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LGC社 包括的ジェノタイピングサービス (養殖サンプル)

LGC社 包括的ジェノタイピングサービス (養殖サンプル)
LGC Biosearch Technologies社では養殖市場が直面する課題の解決をサポートするため、包括的ジェノタイピングサービスを開始しました。
水産物における優良な形質マーカー開発のための時間を短縮します。これまでにサケ科魚類のアルファウイルスやウオジラミなどの多くの課題の解決に貢献しています。

養殖サンプルのための包括的ジェノタイピングサービスは、お客様によるサンプル採取に始まり、LGC Biosearch Technologies社が高品質・ハイスループットのDNA抽出および、SNPジェノタイピング(KASP試薬によるジェノタイピング、または次世代シーケンサーによるターゲットジェノタイピングサービス)をご提供するパッケージサービスです。


特長

  • 低コスト:
    サンプルあたりのコストが低いため、より多くのサンプルとSNP数への投資が可能
  • 「オールインワン」サービスパッケージ:
    ご自身での試薬・装置の準備、実験操作が不要
  • LGC社製の養殖サンプルコレクションキットを活用:
    サンプルコレクションキットBioArkによるデータ品質の向上
  • 実績が豊富なKASPアッセイによるジェノタイピング または Flex-Seqサービスを使用したジェノタイピング



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サービスに含まれるもの

  1. LGC Biosearch Technologies社製 BioArk Fish サンプルコレクションキットのご提供
  2. DNA抽出サービス
  3. アッセイデザイン (カスタムKASPアッセイ or NGSプローブライブラリのデザインと合成)
  4. シーケンシングライブラリ準備
  5. アッセイの実行 (KASP ジェノタイピング or NGS実行・解析)

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条件

  • 動物サンプルのみ(fin clips, buccal swabs, 血液、組織パンチなど)。
    それ以外のサンプルの場合はご相談ください。
  • サンプルは96ウェルまたは384ウェルプレート形式でご提出いただきます。(BioArkキットが望ましい)
  • 1プロジェクトにつき最低48サンプルより実施可能です。
  • 標準の納期は5週間です。 リクエストに応じて、追加料金で早めることも可能です。
  • アッセイが事前に注文され、条件を満たし、キャパシティの範囲内であれば、KASPジェノタイピングには2週間の迅速な納期が利用可能です。

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サービスご利用の流れ

  【 養殖サンプル採取キットのご提供 】
サンプル数に応じた数量の養殖サンプル採取キットをご提供いたします。
ひれをパンチしたサンプルを96wellフォーマットの容器に入れます。
本サンプルキットは、エタノール、凍結、バッファーのいずれも使用しないため、サンプル輸送のコストなどを大幅に改善します。安定性試験では、少なくとも8週間に渡り安定性を示しており、出荷前の保管、出荷の間、安定して維持されます。
 
  【 DNA抽出作業 】
LGC Biosearch Technologies社の研究室にて、お客様からご提供いただく養殖サンプルから DNA抽出用試薬および装置を用いてDNAを抽出します。
 
  【 アッセイデザイン 】
KASPジェノタイピング包括的サービス
お客様から提供されたSNP配列情報に基づき、LGC Biosearch Technologies独自のKrakenソフトウェアを用い、in silicoでKASPアッセイデザインを行います。

Flex-Seq サービス
お客様から提供されたシーケンス情報に基づき、NGSプローブパネルのデザインを行います。
 
  【 アッセイの実行 】
KASPジェノタイピング包括的サービス
KASPジェノタイピングアッセイによりジェノタイピングを行います。LGC Biosearch Technologies社の安全なウェブサーバー上に展開された、お客様のジェノタイピングデータファイルへのリンクを含む電子メールをお送りします。ご所有のソフトウェアまたはLGC Biosearch Technologies社の無償ソフトウェアSNPviewerを用いてデータをクラスタープロットにて確認することもできます。

Flex-Seq サービス
シーケンシングライブラリの準備後、NGSを行います。 スコアリングされたジェノタイピングデータ、多型データ(VCFファイル)および生シーケンスデータ(FASTQフォーマット)をご提供します。

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BioArk Fish サンプルコレクションキット

BioArk Fish サンプルコレクションキットは、養殖サンプルの採取・輸送・保管・出荷の大幅な改善を目的に開発されました。このキットではエタノール・凍結・バッファーを使用せず、DNA抽出用の標準的なサイズのひれサンプルを96ウェルフォーマットに収集できます。エタノールと凍結を利用しないことにより、輸送と保管のコストの改善と、凍結サンプルの融解時に起こりうるサンプルの劣化を避けることができます。

キットに含まれるもの
  • 96 well plate
  • サンプルコレクションマニュアル
  • サンプルコレクション用ツール
  • サンプル出荷手順


利点
  • サンプルサイズの一貫性、品質の向上
  • 従来のサンプルコレクションと比較し、プラスチック・エタノール等の削減
  • 容易な出荷と通関


従来法とBioArk Fishサンプリングの比較
BioArkの一貫したサイズのサンプル採取(半径5mmの円形)が行えます。



BioArk Fishキットを利用した、サンプルコレクションの様子(切除と収集)


従来法とBioArk Fishサンプリングの手順のタイムライン比較
BioArkでは従来法と比較し、1.5日の短縮できます。
(時間はサンプル数により異なります。下記は96サンプルを基づいた計算になります。)



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この製品のメーカー

  • LGC Genomics Limited
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