NGSワークフローのすべてのフェーズにおける包括的なソリューション

• Seraseq® ctDNA v2 controls
• 28遺伝子、40バリアント（SNV, INDEL, SV）を多くのがんのctDNAリファレンスサンプル
• WT(0%), 0.125%, 0.25%, 1%, 2%の幅広い変異対立遺伝子頻度（VAF）を入手可能です。
• フォーマットは、精製されたDNAに加え、フルプロセスコントロール用の血漿マトリックスに封入されたものの2種類があります。
Gene Table

AKT1●	CTNNB1●	FLT3●	GNAS●	GNAS●	NRAS/CSDE1●	RET●
APC●◊	EGFR●◊	FOXL2●	IDH1●	MPL●	PDGFRA●◊	SMAD4◊
ATM◊	ERBB2◊	GNA11●	JAK2●	NCOA4-RET ‡	PIK3CA●◊	TP53●◊
BRAF●	FGFR3●	GNAQ●	KIT●	NPM1◊	PTEN●◊	TPR-ALK‡

● = SNV    ◊ = INDEL    ‡ = SV

• Seraseq® ctDNA complete
• 16遺伝子、25バリアント（SNV, CNV, INDEL, SV）をカバーする固形がんに特化したctDNAリファレンスマテリアル
• 幅広い変異対立遺伝子頻度（VAF）（WT(0%), 0.1%, 0.5%, 1%, 2.5%, 5%）を入手可能です。
• フォーマットは、精製DNAとフルプロセスコントロール用の血漿マトリックスに封入されたDNAの2種類があります。
Gene Table

AKT1●	BRCA2◊	ERBB2▪◊	MYC▪
ALK ●	CD74-ROS1‡	KIT●	NCOA4-RET‡
BRAF ●	EGFR●◊	KRAS●	NRAS●
BRCA1◊	EML4-ALK‡	MET ▪	PIK3CA●◊

● = SNV    ◊ = INDEL    ▪ = CNV    ‡ = SV

Gene List

AKT1■ ●	BRCA1●	ERBB2■ ●	GNA11■	KIT■ ●	NCOA4-RET■ ●	PTEN■
ALK●	BRCA2●	ERBB2 CNV●	GNAQ■	KRAS■ ●	NPM1■	RET■
APC■	CD74-R0S1●	FGFR3■	GNAS■	MET CNV●	NRAS■ ●	SMAD4■
ATM■	CTNNB1■	FLT3■	IDH1■	MPL■	PDGFRA■	TP53■
BRAF■ ●	EGFR■ ●	FOXL2■	JAK2■	MYC CNV●	PIK3CA■ ●	TPR-ALK■ ●

ctDNA v2■     ctDNA complete ●

• Seraseq® ctDNA MRD Panel
• NGSベースのMRDアッセイの開発および検出限界(LoD)検証用の超低アレル頻度ctDNAリファレンスマテリアル
• 多数の体細胞変異を保有する疾患細胞株、そのSNPに適合した正常細胞株、治療に関連するDNAバリアント（生合成）に由来
• 腫瘍および正常DNAを4つの腫瘍分画（0.5%, 0.05%, 0.005%, 0%）にブレンドしています。断片は、患者のctDNAを模倣した大きさに調製されています。

Seraseq ctDNA v2

Material #	Product	Format	AF	Total Mass
0710-0203	Seraseq® ctDNA v2 Reference Material	Synthetic Plasma Matrix	2%	125ng
0710-0204			1%	125ng
0710-0205			0.5%	125ng
0710-0206			0.250%	125ng
0710-0207			0.125%	125ng
0710-0208			WT	125ng
0710-0139	Seraseq® ctDNA v2 Mutation Mix	Purified Mix	2%	250ng
0710-0140			1%	250ng
0710-0141			0.5%	250ng
0710-0142			0.25%	250ng
0710-0143			0.125%	250ng
0710-0144			WT	250ng

Seraseq ctDNA Complete

Material #	Product	Format	AF	Total Mass
0710-0669	Seraseq® ctDNA Complete™   Reference Material	Synthetic Plasma Matrix	5%	125ng
0710-0670			2.5%	125ng
0710-0671			1%	125ng
0710-0672			0.5%	125ng
0710-0673			0.1%	125ng
0710-0674			WT(0%)	125ng
0710-0528	Seraseq® ctDNA Complete™   Mutation Mix	Purified Mix	5%	250ng
0710-0529			2.5%	250ng
0710-0530			1%	250ng
0710-0531			0.5%	250ng
0710-0532			0.1%	250ng
0710-0533			WT(0%)	250ng

Seraseq ctDNA MRD Panel

Material #	Product	Format	AF	Total Mass
0710-2146	Seraseq ctDNA MRD Panel Mix	Purified Mix	0%TF	200ng
			0.5% TF	200ng
			0.05% TF	200ng
			0.005% TF	200ng

図1. Seraseq ctDNAリファレンスマテリアルを開発するための一般的なワークフロー

Seraseq ctDNAリファレンスマテリアルは、すべてのバリアントが理想的な対立遺伝子でブレンドされた合成プラスミドに由来します。これらのリファレンスマテリアルはデジタルドロップレットPCR(ddPCR)を用いて定量されています。cfDNAベースのターゲットNGSアッセイにより直交解析されます。

図2: Seraseq ctDNA Complete リファレンスマテリアルに含まれる25のバリアント、対立遺伝子頻度（0.1%, 0.5%, 1%, 2.5%, 5%）におけるデジタルPCR解析(a)と、ターゲットcfDNA NGSアッセイ（Archer Dx社 Reveal-28 ctDNA)とddPCR(Biorad Lab社QX200)の一致（b）