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二本鎖ゲノムDNAには、一方の鎖特異的なメチル化シトシンパターンが含まれています。メチル化次世代シーケンシングにおいて、このシグナルは元々の二本鎖それぞれを変性することによって次世代シーケンス用に保持されます。
バイサルファイト処理によってメチル化されていないシトシンを脱アミノ化して、ウラシルに変換します。このウラシルは、元々の鎖がポリメラーゼによる増幅を介してコピーされた後、最終的にチミンに変換されます。増幅して二本鎖となったDNA分子は、鎖特異的な配列が保持されており、NGS用ライブラリに変換できます。これらは、直接ショットガンシーケンス、またはハイブリダイゼーションキャプチャ手順を介して取得できます。 |
myBaits Custom Methyl-SeqのパフォーマンスDNAのメチル化は、CpGサイトやその他ジクレオチド内のシトシンで起こり、あらゆる生物学的過程、特に細胞発生の転写調節や、がんなどの様々な疾患を制御する主要なエピジェネティックなメカニズムです。全ゲノムバイサルファイトシーケンシング（WGBS）は、幅広いサンプルタイプで、メチル化シグネチャを見出すことができるため、ゲノムワイドにメチル化状態を測定するためのゴールドスタンダードになりました。その一方、関心のある領域が特定された後、大規模なサンプル解析を行う場合、WGBSのその包括的な解析は、比較的高価な選択肢となります。ハイブリダイゼーションキャプチャ法は、幸いなことに、 1回の反応で、数千から数百万の特異的ゲノム配列の塩基を標的にすることができ、費用対効果の非常に高いソリューションを提供します。より多くのサンプルを使用した大規模な研究のディープシーケンシングを可能にします。
パフォーマンス測定:A: 濃縮したライブラリとWGBSライブラリのオンターゲットリード率
B: 濃縮ライブラリ, 950KリードペアのサブサンプルにおけるオンターゲットCpGサイト上の平均カバレッジ
C: 濃縮ライブラリ, サブサンプルにおけるリードデプス5以上のCpGサイトオンターゲット率
ライブラリは、様々なDNA入力量で、Swift Biosciences社Accel-NGS Methyl-Seqライブラリキットを利用し調製しました。その後、 Daicel Arbor Biosciences社myBaits Custom Methyl-Seqシステムを利用し、50のがん遺伝子の推定プロモーター領域（ターゲットサイズの合計: -100kb）をキャプチャしました。
A: ライブラリキャプチャ前後のターゲットワイドなメチル化レベルを表しています。赤線は、シミュレートしたレベルを示しています。
B:様々なメチル化レベルのキャプチャライブラリで観察されたSTK12遺伝子プロモーター領域のメチル化レベルが均一な分布を示すことが示されました。
A: ヒストグラムと散布図は、WGBSとキャプチャライブラリの間および複製間の、ターゲット領域全体のCpGサイトのメチル化レベルの比較を示しています。
B: WGBSとキャプチャライブラリにおけるターゲット領域全体のメチル化パターンがCircos plotにより示されています。