレッジはベイト領域で最も高く、ベイト領域の上流と下流で次第に減少していますが、NGSライブラリ分子をより長くすると、既知または未知の隣接領域のさらなるシーケンスを可能にします。

ターゲットシーケンスサービスmyReadsはこちらから  

特長

  • 低コストで、あらゆるサイズのプロジェクトで(1~200Kまで)利用することが可能です。
  • ゲノム、転写産物、SNPなどの任意の核酸から簡単に設計が可能です。
  • メーカーの専門家も交え、無料でプローブの設計を承ります。
  • どのキットにもプローブ、ハイブリダイゼーション試薬、バッファーが含まれておりすぐに使用が可能です。
  • ショートリードシーケンスとロングリードシーケンスの両方を含む、 任意のNGSプラットフォーム(Illumina®、IonTorrent®、PacBio®、Nanopore®など)で使用できます。
  • プローブとターゲットの配列が完全に一致している必要はなく、20%強の違いを許容し、エンリッチメントが可能です。
  • リファレンス配列に対してターゲット配列に再編成・変異があった場合でも、既知の配列領域を濃縮することが可能です。(新規微生物など)



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ワークフロー

1 ハイブリダイゼーション 2 洗浄 3 増幅
ライブラリを熱変性し、相補的なビオチン化RNAベイトにハイブリダイズします。
アダプター固有のブロッキングオリゴにランダムなアニーリングを防ぎます。
ビオチンは、ストレプトアビジンでコーティングされた磁気ビーズに結合し、オフターゲットやハイブリダイゼーションが不十分なライブラリ分子を洗浄して除去します。 ベイトと結合しているライブラリ分子が増幅され、この濃縮された目的のゲノム領域をシーケンスすることが可能となります。

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References

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ご注文方法

  • myBaits customをご検討頂く場合
    [ 1 ] 標的配列とリファレンスゲノム配列それぞれを、FASTAまたはBED形式で電子メールにてreagents@primetech.co.jpまでお送りください。

    ご希望のプローブ数がある場合は、事前にご連絡下さい。
    (例:最大60,000プローブまで)

    デザインに不要な配列がある場合は、予め提出する標的配列から削除をお願い致します。
    ※リファレンスゲノムは、非標的配列への結合が無いことを確認するために使用致します。

    [ 2 ] myBaits ターゲットキャプチャーキットには、プローブをハイブリダイゼーションさせる際にシーケンスアダプターをマスクするためのAdapter Blockerが付属します。

    以下a~c、3つの内容を上記①と併せてお教えください。
    a) ライブラリ―調製キットの種類
    b) インデックスの長さ
    c) Single indexとDual indexのいずれを使用されるか

    [ 3 ] メーカーでデザインを行い、そのレポートとBaitsのお見積りをお客様にご提示し、
    確認や変更を行っていただきます。
    ※Baitsのデザイン最終決定権はお客様にございます。

    [ 4 ] ご注文確定後、通常、納期はご注文後5~9週間程度となります。


  • 以前ご注文頂いたデザインを再注文頂く場合
    Arbor社にてデザインしたものである場合、再注文時は2~3週間程度で納品が可能です。

  • お問い合わせ
    プローブ作成に必要な情報をExcelフォームにご入力いただき、
    電子メールにてreagents@primetech.co.jpまでお送りください。


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マニュアル、Safety Data Sheet

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この製品のメーカー

  • Arbor Biosciences
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