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がん関連遺伝子用ターゲットキャプチャキット
myBaits Expert Onconome

がん関連遺伝子用ターゲットキャプチャキット myBaits Expert Onconome

ヒトがん関連遺伝子のエキソンを効率的にシーケンシング

このキットが標的とする遺伝子は、Kandothら(2013年)とLawrenceら(2014年)による2つの主要な研究で報告されています。myBaits Expert Onconome パネルは、がんにおける役割について同定された290遺伝子の総配列~1.5Mbをターゲットとしており、さまざまな研究状況における探索的なフォーカスドエクソームシーケンスに最適な、コスト効率の高い選択肢です。
myBaitsキットは、バッファー、ベイトセット、選択したNGSライブラリに対応するアダプターブロッカーを含む、ターゲットシーケンスの完全なソリューションとして提供されます。


特長

  • 設計済み
    がん研究に最適化されたパフォーマンスを示します。
  • 包括的
    数百の遺伝子の数千のエキソンをターゲットにしたがん種横断的なパネルです。
  • 厳選された遺伝子
    主要ながん研究の出版物より遺伝子を選択しました。
  • コスト効果的
    全ゲノムシーケンシングやエキソームシーケンシングより反応あたりのコストを低減できます。


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ターゲット遺伝子

myBaits Onconomeパネルは、カバレッジの均一性を向上させ、ゲノムの反復領域を除外するために、何度も設計を繰り返して最適化されました。選択された遺伝子座の多くは、がん以外にも様々なヒトの表現型に関与しています。

別のターゲットセットにご興味がある場合は、myBaitsカスタムキットとして、ベイトセットから特定の遺伝子座を追加または削除することで、Onconomeデザインをカスタマイズすることができます。さらに、当社のバイオインフォマティクス専門家チームは、特定の研究ニーズを満たすために、非がん関連遺伝子やその他のヒトゲノムDNAターゲットを標的とする新規カスタムパネルの設計をお手伝いすることができます。興味のある特定のマーカーや遺伝子をターゲットし、あらゆるNGS研究の効率を最大化する方法について、詳しくはお問い合わせください。

  • Onoconome v2パネルに含まれる遺伝子

    ACO1 DNMT3A MAP3K1 RUNX1
    ACVR1B EGFR MAP4K3 RXRA
    ACVR2A EGR3 MAPK8IP1 SACS
    ACVR2B EIF2S2 MBD1 SELP
    ADNP EIF4A2 MECOM 12-Sep
    AJUBA ELF3 MED12 SERPINB13
    AKT1 EP300 MED23 SETBP1
    ALK EPHA2 MET SETD2
    ALKBH6 EPHA3 MGA SETDB1
    ALPK2 EPHB6 MICALCL SF3B1
    ANK3 ERBB2 MIR142 SGK1
    APC ERBB3 MORC4 SIN3A
    APOL2 ERBB4 MPO SIRT4
    AR ERCC2 MTOR SLC1A3
    ARHGAP35 EZH1 MUC17 SLC26A3
    ARID1A EZH2 MXRA5 SLC44A3
    ARID2 EZR MYB SLC4A5
    ARID5B FAM166A MYCN SMAD2
    ASXL1 FAM46C MYD88 SMAD4
    ASXL2 FAT1 MYOCD SMARCA4
    ATM FBXW7 NAV3 SMARCB1
    ATP5B FGFBP1 NBPF1 SMC1A
    ATR FGFR2 NCOR1 SMC3
    ATRX FGFR3 NF1 SNX25
    AXIN2 FLG NFE2L2 SOS1
    AZGP1 FLT3 NFE2L3 SOX17
    B2M FOXA1 NOTCH1 SOX9
    B4GALT3 FOXA2 NPM1 SPEN
    BAP1 FRMD7 NRAS SPOP
    BCLAF1 GATA3 NSD1 SRSF2
    BCOR GNA13 NTN4 STAG2
    BHMT2 GNB1 NUP210L STK11
    BRAF GNPTAB ODAM STX2
    BRCA1 GOT1 OMA1 TAF1
    BRCA2 GPS2 OTUD7A TBC1D12
    BRE GUSB PAPD5 TBL1XR1
    CAP2 H3F3C PBRM1 TBX3
    CARD11 HGF PCBP1 TCEB1
    CASP8 HIST1H1C PDAP1 TCF7L2
    CBFB HIST1H1E PDCD2L TCP11L2
    CCDC120 HIST1H2BD PDGFRA TDRD10
    CCDC6 HIST1H3B PDSS2 TET2
    CCND1 HIST1H4E PHF6 TGFBR2
    CD1D HRAS PIK3CA TIMM17A
    CD70 HSP90AB1 PIK3CG TLR4
    CD79B IDH1 PIK3R1 TNFRSF14
    CDC27 IDH2 PLCG2 TP53
    CDH1 IL7R POLE TP53BP1
    CDK12 ING1 POLQ TPX2
    CDK4 INPPL1 POU2AF1 TRAF3
    CDKN1A INTS12 POU2F2 TRIM23
    CDKN1B IPO7 PPM1D TSC1
    CDKN2A IRF4 PPP2R1A TSHZ2
    CDKN2C IRF6 PPP6C TSHZ3
    CEP76 ITGB7 PRDM1 TTLL9
    CHD4 ITPKB PRX TXNDC8
    CHD8 KDM5C PTEN U2AF1
    CHEK2 KDM6A PTPN11 USP9X
    CNBD1 KEAP1 QKI VEZF1
    CNKSR1 KEL RAB40A VHL
    COL5A1 KIT RAC1 WASF3
    COL5A3 KLHL8 RAD21 WT1
    CREBBP KMT2A RASA1 XIRP2
    CTCF KMT2B RB1 XPO1
    CTNNB1 KMT2C RBM10 ZFHX3
    CUL4B KMT2D RHEB ZNF180
    CUX1 KRAS RHOA ZNF471
    DDX3X LCTL RIT1 ZNF483
    DDX5 LIFR RPL22 ZNF620
    DIAPH1 LRRK2 RPL5 ZNF750
    DIS3 MALAT1 RPS15 ZRANB3
    DNAH12 MAP2K1 RPS2
    DNER MAP2K4 RSBN1L

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パフォーマンス

  • ターゲット領域のうち少なくとも10x、20x、30xのユニークリードの深度を有する割合
    ターゲット領域のうち少なくとも10x、20x、30xのユニークリードの深度を有する割合
    最小限のシーケンスコストで、95%のターゲット領域が少なくとも10xのリード深度を有し、myBaits Onconome v2パネルによって、極めてコスト効率の高い集中的なパフォーマンスが得られます。


  • ヒトgDNAライブラリを濃縮して得られたNGSリードをhg38リファレンスゲノムにアラインし、可視化した例

    ヒトgDNAライブラリを濃縮して得られたNGSリードをhg38リファレンスゲノムにアラインし、可視化した例

    青いバーはこの領域における4つのmyBaits Onconome v2ベイトの位置を示します。 ユニークリードのカバレッジはベイト領域全体で最も高く、ベイト領域の上流と下流では低くなっていき、NGSを非常に効率的に利用できます。

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ご注文情報

  • myBaits Expert Onconome

    反応数 型式
    16反応 304016.v5
    48反応 304048.v5
    96反応 304096.v5


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マニュアル、Safety Data Sheet

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この製品のメーカー

  • Arbor Biosciences
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