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コムギエクソーム用ターゲットキャプチャキット
myBaits Expert Wheat Exome

コムギエクソーム用ターゲットキャプチャキット myBaits Expert Wheat Exome

多種多様なコムギ栽培種からhigh-confidence exon (高い信頼性のエクソン)250Mb以上を濃縮する

myBaits Expert Wheat Exome ハイブリダイゼーションキャプチャパネルは、国際コムギゲノム解読コンソーシアム(International Wheat Genome Consortium, IWGSC)と共同し、コムギ品種チャイニーズスプリング(Chinese Spring)の最新のゲノムアセンブリとアノテーションセットを使用し、開発されました。本パネルは六倍体コムギにおけるアノテーションゲノムの高い信頼性のエクソンを濃縮し、15Gbを超えるパンコムギ(Triticum aestivum)のコーディングシーケンスおよびコーディングシーケンス近傍領域を回収します。
このパネルはエクソンに焦点を当てる研究者に対し、全ゲノム解読と比較し、シーケンスと解析における桁違いのコスト削減を提供します。またDaicel Arbor Biosciences社myReads NGSサービスチームは、研究者のプロジェクトをサポートするため、ライブラリ―調製、ターゲットキャプチャ、ならびにシーケンスを提供しています。さらにCurio Genomics社と提携して、コムギエクソームシーケンス用バイオインフォマティクスサービスを提供しています。

特長

  • 国際コムギゲノム解読コンソーシアムと共同で開発されました
  • 200Mb以上の高い信頼性のエクソンを標的とする200万のプローブで構成されています
  • 六倍体および四倍体コムギ栽培種と互換性があります
  • ショートリードおよびロングリードシーケンスと互換性があります

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概要

あらゆるコムギ栽培種のエクソームをシーケンスする


図1. 本コムギエクソームパネルは多様な配列に跨り、信頼性の高いキャプチャを提供します。

myBaitsのケミストリーによって再現性の高いカバレッジが多様な栽培種間でもたらされます。図はgamma gliadin member 1遺伝子について、4つの異なる栽培種における固有のリードカバレッジと多型を示しています。


図2. 本コムギエクソームパネルは六倍体と四倍体の両方の栽培種で使用できます。

本パネルは六倍体コムギであるチャイニーズスプリングIWGSCv1リファレンスゲノムの信頼性の高いエクソン用に設計されていますが、他のコムギにおいても同様に高い効率を提供します。図は六倍体および四倍体のコムギ品種からの予測されたエクソームのキャプチャ部分と観察されたキャプチャ部分の両方を示しています。2020年PAGXXVIII会議のArbor Bio社のポスターはこちらからダウンロード頂けます。四倍体コムギサンプルにおけるコムギエクソームキットの性能をご確認頂けます。

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パフォーマンス

高い信頼性および包括的なシーケンスカバレッジ


図3. 単一反応でキャプチャされた8つの栽培種サンプルのターゲットカバレッジ(左、緑色)、リードオンターゲット(右、青色)

サンプルあたりわずか18Gbpのシーケンスデータで、Wheat Exome v1キットはターゲットスペース200Mbp以上に渡って、平均34倍のユニークリードカバレッジを一貫して提供します。IWGSCv1.1の信頼性の高いエクソンアノテーションの95%以上とオーバーラップしています。


表1. Wheat Exome v1キットの設計概要とリードカバレッジメトリクス

トータル250Mb以上のゲノムターゲットスペースに渡って一貫し、高い平均リードカバレッジを示しています。Target+200bp padded target interval setの場合、IWGSCv1コムギゲノムアセンブリにおける高い信頼性のエクソンアノテーションの97%を含みます。

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バイオインフォマティクス

Curio Genomics社 バイオインフォマティクスサービスと解析
myBaits Expert Wheat Exome Panelの解析に関し、コムギのエクソームシーケンス解析の完全なソリューションを提供するため、Curio Genomics社と提携しています。IWGSCと共同し、RefSeq v1.0コムギゲノムアセンブリをCurio社のプラットフォームに追加しました。シーケンスデータを分析するための合理化されたソリューションを提供します。

  • myReads NGS サービスチームによって処理されたシーケンスデータで使用されます
  • myReads サービスに加えて、myBaitsキットと組み合わせて利用可能です
  • 六倍体および、四倍体のコムギ栽培種と互換性があります
  • Curio platform内で容易にレビューや共有ができます

プラットフォームは、シーケンスデータの並列処理を通じ、一般的なパイプラインの連続的な処理アプローチを超えた、合理化されたバイオインフォマティクス分析を提供します。コムギエクソームデータ処理におけるCurio社の独自の漸進および並行アプローチによって、ユーザーはサンプル間の比較や、解析のための設定の変更、様々なフィルターを全てリアルタイムに適用することができ、結果を手元ですぐに得ることができます。バイオインフォマティクスサービスはDaicel Arbor Biosciences社のmyReads NGS Serviceにおいて、DNAからVariant Callingまでのフルサービスプロジェクトとしてご利用頂けるほか、myBaits Expert Wheat Exome Panelを利用してご自身でサンプル処理およびシーケンスされた場合にもご利用頂けます。



Curio Genomics社プラットフォームは、Wheat Exome パネルデータのリアルタイムの編集と解析を提供します。

この直感的でユーザーフレンドリーなインターフェイスはNGSデータの迅速な処理とレビューを提供します。このインターフェイスは、myReads NGSサービスフルパッケージ一環として、または独立したサービスとしてご利用頂けます。

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リソース



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  • Arbor Biosciences
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