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Product

ターゲットキャプチャキットコミュニティパネル
myBaits Custom – Predesigned Community Panels

コミュニティパネルを利用してすぐにNGSプロジェクトを始めましょう

Daicel Arbor Biosciences社のmyBaits®カスタムハイブリダイゼーションキャプチャキットは、過去10年以上にわたりヒトや植物、動物、真菌類、細菌およびウイルスなど広範囲の生物におけるターゲットNGSプロジェクトに利用され、成功を収めてきました。

配列がかなり異なるターゲットも濃縮できる、フレキシビリティがあります
サイズが小さいあるいはレアな遺伝子を検出できる感受性があります
分解している、ダメージを受けているあるいは困難なサンプルでも最大限のパフォーマンスを得られる万能性があります

myBaitsカスタムキットを用いた数多くの論文から、注目する”コミュニティパネル”を精選しました。これらは、元の設計者が研究を加速させるためにDaicel Arbor Bioscience社を通じて設計済みのキットを他の研究者が利用することに同意されたものです。私たちは、これらのパネルを提供する許可を与えてくれたパネルの作成者と研究者に感謝します。

特長
パネルリスト：動物
パネルリスト：植物・真菌
パネルリスト：細菌・ウイルス
パネルリスト：法医学・古代DNA
マニュアル、Safety Data Sheet

特長

設計済み

実証済み

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パネルリスト：動物

※出典についての注意：コミュニティパネル（そのもの、あるいは改変して）を利用した際は、どんな発表原稿にも必ずパネル設計元の出版物を引用してください。引用すべきリファレンスは各パネルの説明欄に示しています。

パネル名	FrogCap - Ranoidea V1
ターゲット	アカガエル上科
設計ID	Design ID: D10259HFrog
概要	Enrichment panel designed for Ranoidea frog phylogenetics that includes exon markers plus legacy and UCE markers for a total of >13.5K markers targeting >3.4 Mbp. Exon marker sequences derive from the Nanorana parkeri reference genome. Hutter et al. (2021) evaluated the panel and demonstrated its effectiveness on a range of samples within the Ranoidea superfamily.
リファレンス	Hutter, C.R., K.A. Cobb, D.M. Portik, S.L. Travers, P.L. Wood, R.M. Brown. (2022). FrogCap: A modular sequence capture probe-set for phylogenomics and population genetics for all frogs, assessed across multiple phylogenetic scales. Molecular Ecology Resources, 22: 1100–1119.

パネル名	FrogCap - Ranoidea V2
ターゲット	アカガエル上科
設計ID	D10260HFRn2
概要	Enrichment panel designed for Ranoidea frog phylogenetics that is a revised version of the Ranoidea V1 panel described above; the final design targets >3.3 Mb and includes >10.7K exon markers, >2K UCEs, and 86 additional legacy markers (Hutter et al 2021).
リファレンス	Hutter, C.R., K.A. Cobb, D.M. Portik, S.L. Travers, P.L. Wood, R.M. Brown. (2022). FrogCap: A modular sequence capture probe-set for phylogenomics and population genetics for all frogs, assessed across multiple phylogenetic scales. Molecular Ecology Resources, 22: 1100–1119.

パネル名	FrogCap - Hyloidea V1
ターゲット	アマガエル上科
設計ID	D10257HFHy1
概要	Enrichment panel designed for Hyloidea frog phylogenetics that includes transcript markers plus legacy and UCE markers for a total of >9K markers targeting >2.9 Mbp. Transcriptome markers derive from six Hyloidea species transcriptome datasets. Hutter et al. (2021) evaluated the panel and demonstrated its effectiveness on a range of samples within the Hyloidea superfamily.
リファレンス	Hutter, C.R., K.A. Cobb, D.M. Portik, S.L. Travers, P.L. Wood, R.M. Brown. (2022). FrogCap: A modular sequence capture probe-set for phylogenomics and population genetics for all frogs, assessed across multiple phylogenetic scales. Molecular Ecology Resources, 22: 1100–1119.

パネル名	FrogCap - Hyloidea V2
ターゲット	アマガエル上科
設計ID	D10261HFHy2
概要	Enrichment panel designed for Hyloidea frog phylogenetics that is a revised version of the Hyloidea V1 panel described above; the final design targets >3 Mbp and includes >8.5K exon markers, >2K UCEs, and 86 additional legacy markers (Hutter et al 2021).
リファレンス	Hutter, C.R., K.A. Cobb, D.M. Portik, S.L. Travers, P.L. Wood, R.M. Brown. (2022). FrogCap: A modular sequence capture probe-set for phylogenomics and population genetics for all frogs, assessed across multiple phylogenetic scales. Molecular Ecology Resources, 22: 1100–1119.

パネル名	FrogCap - Reduced (Ranoidea)
ターゲット	アカガエル上科
設計ID	D10255HFRn1
概要	Enrichment panel designed for Ranoidea frog phylogenetics that is a scaled-down version of the Ranoidea V1 panel described above; the final design targets >3K markers from the Ranoidea V1 set plus another 86 additional legacy markers. Hutter et al (2021) evaluated the panel and demonstrated its effectiveness in samples from genus Occidozyga.
リファレンス	Hutter, C.R., K.A. Cobb, D.M. Portik, S.L. Travers, P.L. Wood, R.M. Brown. (2022). FrogCap: A modular sequence capture probe-set for phylogenomics and population genetics for all frogs, assessed across multiple phylogenetic scales. Molecular Ecology Resources, 22: 1100–1119.

パネル名	PaleoChip Arctic-1.0 Animal - Mitochondrial genome panel for eDNA
ターゲット	動物ミトコンドリアゲノム
設計ID	D10185eANML
概要	Enrichment panel designed for capturing animal mitochondrial DNA from environmental ancient DNA (‘sedaDNA’) samples. Approximately 180 taxa were used for bait design, primarily megafauna of extinct/extant Quaternary animals. Murchie et al (2020) designed the panel and demonstrated its effectiveness on sedaDNA samples, pooled in a 5:3 ratio (Animal:Plant; total baits/rxn = 200ng) with the separate “Plant” PaleoChip Arctic-1.0″ baitset, which is also available as a Community Panel from Daicel Arbor Biosciences.
リファレンス	Murchie, T.J., M. Kuch, A.T. Duggan, M.L. Ledger, K. Roche, J. Klunk, E. Karpinski, D. Hackenberger, T. Sadoway, R. MacPhee, D. Froese, H. Poinar. (2021). Optimizing extraction and targeted capture of ancient environmental DNA for reconstructing past environments using the PalaeoChip Arctic-1.0 bait-set. Quaternary Research, 99:305–328.

パネル名	MegaMito - Mitochondrial genome panel for eDNA
ターゲット	ミトコンドリアゲノム
設計ID	D10361MgMT
概要	Enrichment panel designed for full mitochondrial DNA (mtDNA) genome capture from ancient DNA samples. First published and demonstrated effective in Kirillova et al (2017). Baits designed from 75 mammalian target sequences to work even for highly degraded aDNA target molecules. Target sequences include species from Artiodactyla, Carnivora, Eulipotyphla, Lagomorpha, Perissodactyla, Pholidota, Primates, Proboscidea, Rodentia, Tubulidentata, and Xenarthra.
リファレンス	Kirillova, I.V., O.F. Chernova, J. van der Made, V.V. Kukarskih, B. Shapiro, J. van der Plicht, F.K. Shidlovskiy, P.D. Heintzman, T. van Kolfschoten, O.G. Zanina. (2017). Discovery of the skull of Stephanorhinus kirchbergensis (Jäger, 1839) above the Arctic Circle. Quaternary Research, 88:537–550.

パネル名	Anthozoa-V1
ターゲット	花虫綱
設計ID	D10349ANTHZ
概要	このパネルは、花虫綱 (ハードコーラル、ソフトコーラル、イソギンチャク)における系統遺伝学解析のために設計されました。Quattrini et al (2018)は720のUCEと1,071のエキソン領域をターゲットにして16Kのプローブを設計し、花虫綱のすべての目を含む33分類群で有効性が実証され、種あたり平均で638領域を回収できました。
リファレンス	Quattrini, A.M., B.C. Faircloth, BC, L.F. Dueñas, T.C.L. Bridge, M.R. Brugler, I.F. Calixto-Botía, D.M. DeLeo, S. Forêt, S. Herrera, S.M.Y. Lee, D.J. Miller, C. Prada, G. Rádis-Baptista, C. Ramírez-Portilla, J.A. Sánchez, E. Rodríguez, C.S. McFadden. 2018. Universal target-enrichment baits for anthozoan (Cnidaria) phylogenomics: New approaches to long-standing problems. Molecular Ecology Resources; 18: 281– 295.

パネル名	Octocoral-V2
ターゲット	八放サンゴ亜綱
設計ID	D10150Oc219
概要	このパネルは、八放サンゴ亜綱の3,023 loci (1,337 UCE, 1,686エキソン)をターゲットとして設計されました。Anthozoa-v1を八放サンゴ亜綱用に最適化し、拡張版として再設計されたパネルです。パネルを設計したErickson et al (2021)は、AlcyoniumとSinulariaの2つの八放サンゴ亜綱の属のサンプルを用いてパネルの試験を行い、サンプル当たりで平均して1,900 loci以上が回収され、有効性が実証されました。
リファレンス	Erickson, K.L., A. Pentico, A.M. Quattrini, C.S. McFadden. (2021). New approaches to species delimitation and population structure of anthozoans: Two case studies of octocorals using ultraconserved elements and exons. Molecular Ecology Resources 2021; 21: 78– 92.

パネル名	Hexacoral-V2-Scleractinia
ターゲット	六放サンゴ亜綱、イシサンゴ目
設計ID	D10350PCCRL
概要	このパネルは、六放サンゴ亜綱のイシサンゴ目の2,476 loci (1,436 UCE, 1,040エキソン)をターゲットとして設計されました。Anthozoa-v1を六放サンゴ亜綱用に最適化し、拡張版として再設計されたパネルです。パネルを設計したCowman et al (2020)は、イシサンゴ目に属するAcroporidae、 AgariciidaeとFungiidaeから成る99サンプルを用いてパネルの試験を行い、有効性を実証しました。各分類群で平均して1,800 loci以上が回収され、アラインされたデータセットはトータルで1.8 Mbp以上となりました。
リファレンス	Cowman, P.F., A.M. Quattrini, T.C.L. Bridge, G.J. Watkins-Colwell, N. Fadli, M. Grinblat, T.E. Roberts, C.S. McFadden, D.J. Miller, A.H. Baird. (2020). An enhanced target-enrichment bait set for Hexacorallia provides phylogenomic resolution of the staghorn corals (Acroporidae) and close relatives. Molecular Phylogenetics and Evolution 153: 106944.

パネル名	Hexacoral-V2-Actiniaria
ターゲット	六放サンゴ亜綱、イソギンチャク目
設計ID	D10352HxV2A
概要	このパネルは、六放サンゴ亜綱のイソギンチャク目のUCEとエキソンの計2,496 lociをターゲットとして設計されました。Anthozoa-v1をイソギンチャク目用に最適化し、拡張版として再設計されたパネルです。パネルを設計したErickson et al (2021)は、Metridium属のイソギンチャクの種レベルの分解における有効性を実証しました。ターゲットキャプチャによるアプローチは、ddRADと核・ミトコンドリアに設計されたアンプリコンマーカーと比較して、種と地理的分化の両方を強くサポートできるものでした。
リファレンス	Glon, H., A. Quattrini, E. Rodríguez, B.M. Titus, M. Daly. (2021). Comparison of sequence-capture and ddRAD approaches in resolving species and populations in hexacorallian anthozoans. Molecular Phylogenetics and Evolution 163: 107233.

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パネルリスト：植物・真菌

植物

パネル名	Wheat Promoters - Wheat regulatory elements panel
ターゲット	コムギ
設計ID	D10107WtPrm
概要	大規模な次世代シーケンシング濃縮パネルにより、コムギおよび関連種から調節エレメントのゲノム領域を広く効率的に濃縮できることが実証されました。このパネルは、IWGSCRefSeqv1.0ゲノムの約168Mbpのゲノムスペースをターゲットにします。 6倍体、4倍体、および2倍体のコムギサンプルでの試験では、別のメーカーの従来のプローブセットと比較して、特異性/感度が向上し、ターゲットカバレッジにおいても優れていました。 Kronos TILLING集団からのキャプチャでは、1系統あたり平均3Kを超えるEMS誘発変異が検出されました。
リファレンス	Zhang, J., G. Burguener, J. Debernardi, F. Choulet, E. Paux, J. Enk, J. Dubcovsky. (2022). Comprehensive and cost-effective genomic regulatory element sequencing for wheat. Poster presented at the International Plant and Animal Genomes meeting (PAG XXIX), January 2022.

パネル名	Wheat Genotyping - 15K
ターゲット	コムギ
設計ID	D10362Ta15K
概要	6倍体コムギ(Triticum aestivum)の15K SNPジェノタイピングマーカーをターゲットにした濃縮パネルです。Burridge et al (2017)は、コムギGBSマーカーセットをベースにしたパネルをデザインし、異なるGBSプラットフォーム間での比較有用性を最大化させました。パネルのターゲットは15Kで（1アレルにつき2プローブ、つまり計30Kプローブ）、すべてのターゲットはイギリスのコムギ集団で多型があることが確認されており、それぞれの染色体位置も決定されています。Burridge et al (2017)はキャプチャーパフォーマンスが優れていることを示し、いくつかのジェノタイピングプラットフォーム間、さらに広範囲なサンプル間で最大の一致を示した3256マーカーサブセットを見出しました。
リファレンス	Burridge, A.J., Wilkinson, P.A., Winfield, M.O., Barker, G.L.A., Allen, A.M., Coghill, J.A., Waterfall, C., and Edwards, K.J. (2018). Conversion of array-based single nucleotide polymorphic markers for use in targeted genotyping by sequencing in hexaploid wheat (Triticum aestivum). Plant Biotechnology Journal 16: 867-876.

パネル名	PaleoChip Arctic-1.0 Plant - Chloroplast barcoding loci panel (trnL, rbcL, matK) for eDNA
ターゲット	植物葉緑体
設計ID	D10184ePLNT
概要	このパネルは、堆積物DNA（Sedimentary ancient DNA, sedaDNA）から植物葉緑体DNAをキャプチャーするために設計されました。2千以上の高緯度の植物分類群が、eDNAバーコーディング研究で一般的に使用されているtrnL、matKおよびrbcL領域をターゲットにしたベイト設計によりカバーされていました。Murchie et al (2020)はこのパネルをsedaDNAサンプルの解析に使用し、有効性を実証しました。当該研究においては、当パネルと動物パネル (Paleo Chip Arctic-1.0 Animal、動物パネルリストに含まれています) を3:5の比率で使用しました。
リファレンス	Murchie, T.J., M. Kuch, A.T. Duggan, M.L. Ledger, K. Roche, J. Klunk, E. Karpinski, D. Hackenberger, T. Sadoway, R. MacPhee, D. Froese, H. Poinar. (2021). Optimizing extraction and targeted capture of ancient environmental DNA for reconstructing past environments using the PalaeoChip Arctic-1.0 bait-set. Quaternary Research, 99:305–328.

パネル名	Annonaceae phylogenetics panel
ターゲット	バンレイシ科
設計ID	D10208ANNON
概要	NGS target capture panel targeting 469 exons from the pantropical flowering plant family Annonaceae, with baits designed from transcriptomes of 5 species. Couveur et al (2019) designed the panel and demonstrated its effectiveness for phylogenetic reconstruction broadly across the whole Annonaceae clade (with samples representing all subfamilies), plus demonstrate a species-level relationship reconstruction for a specific tribe (Piptostigmateae; with samples representing all genera).
リファレンス	Couvreur, T.L.P, A.J. Helmstetter, E.J.M. Koenen, K. Bethune, R.D. Brandão, S.A. Little, H. Sauquet, R.H.J. Erkens. (2018). Phylogenomics of the Major Tropical Plant Family Annonaceae Using Targeted Enrichment of Nuclear Genes. Frontiers in Plant Sciences, 9:1941.

パネル名	Orchidaceae963 phylogenetics panel
ターゲット	ラン科
設計ID	D10052OR963
概要	NGS target enrichment panel targeting 963 single-copy genes in the Orchidaeceae flowering plant family, with baits designed from the Phalaenopsis equestris genome. Eserman et al. (2021) designed the panel and demonstrated its effectiveness for phylogenetic research by testing 28 species representing 3 orchid subfamilies. This panel has significant target locus overlap with the Angiosperms353 panel which is also available from Daicel Arbor Biosciences as a myBaits Expert catalog kit.
リファレンス	Eserman, L.A., S.K. Thomas, E.E.D. Coffey, J.H. Leebens-Mack. (2021). Target sequence capture in orchids: Developing a kit to sequence hundreds of single-copy loci. Applications in Plant Sciences 9(7): e11416.

パネル名	Senecioneae (of Asteraceae) phylogenetics panel
ターゲット	サワギク連（キク科）
設計ID	D10338RCPLT
概要	Enricment panel targeting >1,100 single/low-copy genes in Senecioneae tribe of Asteraceae (sunflower family of flowering plants). Ren et al (2021) designed this panel and demonstrated its effectiveness for phylogenetic research across a set of samples representative of the taxonomic diversity of this group.
リファレンス	Ren, C., L. Wang, Z-L. Nie, G. Johnson, Q-E. Yang, J. Wen. (2021). Development and phylogenetic utilities of a new set of single-/low-copy nuclear genes in Senecioneae (Asteraceae), with new insights into the tribal position and the relationships within subtribe Tussilagininae. Molecular Phylogenetics and Evolution 162: 107202.

真菌

パネル名	Fungal functional gene panel for community profiling in environmental DNA
ターゲット	真菌機能性遺伝子
設計ID	D10341CAZy
概要	Enrichment panel targeting fungal genes encoding hydrolytic and oxidative extracellular enzymes and putative general stress tolerance proteins. Moore et al. (2021) designed the panel and demonstrated its effectiveness for studying fungal DNA from environmental soil samples to investigate community profiles of fungal functional genes under different levels of ambient and simulated nitrogen (N) deposition.
リファレンス	Moore, J.A.M., M.A. Anthony, G.J. Pec, L.K. Trocha, A. Trzebny, K.M. Geyer, L.T.A. van Diepen, S.D. Frey. (2021). Fungal community structure and function shifts with atmospheric nitrogen deposition. Global Change Biology 27:1349–1364.

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パネルリスト：細菌・ウイルス

細菌

パネル名	Resistome – Antimicrobial Resistance Genes (ARG) enrichment panel
ターゲット	抗菌剤耐性遺伝子
設計ID	D10024agAMR
概要	In Guitor et al. (2019), researchers introduced a novel myBaits NGS hybridization capture panel targeting the “resistome” of antimicrobial resistance genes (ARGs), and favorably evaluated the panel’s performance for both control mock community samples as well as biological samples. This myBaits panel was demonstrated to be an effective discovery tool not only enabling comprehensive ARG profiling but also detecting novel content at considerably lower read depths compared to shotgun sequencing. Learn more at https://card.mcmaster.ca/.
リファレンス	Guitor, A.K., A.R. Raphenya, J. Klunk, M. Kuch, B. Alcock, M.G. Surette, A.G. McArthur, H.N. Poinar, G.D. Wright. (2019). Capturing the Resistome: a Targeted Capture Method To Reveal Antibiotic Resistance Determinants in Metagenomes. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 64(1): e01324-19

パネル名	AMR-Cap - Antimicrobial Resistance Gene enrichment panel
ターゲット	抗菌剤耐性遺伝子
設計ID	D10091Rsstm
概要	In Beaudry et al. (2021), researchers introduced a novel myBaits NGS target enrichment panel “AMR-Cap” targeting antimicrobial resistance genes (ARGs) and pathogenicity islands, designed to enrich these targets from complex environmental DNA sources. This myBaits panel was demonstrated to be an effective discovery tool in mock and real complex samples, with >200-fold enrichment increase in the amount of target regions versus shotgun sequencing.
リファレンス	Beaudry, M.S., J.C. Thomas, R.P. Baptista, A.H. Sullivan, W. Norfolk, A. Devault, J. Enk, T.J. Kieran, O.E. Rhodes, Jr., K.A. Perry-Dow, L.J. Rose, N.J. Bayona-Vásquez, A. Oladeinde, E.K. Lipp, S. Sanchez, T.C. Glenn. (2021). Escaping the fate of Sisyphus: assessing resistome hybridization baits for antimicrobial resistance gene capture. Environmental Microbiology, 23: 7523-7537

パネル名	Mycobacterium leprae – Leprosy
ターゲット	ハンセン病菌
設計ID	D10227MLPRA
概要	Full genome enrichment panel designed from the Br4923 (NC_011896) M. leprae reference genome and demonstrated suitable for enriching even degraded or ancient DNA samples. In direct comparison to on-array or array-derived DIY in-solution probes, this myBaits panel was shown to meet or exceed overall performance and value for enriching both ancient and modern samples (Furtwängler et al. 2020).
リファレンス	Furtwängler, A., J. Neukamm, L. Böhme, E. Reiter, M. Vollstedt, N. Arora, P. Singh, S.T. Cole, S. Knauf, S. Calvignac-Spencer, B. Krause-Kyora, J. Krause, V.J. Schuenemann, A. Herbig. (2020). Comparison of target enrichment strategies for ancient pathogen DNA. BioTechniques 2020 69:6, 455-459

パネル名	Treponema pallidum – Syphilis/Yaws
ターゲット	梅毒/イチゴ腫菌
設計ID	D10230TPAL1
概要	Full genome NGS enrichment panel designed from the T. pallidum ssp. pertenue strain Fribourg-Blanc reference genome (Knauf et al. 2018) and demonstrated suitable for enriching even degraded or ancient DNA samples. In direct comparison to on-array or array-derived DIY in-solution probes, this myBaits panel was shown to meet or exceed overall performance and value for enriching both ancient and modern samples (Furtwängler et al. 2020).
リファレンス	Knauf, S., J.F. Gogarten, V.J. Schuenemann, H.M. De Nys, A. Düx, M. Strouhal, L. Mikalová, K.I. Bos, R. Armstrong, E.K. Batamuzi, I.S. Chuma, B. Davoust, G. Diatta, R.D. Fyumagwa, R.R. Kazwala, J.D. Keyyu, I.A.V. Lejora, A. Levasseur, H. Liu, M.A. Mayhew, O. Mediannikov, D. Raoult, R.M. Wittig, C. Roos, F.H. Leendertz, D. Šmajs, K. Nieselt, J. Krause, S. Calvignac-Spencer. (2018.) Nonhuman primates across sub-Saharan Africa are infected with the yaws bacterium Treponema pallidum subsp. pertenue. Emerging Microbes & Infections 7:1, 1-4

ウイルス

パネル名	ASFV – African Swine Fever Virus
ターゲット	アフリカ豚コレラウイルス
設計ID	D10228ASFV1
概要	Full genome enrichment panel for ASFV designed from Georgia 2007/1 (FR682468.1) and Ken06.bus (KM111295) genome reference sequences, suitable for enriched even degraded DNA samples. This panel was used in Forth et al. (2019) for ASFV genome enrichment directly from NGS libraries built from infected organ tissue samples, enabling construction of high-coverage genome sequence, which was not possible to do with shotgun sequencing alone due to very low viral levels.
リファレンス	Forth, J.H., L.F. Forth, J. King, O. Groza, A. Hübner, A.S. Olesen, D. Höper, L.K. Dixon, C.L. Netherton, T.B. Rasmussen, S. Blome, A. Pohlmann, M. Beer. (2019). A Deep-Sequencing Workflow for the Fast and Efficient Generation of High-Quality African Swine Fever Virus Whole-Genome Sequences. Viruses. 2019; 11(9):846

パネル名	HBV – Hepatitis B
ターゲット	B型肝炎ウイルス
設計ID	D10186hpHBV
概要	Full genome enrichment panel for HBV designed from 5,230 diverse reference genome sequences covering all major viral subtyptes, demonstrated suitable for enriching even degraded ancient samples. This panel was used in Ross et al. (2018) for nearly complete genome reconstruction of a 16th century HBV strain from an ancient mummy.
リファレンス	Ross, Z.P., J. Klunk, G. Fornaciari, V. Giuffra, S. Duchêne, A.T. Duggan, D. Poinar, M.W. Douglas, J-S. Eden, E.C. Holmes, H.N. Poinar. (2018). The paradox of HBV evolution as revealed from a 16th century mummy. PLOS Pathogens 14(1): e1006750

パネル名	HIV – Human Immunodeficiency Virus
ターゲット	ヒト免疫不全ウイルス
設計ID	D10231cpHIV
概要	Full genome enrichment panel for HIV designed from various genome reference sequences. This panel was used in Colson et al. (2020) to enrich a biologically-incomplete integrated HIV genome from a patient’s clinical sample (the result of hypothesized spontaneous post-infection viral genome mutations and degradation).
リファレンス	Colson, P., C. Dhiver, C. Tamalet, J. Delerce, O.O. Glazunova, M. Gaudin, A. Levasseur, D. Raoult. (2020). Dramatic HIV DNA degradation associated with spontaneous HIV suppression and disease-free outcome in a young seropositive woman following her infection. Scientific Reports 10, 2548

パネル名	HSV-1 and HSV-2 – Herpesvirus
ターゲット	ヘルペスウイルス
設計ID	D10229HSV12
概要	Genome enrichment panel designing for herpesvirus HSV-1 and HSV-2.
リファレンス	Shipley, M.M., M.M. Rathbun, M.L. Szpara. (2020). Oligonucleotide Enrichment of HSV-1 Genomic DNA from Clinical Specimens for Use in High-Throughput Sequencing. Herpes Simplex Virus – Methods in Molecular Biology Book Series.

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パネルリスト：法医学・古代DNA

法医学、標本からのDNA、古代DNAや環境DNAなどの分解したDNAアプリケーションに適したパネルです。

ヒト

パネル名	FORCE (V1) – FORensic Capture Enrichment
ターゲット	ヒト
設計ID	D10020FORCE1
概要	このパネルは、一般的な法医学アプリケーションに適したSNPマーカーセットに対して設計され、拡大血縁や祖先、表現型などの解析のための5.4Kのマーカーが含まれます。パネル設計者のTillmar et al (2021)は、法医学とコントロールサンプルで実証試験を行いました。このパネルにより、法医学のケースサンプルにおいて、第一～第五度血縁関係予測が統計的にサポートされました。
リファレンス	Tillmar, A., K. Sturk-Andreaggi, J. Daniels-Higginbotham, J.T. Thomas, C. Marshall. (2021). The FORCE Panel: An All-in-One SNP Marker Set for Confirming Investigative Genetic Genealogy Leads and for General Forensic Applications. Genes 12(12):1968

動物

パネル名	PaleoChip Arctic-1.0 Animal - Mitochondrial genome panel for eDNA
ターゲット	ミトコンドリア
設計ID	D10185eANML
概要	Enrichment panel designed for capturing animal mitochondrial DNA from environmental ancient DNA (‘sedaDNA’) samples. Approximately 180 taxa were used for bait design, primarily megafauna of extinct/extant Quaternary animals. Murchie et al (2020) designed the panel and demonstrated its effectiveness on sedaDNA samples, pooled in a 5:3 ratio (Animal:Plant; total baits/rxn = 200ng) with the separate “Plant” PaleoChip Arctic-1.0″ baitset, which is also available as a Community Panel from Daicel Arbor Biosciences.
リファレンス	Murchie, T.J., M. Kuch, A.T. Duggan, M.L. Ledger, K. Roche, J. Klunk, E. Karpinski, D. Hackenberger, T. Sadoway, R. MacPhee, D. Froese, H. Poinar. (2021). Optimizing extraction and targeted capture of ancient environmental DNA for reconstructing past environments using the PalaeoChip Arctic-1.0 bait-set. Quaternary Research, 99:305–328.

パネル名	MegaMito - Mitochondrial genome panel for eDNA
ターゲット	ミトコンドリア
設計ID	D10361MgMT
概要	Enrichment panel designed for full mitochondrial DNA (mtDNA) genome capture from ancient DNA samples. First published and demonstrated effective in Kirillova et al (2017). Baits designed from 75 mammalian target sequences to work even for highly degraded aDNA target molecules. Target sequences include species from Artiodactyla, Carnivora, Eulipotyphla, Lagomorpha, Perissodactyla, Pholidota, Primates, Proboscidea, Rodentia, Tubulidentata, and Xenarthra.
リファレンス	Kirillova, I.V., O.F. Chernova, J. van der Made, V.V. Kukarskih, B. Shapiro, J. van der Plicht, F.K. Shidlovskiy, P.D. Heintzman, T. van Kolfschoten, O.G. Zanina. (2017). Discovery of the skull of Stephanorhinus kirchbergensis (Jäger, 1839) above the Arctic Circle. Quaternary Research, 88:537–550.

植物

パネル名	PaleoChip Arctic-1.0 Plant - Chloroplast barcoding loci panel (trnL, rbcL, matK) for eDNA
ターゲット	植物葉緑体
設計ID	D10184ePLNT
概要	このパネルは、堆積物DNA（Sedimentary ancient DNA, sedaDNA）から植物葉緑体DNAをキャプチャーするために設計されました。2千以上の高緯度の植物分類群が、eDNAバーコーディング研究で一般的に使用されているtrnL、matKおよびrbcL領域をターゲットにしたベイト設計によりカバーされていました。Murchie et al (2020)はこのパネルをsedaDNAサンプルの解析に使用し、有効性を実証しました。当該研究においては、当パネルと動物パネル (Paleo Chip Arctic-1.0 Animal、動物パネルリストに含まれています) を3:5の比率で使用しました。
リファレンス	Murchie, T.J., M. Kuch, A.T. Duggan, M.L. Ledger, K. Roche, J. Klunk, E. Karpinski, D. Hackenberger, T. Sadoway, R. MacPhee, D. Froese, H. Poinar. (2021). Optimizing extraction and targeted capture of ancient environmental DNA for reconstructing past environments using the PalaeoChip Arctic-1.0 bait-set. Quaternary Research, 99:305–328.