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血液腫瘍リファレンスマテリアル

血液腫瘍リファレンスマテリアル
NGSを用いた血液腫瘍のプロファイリングは、FISHやqPCRなどの従来の方法を超え、拡大し、患者ケアを一変させています。血液がん患者をプロファイリングするためのNGSアッセイは、疾患に関わる多くのゲノム異常に対する高度にマルチプレックスされた解析を提供します。アッセイの開発やバリデーション、臨床への応用には、しばしばこれらのアッセイをサポートする患者サンプルが必要とされます。しかしながら、血液がんの遺伝子変異の多様性のため、臨床に重要な変異を持つ十分な量の患者検体や細胞株を入手することは困難で、費用も掛かります。
LGC Clinical Diagnostic社では、骨髄性白血病やリンパ腫などの血液悪性腫瘍を分析するために設計されたNGSアッセイのバリデーションを迅速化し、コストを削減するため、高度にマルチプレックスされたリファレンスマテリアルを開発しました。

特長

  • 専門家によって設計されたリファレンスマテリアルで、さまざまな血液がんの診断や予後予測、治療のため、臨床的に重要なバリアントを含みます。
  • SNVやINDEL、遺伝子融合など幅広いバリアントタイプを含み、高度にマルチプレックスされた材料です。
  • 高感度デジタルPCRを用いて定量されています。
  • よく特徴づけされた単一のバックグランドであるGM24385とブレンドされています。
  • ターゲットNGSパネルによって検証されています。
  • GMP準拠、ISO13485認証施設で製造されています。

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製品概要

  • Seraseq® Myeloid Reference Materials: DNA, RNA Fusion, ctDNA
    • Seraseq Myeloid Mutation DNA Mixは、FLT3 ITDやNPM1を含む23のDNA変異を含みます(ITD: Internal Tandem Duplication mutation)。
    • Seraseq Myeloid Fusion RNA Mixは、BCR-ABLやPML-RAPAを含む9のRNA Fusionを含みます。
    • Seraseq Myeloid ctDNA Mixは、FLT3 ITDやNPM1、EZH2、IDH2を含む25のDNA変異を含みます。

      • Seraseq Myeloid Mutation DNA Mixおよび、ctDNAに含まれる変異
      Gene ID HGVS DNA ctDNA
      ABL1 c.944C>T ● ●
      ASXL1 c.1900_1922del ● ●
      ASXL1 c.1934dup ● ●
      BRAF c.1799T>A ● ●
      CALR c.1099_1150del ● ●
      CBL c.1139T>C ● ●
      CBL c.1259G>A ● ●
      CEBPA c.68dup ● ●
      CEBPA c.937_939dup ● ●
      CSF3R c.1853C>T ● ●
      EZH2 c.1937A>T × ●
      FLT3 c.1759_1800dup ● ●
      FLT3 c.1806_1807insGGGGCTTTCAG- AGAATATGAATATGATCTCAAA ● ●
      Gene ID HGVS DNA ctDNA
      FLT3 c.2503G>T ● ●
      IDH1 c.394C>T ● ●
      IDH2 c.419G>A × ●
      IDH2 c.515G>A × ●
      JAK2 c.1624_1629del ● ●
      JAK2 c.1849G>T ● ●
      MPL c.1544G>T ● ●
      MYD88 c.755T>C ● ●
      NPM1 c.860_863dup ● ●
      SF3B1 c.1998G>T ● ●
      SF3B1 c.2098A>G ● ●
      SRSF2 c.284_307del ● ●
      U2AF1 c.101C>T ● ×
      ● included     x not included


      Seraseq Myeloid Fusion RNA に含まれる変異
      Gene ID HGVS
      BCR-ABL1 BCR{NM_004327.3}:r.1_3378_ABL{NM_005157.3}:r.83_5384
      ETV6-ABL1
      (transcript 1)      		 ETV6{NM_001987.4}:r.1_737_ABL1{NM_007313.2}:r.576-5881
      ETV6-ABL1
      (transcript 2)      		 ETV6{NM_001987.4}:r.1_1283_ABL1{NM_007313.2}:r.576-5881
      FIPIL1-PDGRFA FIP1L1{NM_030917.3}:r.1_1109_PDGFRA{NM_006206.5}:r.2037_6590
      MYST3-CREBBP MYST3{NM_006766.4}:r.1_3803_CREBBP{NM_004380.2}:r.290_10197
      PCM1-JAK2 PCM1{NM_006197.3}:r.1_4365_JAK2{NM_004972.3}:r.2008_5285
      PML-RARα PML{NM_033238.2}:r.1_1786_ins134bp_RARA{NM_000964.3}:r.657_3301
      RUNX1-RUNX1T1 RUNX1 {NM_001754.4}: r.1-803_RUNX1T1 {NM_004349.3}:r.419-7420
      TCF3-PBX1 TCF3{NM_003200.3}:r.1_1519_PBX1{NM_002585.3}:r.729_6918
  • Seraseq® Lymphoma Products
    • 業界初リンパ腫NGSアッセイの包括的なリファレンスマテリアルです。
    • リンパ腫の重要なバイオマーカーを含み、高度にマルチプレックスされたリファレンスマテリアルを使用することで、リンパ腫NGSアッセイを自信を持って開発および検証できます。
    • リンパ腫のリファレンスマテリアルには、検出限界、感度、精度の研究用の精製 DNA 形式の複数（5%～15%）の VAF が含まれます。また、劣化した患者サンプル中の臨床的に関連するバリアントの検出に挑戦するためのFFPEリファレンスマテリアルも含まれます。

      • Seraseq Lymphoma Productsに含まれる変異
      5’ partner 3’partner Variant Type
      NPM1 ALK Translocation
      HSP90AA1 BCL6 Translocation
      CCND1 CDC42BPB Translocation
      BIRC3 MALT1 Translocation
      MYC IGH Translocation
      TBL1XR1 TP63 Translocation

      Gene Nucleic acid change Amino Acid Change Variant Type
      BCL2 c.302G>C p.G101A SNV
      BRAF c.1799T>A p.V600E SNV
      DNMT3A c.2645G>A p.R882H SNV
      EZH2 c.1922A>T Y641F SNV
      IDH2 c.515G>A p.R172K SNV
      MYD88 c.794T>C p.L265P SNV
      CXCR4 c.1013C>G p.S338X SNV
      CXCR4 c.1013C>A p.S338X SNV
      NOTCH1 c.7541_7542del p.P2514Rfs*4 Del
      NOTCH2 c.7198C>T p.R2400* SNV
      RHOA c.50G>T p.G17V SNV
      SF3B1 c.2098A>G p.K700E SNV
      STAT3 c.1919A>T p.Y640F SNV
      STAT3 c.1982A>T p.D661V SNV
      STAT3 c.1940A>T p.N647I SNV
      STAT5B c.1994A>T p.Y665F SNV
      STAT5B c.1924A>C p.N642H SNV
      TP53 c.743G>A p.R248Q SNV
      TP53 c.820del p.V274Ffs*71 Del
      TP53 c.818G>A p.R273H SNV


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型番

Material # Product Format AF Total Mass
0710-0408 Seraseq Myeloid Mutation DNA Mix Purified DNA in buffer 5%～15% 375 ng
0710-0407 Seraseq Myeloid Fusion RNA Mix Purified RNA in buffer N/A 375 ng
0710-2646 Seraseq Myeloid ctDNA Mix Purified ctDNA in buffer WT 375 ng each
0710-2647 0.1%
0710-2648 0.5%
0710-2649 1%

Material # Product Format AF Total Mass
0710-3181 Seraseq ctDNA Lymphoma Mix WT Purified Mix WT 250 ng
0710-3182 Seraseq ctDNA Lymphoma Mix AF1% Purified Mix 1.0% 250 ng
0710-3183 Seraseq ctDNA Lymphoma Mix AF0.5% Purified Mix 0.5% 250 ng
0710-3184 Seraseq ctDNA Lymphoma Mix AF0.1% Purified Mix 0.1% 250 ng
0710-2202 Seraseq FFPE Lymphoma DNA Reference Material FREE 5%~10% >100 ng*
0710-2203 Seraseq Lymphoma DNA Mutation Mix Purified Mix 5%~10% 375 ng
* Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit および Qubit dsDNA HS Assay に基づく。

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この製品のメーカー

  • LGC Clinical Diagnostics, Inc. (旧LGC SearCare)
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