Product

BHQplex CoPrimers

複合領域・汎用

BHQplex CoPrimers

ターゲット結合特異性を強化したPCRプローブ

LGC Biosearch Technologies社製 BHQplex CoPrimers は、特殊なプライマー・プローブ構造によってプライマー・ダイマーの形成を抑え、結合特異性を強化したPCRプローブです。プライマーペアの最適化をほとんど必要とせず、マルチプレックスPCRが可能であるため、実験時間と経費の削減にも貢献します。

特長

  • プライマー・ダイマーの形成を低減
  • ターゲットへの結合特異性を強化
  • 5色素使用可能なPCRで2SNPs plexing (4ターゲット) が可能
  • ご自身でのアッセイデザイン不要 (メーカーが行います)
  • エンドポイントPCR/リアルタイムqPCR 対応
  • BHQ プローブ Master Mixを推奨

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アプリケーション

  • Adventitious presence (AP) testing
  • SNP解析
  • CNV解析
  • MAS および MAB SNP ジェノタイピング
  • GMO 検査と接合性
  • 挿入/欠失         等

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原理

蛍光標識されたBHQplex CoPrimersは、短い「プライマー」配列と「Capture」配列がフレキシブルなリンカーによって接続されたユニークな構造で、ターゲットに対する協力的な結合を可能にしています (Fig.1)。プライマーとCapture配列を接続する伸長不可能なリンカーは、ポリメラーゼがCapture配列を通して伸長するのを防ぎ、増幅の各回でプライマー特異性を維持します。プライマー長が短いため、1ヌクレオチドの対立遺伝子の変化の検出が可能な、非常に選択的なプライマーの設計が可能です。

Capture配列に相補的な領域を持たない非特異的アンプリコン (例えばプライマー・ダイマー) は増幅しません。このプロセスが各PCRサイクルの間に反復されるので、非特異な増幅の指数関数的な減少をもたらします。変異がプライマー配列の3’末端の近くの最適な位置に置かれるとき、ミスマッチのターゲットの増幅が著しく抑制される一方で、BHQplex CoPrimersは優先して一致するターゲットを増幅します。

BHQplex CoPrimersの内部に含まれるBlack Hole Quencher® (BHQ®)色素は、リポーター色素の近くに存在する時に蛍光を消光しています。プライマーフラグメントが伸長する際に蛍光色素は切断され、蛍光体が放出され、蛍光シグナルが生成します。

Figure 1a:構成要素 Figure 1b:反応
Figure 1. 対立遺伝子特異的なBHQplex CoPrimers (ここでは [G/A] SNPを調べる) は、ターゲットSNPの相補的塩基がプライマー配列の3’末端から2番目に位置するように配置され、多型を覆うようにハイブリッドする。

Figure 1a:[A]-BHQplex CoPrimersは [A] テンプレートの相補鎖にハイブリッドし、完全な一致を形成する。続いて、DNAポリメラーゼはプライマーから伸長を開始し、Captureフラグメント上の緑の蛍光体が切断される。

Figure 1b:[G]-BHQplex CoPrimersは 図の下部の鎖にハイブリッドするが、3’末端の欠如のため伸長に失敗する。

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検証実験例

精製ウシDNAのジェノタイピングにおいてBHQplex CoPrimersアッセイを設計し、デュプレックス・アッセイを行った結果。デュプレックス・アッセイは4種類のアッセイをそれぞれ2つのSNPに対して行った。各アッセイは384ウェルプレートでBHQ プローブ Master Mixを用いた5μLアッセイ容量で実行した。
Figure 2. 精製ウシDNA(1.5-2.5ng/μL)のFAM と CAL Fluor® Orange 560 (rs29012457)(上段)、TAMRA と Quasar® 670 (rs29027559、DQ995976、ISAG-EF42090、rs29001956)(下段)で標識されたBHQplex CoPrimersによるデュプレックス・アッセイ。青=FAMまたはTAMRA標識対立遺伝子のホモ接合体、赤=CAL Fluor OrangeまたはQuasar 670標識対立遺伝子のホモ接合体、緑=ヘテロ接合体、ピンク=判別不能、黒=非テンプレート・コントロール。Call rate>99%、KASPによる結果と100%一致した(data not shown)。

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BHQplex CoPrimers ご注文の流れ

  1. お見積のご依頼
  2. お見積のご提示・Sequence Submission form のご送付
    ご興味の色素の組合せ、容量に応じたお見積りをご提示いたします。
    ご興味の配列・SNPを記入するためのSequence Submission formをご送付します。
  3. 注文書のご提出・Sequence Submission form のご返送
    SNPの両側50bp以上、計100bp以上 (可能であれば150~200bp)を記入した
    Sequence Submission formをご返送いただきます。
  4. LGC Biosearch Technologies社によるアッセイデザイン・製造
    BHQplex CoPrimer Design software suiteによってアッセイデザインを行います。
  5. ご納品
    納期:3~4週間程度
    形状: 凍結乾燥 (チューブ入り)

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BHQplex CoPrimers ラインナップ

各製品は、容量6nmol・20nmolからご選択いただけます。
※容量6nmol:6,000反応分、20nmol:20,000反応分 (アッセイ容量5μL時)

製品名 型式*
5' CAL Fluor Red 610/BHQ2 BHQplex CoPrimer BPCP-CAB2-□
5' CAL Fluor Gold 540/BHQ1 BHQplex CoPrimer BPCP-CGB1-□
5' CAL Fluor Orange 560/BHQ1 BHQplex CoPrimer BPCP-COB1-□
5' CAL Fluor Red 635/BHQ2 BHQplex CoPrimer BPCP-CR635B2-□
5' FAM/BHQ1 BHQplex CoPrimer BPCP-FB1-□
5' Quasar 670/BHQ2 BHQplex CoPrimer BPCP-Q6B2-□
5' Quasar 705/BHQ2 BHQplex CoPrimer BPCP-Q7B2-□
5' TAMRA/BHQ2 BHQplex CoPrimer BPCP-TB2-□
5' TET/BHQ1 BHQplex CoPrimer BPCP-TEB1-□
Common Reverse BHQplex CoPrimer BPCP-UNL-□
*容量6nmolの製品では型式の□に06、20nmolの製品では20が入ります。


※ご注意:本ページに掲載の製品は、研究用途でのみご利用いただけます。
   それ以外の研究用途、人・動物の診断あるいは治療等の臨床用途に使用することはできません。

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この製品のメーカー

  • LGC Genomics Limited
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