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カスタム FISH プローブ myTags

カスタム FISH プローブ myTags

高特異性のリピートフリープローブ

myTags®は、FISHと他のアプリケーションの相補的なゲノムターゲットの検出と可視化のためのオリゴヌクレオチドプローブです。Arbor Biosciences社独自のプローブデザイン・プロセスにより、反復領域を除去し、シグナルを増強させます。最大数千のユニークなシーケンスを含むカスタムプローブを使用することで、より明るいシグナルと低いバックグラウンドを提供し、ターゲット領域を可視化します。

特長

  • 無料のデザイン︓
    カスタムのターゲット領域向けの無料のバイオインフォマティクス・デザインサービス
  • 効率的︓短いプローブ (43〜47nt) が細胞に効率的に浸透
  • 特異的︓
    FISHの⾮特異的シグナルおよびクロスハイブリダイゼーションからのバックグラウンドシグナルを排除
  • ⼀貫性︓
    シングル・ハイブリダイゼーションプロファイルのためにノーマライズされたTm
  • ラベル付きプローブ︓すぐに使⽤できるラベルを選択して提供 (ラベリングサービス)
  • 汎⽤性︓ご⾃⾝での増幅およびラベル付けも可能 (Immortal Libraries)

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プローブ設計プロセス




シングル合成 インデックス合成
合成方法 1つのプローブセットを単一のオリゴプールで合成 プローブセットごとにインデックスを付与したオリゴのプールを合成したのち、特異的プライマーセットを用いたPCRでオリゴをプローブセットに分解
合成できる
プローブセット数
1 2~10
合成できる
プローブ数
最大108k
(プローブ数に応じてスケールの設定あり)
合計27k
アプリケーション 大規模な染色体ペインティングなど 小さいゲノム領域や
トランスクリプトームの局在研究など




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アプリケーション

  • DNA-FISH, RNA-FISH, Cryo-FISH, FIBER-FISH
  • 染⾊体ペインティング
  • 遺伝⼦マッピング
  • スキャフォールドアセンブリ
  • 遺伝⼦発現の空間的-時間的パターン
  • マルチカラーFISH
  • 合成レポーター
  • ゲノム構造の可視化

オリゴベースFISHバーコードによるジャガイモ染⾊体の同定。Photo courtesy of Guilherme Braz and Jiming Jiang.




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myTags ラインナップ・製品選択ガイド・ご注文時手順

ラインナップ 最小収量
プローブセット合成
(Immortal libraries)
myTags Custom Single Synthesis 200ng
myTags Custom Indexed Flex Synthesis 27K 200ng
ラベリングサービス myTags Custom Standard Labeling Service 700pmol
myTags Custom High-Sens Labeling Service 500pmol
プローブセット増幅 myTags PCR Primer Mix



Single SynthesisあるいはIndexed Flex Synthesisで合成したプローブセットは、Immortal libraryとして、ご自身での増幅およびラベル付けが可能です(ラベリングプロトコルをご参照ください)。
ラベリングサービスをご利用された場合、ラベル済みプローブセットとラベル前のプローブセットが提供されます。


  • ラベリングサービスについて
  • 多種の蛍光および非蛍光ラベルでのプローブのラベリングサービスをご用意しております。
    すぐに実験したい、あるいはお持ちのプローブや、同時に検出する他のアプリケーションで用いる色素と別の蛍光色素でラベルしたい場合に最適です。

    プローブはシングルあるいはトリプルラベル*が可能です。
    *トリプルラベルはアスタリスク(*)がついている色素でのみご利用いただけます




  • 製品選択ガイド
  • 1.合成方法の選択
    ターゲット領域の選定

    単一ラベルかつターゲットに対するプローブセットは1セットでよい ターゲット領域が複雑で、複数ラベルで区別したい、
    あるいはターゲットごとにプローブセットを分割したい
    プローブ数が合計で
    27k以上
    プローブ数が合計で
    27k以下
    Custom Single Synthesis Custom Single Synthesis
    ×プローブセット数
    or
    Indexed Flex Synthesisを複数
    Custom Indexed Flex Synthesis


    2.ラベリングの有無の選択
    自身でラベルを付ける ラベリングサービスを利用する
    シングルラベル トリプルラベル
    ラベリングプロトコルに従って
    ラベルしてください
    Custom Standard
    Labeling Serviceを追加
    Custom High-Sens
    Labeling Serviceを追加


   カスタムプローブセットのご注文時手順

    1. 必要情報のご提出   プローブ作成に必要な情報を  Excelフォーム にご入力いただき、
標的の配列情報、参照ゲノムの配列情報を合わせて電子メールにて
reagents@primetech.co.jpまでお送りください。
  
        
    2. プロ―ブ本数の算出、
     お見積りの作成
  お送り頂いた情報をもとに、標的領域から予想されるプローブの本数を算出致します。
  
        
    3. プロ―ブの本数、
     お見積りの確認
  プライムテックよりご提示致します、プローブの本数とお見積りをご確認頂きます。
  
        
    4. ご注文   ご注文の確定後、Arbor社にてプローブの本設計(1~2週間)、
合成(おおよそ4週間)を行います。
  


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プロトコル

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FAQ

  myTags® Labeled Libraries, myTags Immortal librariesに共通するFAQ

カテゴリ内開閉
  • FISHを成功させるための推奨事項はありますか?
    どのくらいのプローブの密度が必要ですか?

    一般に標的領域が50kbを超える場合、1キロベースあたり3~10のプローブ密度を推奨します。
    標的領域が10~50kbの場合、その標的領域に設定可能な上限にする必要があります。シグナルをより強くするために、1つのプローブにつき、複数の蛍光を使用することを推奨する場合があります。
  • FISHプローブの設計をサポートしていますか?

    当社では、多くのFISHプロジェクトに対し、独自のアルゴリズムを使用したFISHプローブ設計サービスを提供しています。
    プロジェクトの概要、研究対象の生物種、リファレンスゲノム、ゲノム座標などの情報をご提供ください。
  • アセンブルされていないゲノムにプローブを設計することは可能ですか?

    任意の配列を使用してプローブを設計することが可能です。
    配列、またはゲノム座標などをご提供ください。


  myTags® Labeled Librariesに関するFAQ

カテゴリ内開閉
  • myTags® Labeled Libraries, 700pmolsで、FISHアッセイを何回行うことができますか?

    アッセイの回数は複数の要因により異なります。要因にはライブラリ―のプローブ密度や標的領域のサイズ、ライブラリーのプローブ数、FISHプロトコルが挙げられます。
    一般には、(FISH用の標準的なスライドの場合)1回あたり10pmolのmyTags® Labeled Librariesから開始することを推奨します。得られた結果に応じ、使用する量を調節します。
  • どの色の蛍光の使用を推奨しますか?

    Atto-550が最も推奨する蛍光ラベルになります。続いて、Alexa-488, Atto-594, および、Atto-647Nが挙げられます。Biotin, Digoxigeninや6-FAMもよく利用されており、マルチカラーでワークします。
  • ウェブサイトに記載されている以外のラベルのオプションを提供していますか?

    その他のラベルのオプションに対応できる場合があるのでお問い合わせください。
  • myTags® Labeled Librariesを使用する際にどのFISHプローブを利用すべきですか?

    myTags® Labeled Librariesは、ほとんどのFISHプロトコルと互換性があります。ご不明な点がありましたら、お問い合わせください。


  myTags® Immortal librariesに関するFAQ

カテゴリ内開閉
  • myTags® Immortal librariesをラベルするための推奨プロトコルはありますか?

    はい。 個々の研究室でラベリングを完了するためのmyTags® Immortal librariesのラベリングプロトコルがあります(プロトコルを参照ください)
  • ラベリングプロトコルを用いてラベルするためのmyTags® immortal librariesを設計することはできますか?

    多くの場合、カスタム設計プローブをmyTagsラベリングフレームワークに組み込むことができます。プローブ配列を設計する前に、設計パラメータやその他の推奨事項をお知らせください。
  • Oligopaints librariesを提供できますか?

    はい。Oligopaint ラベリング法を利用してラベル可能なImmortal probeを合成可能です。
    これらのプローブライブラリーはOligopaints methodに要求される配列のため、myTags labeling protocolと互換性がないことにご注意ください。
  • ラベルプローブの納期は、どれくらいですか?

    おおよそ4週間程度です(事前に設計を完了している必要があります)


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References

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Versatile design and synthesis platform for visualizing genomes with Oligopaint FISH probes. 外部サイトへ
PNAS

B. J. Beliveau, et al. (2014).
Visualizing Genomes with Oligopaint FISH Probes. 外部サイトへ
Current Protocols in Molecular Biology

Murgha et al. (2014)
Methods for the Preparation of Large Quantities of Complex Single-Stranded Oligonucleotide Libraries. 外部サイトへ
PLoS ONE

Murgha et al. (2015)
Combined in vitro transcription and reverse transcription method to amplify and label complex synthetic oligonucleotide probe libraries.  外部サイトへ
Biotechniques

Giorgetti et al, (2016).
Structural organization of the inactive X chromosome in the mouse. 外部サイトへ
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Beagrie et al, (2017).
Complex multi-enhancer contacts captured by genome architecture mapping. 外部サイトへ
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Nozawa et al, (2017).
SAF-A Regulates Interphase Chromosome Structure through Oligomerization with Chromatin-Associated RNAs. 外部サイトへ
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Comparative Oligo-FISH Mapping: An Efficient and Powerful Methodology To Reveal Karyotypic and Chromosomal Evolution. 外部サイトへ
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Hou, L. et al. (2018).
Chromosome painting and its applications in cultivated and wild rice. 外部サイトへ
BMC Plant Biology.

Walczak, M. et al. (2018).
ATG8 Is Essential Specifically for an Autophagy-Independent Function in Apicoplast Biogenesis in Blood-Stage Malaria Parasites. 外部サイトへ
mBio.

Beck, S. et al. (2018).
Implications of CpG islands on chromosomal architectures and modes of global gene regulation. 外部サイトへ
Nucleic Acids Research.


※本ページに記載の製品は、すべて研究・実験用です。
   人・動物の診断あるいは治療等の臨床用途に使用することはできません。

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  • Arbor Biosciences
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